После смерти Хаджи-Гирея в 1466 г. вновь начинается смута: власть оспаривают шесть его сыновей. Преемником стал Менгли-Гирей, однако смута вынудила его искать убежища в генуэзской Кафе: после захвата ее турками в 1475 г. он был доставлен в Стамбул и провел там три года в почетном плену.

В конце концов главные виновники смуты — беи Ширинские — обратились к султану Мехмеду II с униженной просьбой вернуть им Менгли-Гирея. "Пусть весь край будет собственностью султана, а Менгли хан пусть будет его наместником". Так Крымское ханство оказалось в вассальной зависимости от Османской империи вплоть до 1774 г.

Обосновавшись с 1478 г. в Кырк-оре, Менгли-Гирей правит отсюда подвластным ему государством — принимает послов, чеканит монету, чинит суд и расправу. Здесь же существовала тюрьма, предназначавшаяся для важных и знатных пленников: здесь содержались порой литовские и русские послы.

Первые упоминания о ней относятся к концу XV в., когда Менгли-Гирей заключил туда литовского посла Леза в 1498 г. После перенесения столицы в недавно отстроенный Бахчисарай, город на скале сохранял значение как цитадель и место заключения «ценных» пленников, захваченных на войне. 21 год провел в тюрьме воевода В. Б. Шереметьев, взятый в плен в 1660 г.; гетьман Потоцкий стал пленником в сражении при Корсуни в 1648 г. п др. Содержали там также и послов, вероятно, с целью «давления» на пославших их государей. С 1692 по 1695 год провел в крымской темнице Владимир Айтемиров, прибывший в Крым для заключения мирного договора; князь Ромодановский (видный деятель при Петре I), прибывший с той же целью, также был заключен на три года. В крепости держали лишь знатных и богатых пленников — с целью взять выкуп, вынудить к более выгодным условиям договора н т. д. Простых пленников продавали в рабство в Каффе или Бахчисарае.

При первых крымских ханах в Кырк-оре сохранялся пестрый этнический состав. В ярлыке от 1459 г., выданном жителям крепости Хаджи-Гиреем, на всех, находящихся там мусульман, "кто бы ни пришел и ни осел в крепости", распространяются тарханные льготы. В ярлыке от 1468 г. названы общины и конкретно их старейшины, причем в качестве христианской общины фигурировала армянская. Сопоставить с этим можно сообщение мюнхенского ландскнехта Шильбергера, находившегося здесь в плену с 1394 по 1427 год: "город и страна населены греческими христианами и производит отличное вино".[86] Позднее источники об аланах-христианах не упоминают. Вероятно, этнокультурная общность, известная как православные крымские греки, вобрала в себя прежних готов, алан, собственно греков и др. Они по-прежнему жили в окрестных долинах, занимались земледелием и виноградарством; центром для них взамен утраченной крепости стал Успенский пещерный монастырь в "ущелье Марии" — Марьям-дере.

Что касается Кырк-ора, то в период пребывания здесь хана и войска татары-мусульмане явно занимали Старый город. За крепостной стеной (ныне Средней) выросло торгово-ремесленное предместье. Армянская колония в Крыму была многочисленной: армянские мастера-каменотесы были главными носителями форм сельджукской архитектуры в восточно-византийских провинциях. Их «почерк» легко узнаваем в ранних сооружениях Кырк-ора и Бахчисарая. Иудейская община традиционно занималась торговлей и ремеслами. Караимы особенно славились как кожевники, кузнецы, ювелиры.

