Пирогов занимал профессуру в Дерпте в течение пяти лет, с 1836 по 1841 год. За этот период Пирогов издал 2 тома клинических анналов (1837–1839), свою “Хирургическую анатомию артериальных стволов и фасций”, сразу завоевавшую ему имя в науке, и монографию о перерезке ахиллесова сухожилия. Клинические анналы, о характере и цели которых мы уже говорили выше, свидетельствуют живо о том, как содержательны, остроумны и блестящи были лекции Пирогова.

Хирургическая анатомия артериальных стволов и фасций представляет собой атлас рисунков, литографированных с препаратов, специально сделанных Пироговым, с латинским и немецким текстом. Позднее были выпущены русские издания этого классического труда, частью самим Пироговым, частью другими хирургами (издания Шимановского, Коломнина).

Наконец, монография его о перерезке ахиллесова сухожилия имеет своим предметом процесс заживления перерезанного сухожилия. Монография эта представляет собой образец того, как Пирогов ставил работы по экспериментальной хирургии, и доказывает, какие прекрасные результаты, какие важные и поучительные выводы могут давать такие работы. Пирогов посвятил также много времени и труда экспериментальному решению вопроса относительно радикального излечения грыж. Результаты этих опытов изложены им в его клинических анналах на страницах, посвященных лечению грыж. Вообще, при решении многих вопросов клиники Пирогов обращался к вивисекции. Он требовал всегда такую массу животных, что в самом Дерпте не хватало уже кошек, собак и кроликов, и его ассистенты часто принуждены были объезжать соседние деревни для покупки этих животных.

Желая распространить в публике более здравые взгляды на хирургию, поднять доверие к ней и поколебать страх публики перед ножом хирурга, молодой профессор вскоре после своего появления в Дерпте прочел в университете публичную лекцию “О предубеждении публики против хирургии”.

Когда Пирогов покидал Дерптский университет, слушатели его при прощании с ним выразили единодушное желание поставить его портрет в операционной зале.

Довольно удачный портрет, писанный масляными красками русским художником Хрипковым, жившим тогда в Дерпте, украшает и поныне операционный зал, по крайней мере находился там до половины 80-х годов.

Хлопоты о переводе в Петербург. – Проект учреждения кафедры госпитальной хирургии. – Перевод в Санкт-Петербургскую медико-хирургическую академию. – Буцефалова глупость. – Медицинская комиссия при министерстве народного просвещения. – Устройство анатомического института. – Музей патологической анатомии. – Исследования об анестезировании. – Командировка на Кавказ. – Первая аудиенция у Великой княгини Елены Павловны. – Холера в Петербурге. – Ученые труды петербургского периода

Монотонная жизнь маленького провинциального городка и скромное положение профессора маленькой клиники провинциального университета не могли, разумеется, удовлетворить ту жажду кипучей и широкой деятельности, которую должен был испытывать Пирогов. Будучи первым в “деревне”, пользовавшийся уже тогда европейской известностью, он имел все права и данные на то, чтобы сделаться первым в Риме. В скором времени ему представилась возможность к этому благодаря преобразованию Санкт-Петербургской медико-хирургической академии.

Медико-хирургическая академия, находившаяся до 1838 года в ведении министерства внутренних дел, перешла в декабре 1838 года в управление военного министерства и поступила в ближайшее распоряжение графа П. А. Клейнмихеля. Президентом (начальником) ее был назначен И. Б. Шлегель, бывший главным доктором военного госпиталя в Риге; занимавший же место вице-президента академии профессор хирургии Буш вышел в отставку. Таким образом, в академии оказалась вакантною кафедра хирургии. На эту-то кафедру и стали приглашать Пирогова. Но профессор Буш, занимая кафедру хирургии, не заведовал клиникой, хирургическая же клиника находилась в заведовании профессора Саломона. Пирогов, считая хирургическую профессуру без клиники за nonsens, не соглашался занять эту кафедру, но вместе с тем предложил такую комбинацию, с помощью которой он мог бы иметь отвечающую его желаниям кафедру в академии.

