Академик А.Н.Крылов в течение всей жизни занимал целый ряд постов, требующих от него напряжённой научно-организационной работы. Здесь просто невозможно перечислить все те действия, которые ему пришлось выполнять, остановимся только на некоторых из них.

Не ограничиваясь педагогической деятельностью, Крылов в 1900 году (по 1908 год) становится заведующим Опытовым бассейном, который он превращает в первую в России научно-исследовательскую организацию по вопросам кораблестроения и вооружения. В этом Опытовом бассейне будущий академик А.Н.Крылов вместе с адмиралом С.О.Макаровым изучал проблемы непотопляемости судов.

«Научно-организационная работа Алексея Николаевича Крылова постоянно сочеталась с изобретательской деятельностью. По непосредственным указаниям заведующего бассейном была разработана и осуществлена оригинальная технология изготовления парафиновых моделей судов, применяемая и поныне. Проектирование подводных лодок поставило перед лабораторией сложную задачу - обеспечить возможность испытания вполне погруженных моделей и притом на различных глубинах. Она была блестяще решена А.Н.Крыловым; изобретённая им установка эксплуатируется и по настоящее время" (И.Ханович).

Следует отметить, что подобные этому опытовые бассейны широко применяются в экспериментальных исследованиях и в настоящее время в таких институтах, как Центральный научно-исследовательский институт в С.-Петербурге (ЦНИИ им. акад. Крылова), в крупнейшем Болгарском институте гидродинамики судна (БИГС), построенном с помощью специалистов ЦНИИ им. академика А.Н.Крылова, в других учебных и исследовательских институтах России, занимающихся гидродинамическими исследованиями.

В то же время А.Н.Крылов неоднократно указывал на необходимость накопления материалов натурных испытаний, необходимых для проверки правильности методик пересчёта модельных экспериментов на натурные условия.

В «Воспоминаниях» академика Крылова имеется раздел под названием «Как были получены 500 миллионов на флот в 1912 г.», где рассказывается о том, как им был подготовлен доклад для морского министра с целью получения от Государственной Думы денег для «воссоздания флота».

Доклад министра заканчивался такими словами: «Эти числа вас могут поразить своею громадностью, но если их сопоставить с важностью флота для обороны государства и если примете в расчёт, что всё будет исполнено в России, что при судостроении около 80% составляет плата за рабочую силу, что ассигнованием этих средств вы полагаете прочный фундамент под самые насущные нужды государственной обороны и что при этом вы дадите заработок сотням тысяч рабочих и приложение их трудоспособности во всех отраслях промышленности, — то вы не откажете в том полумиллиарде, который нужен России на возобновление её флота».

Запрошенная морским министром сумма была выделена Думой - деньги планировалось истратить на «сооружение боевых судов», на вспомогательные суда, на плавучие средства портов и на оборудование баз и заводов.

«Виновники» же этого события получили поощрение: докладчик — морской министр И.К.Григорович «получил от Николая II звание генерал-адъютанта. В ближайшее производство я был «за отличие по службе» произведён в генерал-лейтенанты, пробыв в чине генерал-майора всего три года» (А.Н.Крылов).

В том же 1912 году А.Н.Крылова пригласили войти в состав Совета Русского общества пароходства и торговли, затем его избрали в состав Правления Общества, «чтобы ведать предстоящими постройками судов, наблюдать за деятельностью верфи Общества по ремонту судов и, установив надлежащий порядок, устранить непрерывно возникающие недоразумения между частями навигационною, механическою и ремонтною. Само собою разумеется, мне не оставалась чуждой и коммерческая деятельность Общества. Через 2 года своевременно отданным распоряжением я принёс Обществу доход в 35 000 фунтов стерлингов, что тогдашнему курсу составляло 750 000 рублей...»

В 1908-10 годах А.Н.Крылов состоял сначала главным инспектором кораблестроения в Морском техническом комитете, про эту должность он писал в «Воспоминаниях», что это «наивысший по кораблестроению пост», а затем председателем этого комитета, занимаясь всеми вопросами, связанными с проектированием и постройкой новых судов.

Вскоре после ухода Крылова с поста председателя Морского технического комитета (весна 1910 года), он был назначен на должность «генерала, состоящего в распоряжении морского министра».

В это время намечалась постройка четырёх линейных кораблей, и «возник вопрос, снабжать эти суда успокоительными цистернами Фрама или нет». После бесплодных восьмимесячных обсуждений этого вопроса в комиссии Морского технического комитета, А.Н.Крылов предложил «образовать комиссию из наших инженеров и моряков, зафрахтовать пароход, снабжённый цистернами Фрама, и поручить комиссии произвести всесторонние испытания в Атлантическом океане...», что под руководством Крылова и было выполнено.

В начале 1916 года А.Н.Крылов избирается действительным членом Академии Наук, назначается директором.Главной геофизической обсерватории, ведёт работу в качестве директора Физической лаборатории, которая затем была преобразована в Физический институт, куда были включены Сейсмическая комиссия и сеть сейсмических станций.

В конце января 1917 года на основании заявления А.Н.Крылова Общее собрание Академии Наук «с глубоким прискорбием согласилось освободить» его от должности директора Главной физической обсерватории. Свою просьбу Крылов мотивировал отсутствием соответствующих знаний и загруженностью работой по подъёму броненосца «Императрица Мария». Но он продолжал работать в Академии Наук, Морской академии и Русском обществе пароходства и торговли, а в 1919 году был назначен на пост начальника Морской академии.

Академик С.И.Вавилов отмечал: «При деятельном участии академика А.Н.Крылова, геофизиков и геологов, началось в тяжёлых условиях гражданской войны всестороннее обследование Курской магнитной аномалии, приведшее к открытию новых громадных залежей железных руд».

В 1921 году академик Крылов командируется за рубеж и в течение б лет работает консультантом и экспертом советского полпредства и других зарубежных советских органов, с января 1922 года он назначается начальником Морского отдела Российской железнодорожной миссии в Берлине. Одной из основных задач этого отдела являлась задача приспособления купленных или зафрахтованных кораблей для перевозки закупленных за границей 900 паровозов.

Этой работе в «Воспоминаниях» А.Н.Крылова посвящена отдельная глава, так как эта работа потребовала от него, кроме большой подготовительной работы, также его знания для обеспечения «остойчивости в полной мере» перевозящего паровозы судна. Всего было перевезено 500 паровозов из Германии и 102 из Швеции, об этом была составлена книга, в которой Крыловым была написана глава «Суда, перевозившие паровозы».

После этого А.Н.Крылов следил за постройкой лесовозов, после чего академику пришлось заниматься постройкой танкеров, работая в Нефтесиндикате, служба в котором продолжалась до 1930 года.

Будучи директором Физико-математического института Академии Наук, академик А.Н.Крылов ведёт большую работу, связанную с кораблестроением и выполнением других технических задач. В 1932 году он избирается председателем Правления Всесоюзного Научного инженерно-технического общества судостроения, проводит ряд консультаций по самым различным вопросам — гироскопии, баллистике и другим проблемам, связанным с теорией корабля. Но это не мешало академику А.Н.Крылову заниматься и чисто научными проблемами так, что его достижения в этом на правлении в советское время были не менее значимыми по сравнению с дореволюционными.

В 1939 году отмечалось 75-летие академика, где после многочисленных поздравительных выступлений А.Н.Крылов сказал: «...Я почти 60 лет служу любимому морскому делу и всегда считал само это служение Флоту, Родине и народу наивысшей честью для себя. Вот почему я не пойму, чем же я заслужил сегодня такие почести?».