Новая докучаевская комплексная экспедиция направляется в Полтавскую губернию, откуда привозит 16 томов трудов, в Полтаве, как до этого в Нижнем Новгороде, организует естественноисторический музей.

С 1892 по 1897 год Докучаев - директор Ново-Александрийского института сельского хозяйства в Люблинской губернии, который до прихода туда Докучаева хотели закрыть, так как он не был обеспечен ни оборудованием, ни кадрами и работал почти без студентов. Он оставался профессором в Петербурге, начальствовал в особой экспедиции Лесного департамента, возглавлял комиссию для «физико-географического, естественно — исторического, сельскохозяйственного, гигиенического и ветеринарного исследования С.-Петербурга и его окрестностей».

Докучаев перестроил институт, организовал в нём первую в мире кафедру почвоведения, наладил большие исследования по борьбе с засухой. К 1896 году институт становится одним из лучших высших учебных заведений в России.

Теперь почвенная коллекция Докучаева представлена на Всемирной Колумбовой выставке в Чикаго, посвященной четырёхсотлетию открытия Америки. «Кто бы думал, что в конце девятнадцатого века мог быть открыт новый континент в наших знаниях о природе!» — писали американские газеты.

Но Докучаев был вынужден уйти из института, им созданного, им превращенного в единственный на свете, в 49 лет могучий человек был выведен из строя целенаправленными действиями тогдашнего попечителя учебного округа, ему изменило здоровье, тяжело, от рака, умирала любимая жена, Анна Егоровна.

Умер Василий Васильевич Докучаев в 1903 году.

Но ещё за два года до этого здоровье Докучаева было сильно подорвано, и он писал Вернадскому: «Моё здоровье всю прошлую зиму продолжало упорно ухудшаться, и в настоящее время я представляю из себя совершенную развалину... Чем всё это кончится, страшно подумать, дорогой, навек незабвенный для меня, Владимир Иванович...».

Свои исследования Докучаев непосредственно связывал с практическими вопросами сельского хозяйства, он был директором Почвенной комиссии, организованной при Вольном экономическом обществе. Эта комиссия через десять лет после смерти своего организатора была преобразована в Докучаевский почвенный комитет, впоследствии — Почвенный институт АН СССР имени Докучаева.

Создания Почвенного комитета, как постоянного штаба русского почвоведения, Докучаев добивался пятнадцать лет.

«Внешне он казался суровым, "сухо-деловитым". В своих служебных и даже личных отношениях, в отношениях к студентам и ученикам стремился руководствоваться меркой: "Людей надо судить по тому, сколько и как они в жизни сделали". Примером и образцом считал Петра.

— Вот Пётр Великий — труженик на пользу общую. Учиться надо!..

Люди разделялись им на "полезных" и "бесполезных", последние для него не существовали. За "пользу общую" должна была ратовать задуманная им газета.

В честности и работоспособности видел он лекарство от всех бед России» (В.Сафонов).

В 1946 году Академия Наук СССР учредила медаль и премию имени Докучаева, присуждаемые за выдающиеся исследования в области почвоведения.

Целая поросль наук пошла от Докучаева и от его комплексного метода исследований. Это — геоботаника — учение о растительном покрове в связи с той «средой», той землёй, на которой находит его исследователь. Это знаменитая русская геохимическая школа во главе с её основоположником — академиком В.И.Вернадским.

Геологи докучаевского времени гораздо легче могли объяснить кристаллический щит Азии, чем бугры, пригорки, овраги вокруг любой среднерусской деревни. Докучаев рассказал о законах развития привычных и всеобщих черт рельефа, и тогда начала быстро развиваться геоморфология - учение о формировании земли.

Геологи считали почву малозначительной деталью земной коры, но оказалось, что выводы докучаевского учения о почвах исключительно важны геологам для их собственной науки: ведь почва — «зеркало местного климата и притом климата как современного, так и, особенно, давно минувших времён».

Преобразовалась и вся старая географическая наука, Докучаев придал новый смысл центральному ядру её - учению о ландшафтах. Докучаев обратился с призывом к русским агрономам: «Оставьте нередко почти рабское следование немецким указкам и учебникам, составленным для иной природы, для иных людей и для иного общественно-экономического строя».

И сам работой и творчеством своим доказал, как это сделать. История в дальнейшем доказала правоту последнего утверждения Докучаева, когда «первый демократ» Советского Союза -Хрущёв пытался перенести в огромных масштабах уже не немецкий, а американский сельскохозяйственный опыт (страны, лежащей ниже географической параллели города Киева) на климатические условия нашей страны, когда пытался развитием только свиноводства «догнать и перегнать»...

«Докучаев принадлежал к людям, про которых говорят, что они сделали себя сами. Сын священника из провинции, он тяжелейшим трудом пробился к вершинам знания и создал две науки: учение о зонах природы и почвоведение как дисциплину синтетическую. Но наука для него не была книжным и отвлечённым знанием, а существовала неразрывно с деятельностью, с освоением природы страны. И влияние его живо до сих пор» (Г.Аксёнов).

(1863-1945) - автор почти семисот статей и книг, в числе которых 78 публицистических статей, как бы подводя итоги своей жизни, сказал: «Я сделал  всё, что мог, и не сделал никого несчастным».

«Двое учёных сыграли определяющую роль в становлении научных взглядов Владимира Вернадского, его образа мыслей и программы исследований. Один из них — Василий Васильевич Докучаев. Он заложил основы почвоведения - учения о почвах, «четвёртом царстве природы» (наряду с минералами, животными и растениями). Много лет спустя это учение послужит Вернадскому одной из опор его концепции о биосфере Земли.

Имя другого - Дмитрий Иванович Менделеев. Он обладал энциклопедическими знаниями, подарил миру периодическую систему химических элементов и определил всю химию не иначе как учение об элементах, составных частях единого целого - планеты в космосе. Минет время, и Вернадский войдёт в историю одним из создателей новой естественнонаучной дисциплины - геохимии, описывающей судьбу и превращения атомов Земли и космоса» («Энциклопедия для детей», «Геология», М., 1995).

Владимир Вернадский стал одним из немногих учёных XX века, оставивших свой след в самых разных областях науки - в том числе геологии, биологии, химии, философии. Он стал создателем учения о живом веществе и биосфере — учения, которое находится на стыке всех этих наук («Энциклопедия для детей», «Биология», М., 1995).