Главной заботой Гиреев были оборонительные сооружения. На основании археологических данных можно утверждать, что предшествующие сооружения были полностью разобраны, и материалы из них использованы при обновлении стен. Таким образом, дошедшие до нашего времени кладки, относятся к XV–XVI вв. В ряде мест хорошо видны крупные блоки раннего периода, включенные в верхние ярусы. Перед воротами Средней стены складывается архитектурный ансамбль главной площади города: величественное здание мечети и, вероятно, примыкавшее к нему медресе,[87] а также стоявшее поодаль на пригорке дюрбе великой государыни Джанике. Эвлия Челеби застал мечеть уже закрытой, так как татары покинули к этому времени крепость, оставив ее караимам. Над входом этой "джамии в старом" (т. с. в сельджукском — Т. Ф.) стиле он прочел и записал надпись-хронограмму, высеченную в камне шрифтом джели: "Мечеть эту благословенную построил в году 859 (1455) великий султан и высокий хакан, властелин царей арабских и аджамских Хаджи-Герей хан, сын Гияседдин хана, сына Эртогмаз хана. Да одарит его Аллах длительным правлением". В 1928 г. руины мечети были раскопаны и при этом обнаружен фрагмент надписи с датой 1346 г., считавшейся годом основания мечети. Видимо предпринятая Хаджи-Гиреем реконструкция здания была существенной. Кроме того его называли и строителем медресе при ней (пока не исследованное). Согласно данным раскопок, мечеть представляла собой прямоугольное здание (13,8 х 10,65 м). Вход находился с западной стороны, слева от него — минарет с балкончиком и винтовой лестницей (их остатки еще были различимы в 20-х годах). В южной стене — основание михраба со «сталактитовым» сводом. Внутри здание было разделено двумя рядами колонн со «сталактитовыми» капителями, на которое, видимо, опирались арки (как в мечети Узбека в Старом Крыму). На основании косвенных сведений можно предположить существование в городе ханского дворца в районе Южных ворот: выявить это еще предстоит археологам. И мечеть, и дюрбе построены в традициях сельджукской архитектуры. О существовании большой византийской базилики на плато свидетельствовали капители VI–VII вв. из проконесского мрамора и другие детали (мраморная плита у входа в кенассный дворик, плита на внешнем фронтоне восточных ворот и др., хранящиеся в лапидарии Бахчисарайского музея).

Руины оград и домов, ныне затянувшиеся землей, поросшие дерном и кустарником, все же позволяют различить планировку улиц, переулков, дворов. Усадьбы пока не подвергались систематическому археологическому изучению, основное внимание уделялось оборонительным сооружениям. Тем интереснее описание города, сохранившего систему застройки, сложившуюся не позднее XVII в. По словам Эвлии Челебн, в городе находилось "тысяча пятьсот тридцать прекрасных и великолепных каменных домов иудейских с черепицей в хорошем состоянии… от домов в замке идет дорога вниз, по вырубленным в скале лестницам, имеющим сто ступеней. По обеим сторонам той дороги тянутся вырубленные пещеры, в коих убогие иудеи проживают".[88] Последующие путешественники называют уменьшающееся число домов. Путешественник Жильбер Ромм, посетивший город в 1786 г., насчитал свыше двухсот городских строений, отметив их "отличный вид". То же количество назвал академик Паллас, добавив численность населения — 1200 душ обоего пола. Судья Павел Сумароков в 1799 г. уточняет количество домов — 227. Во второй половине XIX в. усиливается отток жителей из города. По мере усиления этого процесса нарастают и ностальгические воспоминания, стремление закрепить в памяти потомков его неповторимый живописный вид, ранее казавшийся обитателям обыденным. Вот описание, которое сделал в конце прошлого века караимский гахам С. М. Шапшал: "Дома, за весьма малым исключением, указывают нам, что город имел весьма оригинальный вид, дома всегда с балкончиками (софа), окнами во двор, большей частью двухэтажные, причем в верхнем этаже всегда жил сам хозяин, а нижний обыкновенно отводился под конюшню для лошадей и ослов, и тут же имелось помещение, куда жители загоняли на ночь свои стада. Дома отапливались первобытными печами — тандурами, устроенными в земле посредине комнат. По обеим сторонам улицы или переулка тянулись высокие сплошные заборы, как бы предназначенные для того, чтобы скрывать от нескромного взгляда то, что делается за ними. Изредка попадались в стене крохотное окошечко с решеткою, крылечко в несколько ступеней, и опять тянулась голая белая стена".[89]