Новая комбинация Пирогова была ни более ни менее, как учреждение в академии новой кафедры госпитальной хирургии. Проект об учреждении этой кафедры был представлен Пироговым самому Клейнмихелю.

“Молодые врачи, – говорит он в своем проекте, – выходящие из наших учебных учреждений, почти совсем не имеют практического медицинского образования, так как наши клиники обязаны давать им только главные основные понятия о распознавании, ходе и лечении болезней. Поэтому наши молодые врачи, вступая на службу и делаясь самостоятельными при постели больных, в больницах, военных лазаретах и частной практике приходят в весьма затруднительное положение, не приносят ожидаемой от них пользы и не достигают цели своего назначения”.

Имея в виду устранить этот важный пробел в наших учебных медицинских учреждениях, Пирогов и предложил сверх обыкновенных клиник учредить еще и госпитальные.

В Петербургской медико-хирургической академии Пирогов видел возможность тотчас же приступить к этому нововведению, так как при академии почти в одной и той же местности помещался Второй военно-сухопутный госпиталь, и оба учреждения, академия и названный госпиталь, принадлежали одному и тому же ведомству. Далее, по его проекту в госпитале предполагалось устроить две обширные клиники, терапевтическую и хирургическую, с аудиториями по этим кафедрам и кабинетами. Для устранения единообразия военно-клинического материала предположено было в хирургическом отделении учредить гражданское отделение на 75 больных, содерживаемых за счет военного ведомства и принимаемых по выбору профессора.

Проект этот был принят Клейнмихелем, и в начале 1841 года Пирогов был переведен в С.-Петербургскую медико-хирургическую академию профессором госпитальной хирургии и прикладной анатомии и назначен заведовать всем хирургическим отделением Второго военно-сухопутного госпиталя с званием главного врача хирургического отделения. Врачебные и учебные действия Пирогова по этому отделению госпиталя, заключавшему в себе до 1000 кроватей, были совершенно независимы от госпитального начальства, и только по делам госпитальной администрации Пирогов обязан был держать связь с главным доктором.

Осмотрев свои новые столь обширные хирургические владения, ученый хирург пришел в ужас от того, что представилось его глазам. Вот какую страшную картину представлял собой Второй сухопутный госпиталь. Огромные госпитальные палаты (на 60—100 кроватей), плохо вентилируемые, были переполнены больными с рожистыми воспалениями, острогнойными отеками и гнойным заражением крови. Для операций не было ни одного, даже плохого, помещения. Тряпки под припарки и компрессы переносились фельдшерами без зазрения совести от ран одного больного к другому. Лекарства, отпускавшиеся из госпитальной аптеки, были похожи на что угодно, только не на лекарства. Вместо хинина, например, сплошь да рядом отпускалась бычья желчь, вместо рыбьего жира – какое-то иноземное масло. Хлеб и вообще вся провизия, отпускавшиеся на госпитальных, были ниже всякой критики.

Воровство было не ночное, а дневное. Смотрители и комиссары проигрывали по несколько сот рублей в карты ежедневно. Мясной подрядчик на виду у всех развозил мясо по домам членов госпитальной конторы. Аптекарь продавал на сторону свои запасы уксуса, разных трав и т. п. В последнее время дошло до того, что госпитальное начальство начало продавать подержанные и снятые с ран корпию, повязки, компрессы и прочее, и для этой торговой операции складывало вонючие тряпки в особые камеры, расположенные возле палат с больными.

В течение целого года по приезде в Петербург Пирогов занимался изо дня в день в страшных помещениях Второго госпиталя с больными и оперированными и в отвратительных до невозможности старых банях этого же госпиталя; в них за неимением других помещений он производил вскрытие трупов, иногда по двадцати в день, в летнюю жару; зимою во время ледохода переезжал ежедневно по два раза на Выборгскую, пробиваясь иногда часа по два между льдами.