Из других географических работ Бэра можно указать на исследование вопроса об обмелении Азовского моря, по поручению великого князя Константина Николаевича. Утверждали, что море это мелеет из года в год вследствие выбрасывания балласта большими иностранными кораблями, которых следует не пускать далее Керчи, а перевозку товаров к устью Дона производить каботажным путем.

Отправившись на место, Бэр выяснил, что море действительно мелеет у берегов, но чрезвычайно медленно, а в глубокой своей части не обнаруживает никакого заметного уменьшения глубины, выбрасывание же балласта не имеет ровно никакого значения. Хлопоты о запрещении кораблям входить в море исходили от лиц, заинтересованных в учреждении каботажной компании, которые и постарались, в своих интересах, раздуть вопрос об обмелении Азовского моря.

К географическим работам Бэра может быть также отнесена и его обширная статья «О заслугах Петра Великого по части распространения географических познаний», опубликованная на немецком языке в 1872 году.

Переходя к краткому обзору деятельности Бэра как антрополога, мы должны опять-таки указать, что и эта сторона его научных стремлений обнаружилась в нем гораздо ранее, чем он начал заниматься антропологией систематически. Первая печатная работа Бэра, его докторская диссертация («Об эндемических болезнях эстонцев», на латинском языке), несмотря на медицинское заглавие, носит в значительной степени этнографический характер. Сделавшись прозектором в Кенигсберге, Бэр стал читать среди прочего курс антропологии. Во введении к своему курсу антропологии, вышедшему в свет в 1824 году, Бэр говорит, что не знает задачи, более достойной мыслящего человека, как исследование самого себя в физическом и психическом отношениях.

Антропология представляет весьма обширную отрасль знания, которая подразделяется на несколько самостоятельных наук. Взятая в обширном смысле, она заключает в себе физическую антропологию, занимающуюся сравнительным изучением человеческого тела во всех отношениях и в разных стадиях развития, психическую антропологию – науку о душевных свойствах человека и народов, этнографию, которую можно назвать социальною антропологиею, так как она рассматривает общественную жизнь народов, и историческую антропологию (с археологией), которая изучает происхождение человека вообще и человеческих племен. Бэр занимался преимущественно физической антропологией и этнографией, которая находится в теснейшей связи с психической и исторической антропологией.

К области физической антропологии относятся и его лекции, читанные в Кёнигсбергском университете; в них он дает описания строения и отправлений органов человеческого тела. Вышел только первый том этого сочинения; во втором Бэр предполагал обработать психическую и отчасти историческую антропологию, но этот второй том не появился в свет. Часть относящегося сюда материала Бэр опубликовал на русском языке в первом томе «Русской фауны» Симашко. Здесь он рассматривает прежде всего характеристические свойства человека и отличия его от животных, затем описывает телесные различия народов и рас и дает классификацию и описания человеческих племен. Позднее он опубликовал популярную статью о месте человека в природе, где приводит те же мысли, как и в «Русской фауне», то есть считает человека отделенным от животных резкою гранью, защищает самостоятельное положение отряда двуруких (Bimana) и протестует против гипотезы происхождения человека от обезьяноподобных предков. Те же положения защищает он и в своей статье «Об учении Дарвина».

Особенно занимался Бэр тою частью физической антропологии, которая носит название краниологии, то есть учения о человеческом черепе. Заведуя анатомическим музеем академии, он обратил особое внимание на черепа различных племен Российской империи, распределил коллекции их в географическом порядке и опубликовал целый ряд краниологических работ. Весьма интересовал его вопрос о чистом типе славянского черепа. Среди великорусских и малорусских черепов тип этот, по его мнению, не может быть найден, так как ни то, ни другое племя не может считаться чистым: первое сильно смешалось с финскими, второе – с тюркскими племенами. Он надеялся найти чистый славянский тип в черепах, считаемых за черепа вендов, – но и тут старания его остались безуспешны, так как исследованные им черепа, по всем признакам, оказались не славянского, а кельтского происхождения. В то же время Бэр не вполне соглашался и с мнением Ретциуса и Ван дер Гувена, по которому славянский череп характеризуется короткостью, относительною шириною и высотою. Исследуя черепа различнейших племен, Бэр естественно искал какого-нибудь принципа для ориентировки среди представлявшегося ему разнообразия. Поэтому он явился решительным сторонником классификации черепов, предложенной Ретциусом (долихокефалы, или длинноголовые, и брахикефалы, или короткоголовые), предсказал, что эта классификация будет иметь величайшее значение в антропологии, и дальнейшее развитие науки вполне оправдало это предсказание. В связи с методом Ретциуса он предложил систему измерения черепов, которая могла бы внести единство в терминологию краниологов.

Именно Бэр предлагает измерять в английских дюймах длину черепа, наибольшую его ширину, вышину, горизонтальный объем и теменную выпуклость в срединной плоскости и, кроме того, обозначать относительное положение большого затылочного отверстия и большее или меньшее развитие затылка. Каждый череп должен быть рассматриваем в пяти направлениях, или так называемых нормах: сзади (затылочная норма), сверху (теменная норма), спереди (лобная норма), сбоку и с основания; в лицевой части черепа должно обращать внимание на выдающееся или глубокое положение носовой спинки, ширину и форму носового отверстия, а также на развитие верхней челюсти и скуловой дуги. Эту систему краниологических измерений и наблюдений он изложил в отчете о съезде антропологов в Геттингене в 1861 году, – съезде, который был созван преимущественно стараниями Бэра. Система эта подвергалась многим изменениям, но, во всяком случае, послужила основою новейшим системам Велькера, Эби и других. «За эту заслугу, – говорит Розенберг, – Бэр мог бы быть назван Линнеем краниологии. Слава Линнея основывается на том, что он научил обозначать общепонятно, с помощью двойной номенклатуры и кратких диагнозов, любой вид животных или растений; таким образом он уничтожил путаницу в определении отдельных форм. Бэр устранил подобную же путаницу, введя свою систему, которая также есть род номенклатуры».

Своими обширными краниологическими знаниями Бэр воспользовался, чтобы иллюстрировать роскошной таблицей черепов большое сочинение Паули «Description ethnographique des peuples de la Russie», вышедшее в свет в Петербурге в 1862 году. На этой таблице изображены типичные черепа малоросса, шведа, татарина, калмыка и эскимоса, каждый в трех положениях: спереди, сбоку и сверху.

Краниология, конечно, не могла удовлетворить Бэра в его изучении антропологии: его еще более интересовали другие стороны этой обширной отрасли знания. В конце вышеупомянутого отчета о Геттингенском съезде он пишет: «Могло бы показаться, что естествоиспытатели, собравшиеся в Геттингене, в том числе и нижеподписавшийся, придают слишком большое значение кропотливому изучению черепов. Что касается меня лично, то я могу уверить, что этот взгляд вовсе не основателен. При многих случаях я выражал мнение, что величайшие сокровища, какие наука может извлечь из сравнительной антропологии, лежат в точном и осмотрительном познании социального и психического состояния различных человеческих племен до их соприкосновения с нашею цивилизациею, которая нередко приносит им более вреда, чем пользы… Когда цивилизация уничтожит или вберет в себя эти естественные племена, то, без сомнения, все немногое, что еще удалось найти относительно их социальных условий и внутренней душевной жизни, – все это будет считаться за драгоценнейшие жемчужины науки. Тогда с трудом будут понимать, как в наше время люди науки и правительства потратили громадные суммы на исследование растений и животных в далеких странах, на измерение гор и на магнитные наблюдения – и так мало потрудились над изучением и сохранением для потомства данных о жизни народов». Из этих слов ясно, что любимою отраслью антропологии была для Бэра этнография. Он как нельзя лучше понимал также, что эта отрасль особенно важна для обширной и многоплеменной России, что он и выразил в речи, прочитанной в одном из заседаний Географического общества.