Но главной задачей университета все так же являлась подготовка высококвалифицированных специалистов. Занятия не должны были прерываться, в измененных из-за войны учебных планах по-прежнему предусматривались зачеты, экзамены, семинарская работа. Сокращался лишь срок обучения за счет уплотнения графика лекций и семинаров. 1 июля 1941 года Комитетом по делам высшей школы был издан приказ, которым определялась жизнь университета почти на весь период военного времени: «1. Для студентов, выполнивших учебный план четырех курсов, в течение июля и первой половины августа организовать подготовку и сдачу 1 комплексного государственного экзамена по особо составленной и утвержденной ученым советом факультета и ректором программе, охватывающей основные разделы дисциплины. Студентам, сдавшим госэкзамен, выдавать дипломы об окончании университета; остальным – свидетельства с перечнем сданных за время пребывания в университете предметов. 2. Для студентов других курсов – организовать занятия с таким расчетом, чтобы обеспечить их выпуск в следующие сроки: студентам приема 1938 г. – 1 мая 1942 г., студентам приема 1939 г. – 1 февраля 1943 г., студентам приема 1940 г. – 1 июля 1943 г. 3. Курс обучения устанавливается в университете 3-летний. 4. При организации учебной работы студентов с 1941/42 уч. г. исходить: а) продолжительность учебных занятий около 42 ч. в неделю (7 ч. в день); б) каникулы летом с 1 – 31 августа, зимой с 11—17 февраля; в) учебная экзаменационная сессия не более 6 – 7 недель. Учебные занятия начать с 1 августа… Прием в аспирантуру в этом году отменяется». Было очень непросто успеть подготовить полноценных специалистов за отведенное время, даже увеличив до предела нагрузку на студентов и преподавателей, которые помимо учебы и научной работы принимали участие в подготовке города к обороне. Многие студенты вечерами отправлялись работать на заводы, девушки трудились в госпиталях, во время частых авианалетов приходилось постоянно дежурить на крышах университетских зданий, обезвреживая зажигательные бомбы, которых на территорию университета порой падало до 100 штук в день. В середине первого военного лета студенты университета работали в Смоленской области, строили одну из линий обороны. Осенью – на полях Подмосковья убирали урожай. В октябре 1941 года, когда немецкие войска были уже на подступах к Москве, студентов МГУ отправили на создание противотанковых заграждений – сооружение рвов, возведение дзотов в районе Сетуни. Позже 1 000 человек из коллектива университета в течение нескольких месяцев занимались заготовкой дров для Москвы.

В ночь с 15 на 16 октября в университетском дворе кружил пепел – жгли дела спецотдела, списки, адреса, различные документы МГУ. Началась эвакуация университета в Ашхабад. 19 октября Москва была переведена на осадное положение. К началу зимы несколькими эшелонами сотрудники и студенты МГУ, а также некоторое научное оборудование и учебные пособия были эвакуированы в столицу Туркмении. Несколько сот человек добирались до Ашхабада пешком.

Всего в Туркмению переехали более 1 000 человек, из которых почти 500 являлись студентами. В декабре 1941 года в эвакуированном вузе начались занятия. Жизнь в Ашхабаде была не из легких. Столичных гостей поселили в общежитиях, школах, клубах – по 7—8 человек проживали в одной маленькой комнатке. Здесь же первое время читали лекции, проводили семинарские занятия. Затем университету предоставили недостроенное здание ашхабадского пединститута. Не хватало воды, электроэнергии, постельного белья. Очень плохо было с продуктами – в Ашхабад долго не перечисляли зарплаты, стипендии, и, чтобы хоть как-то продержаться, многие продавали и без того скудные личные вещи. Завтрак обычно состоял из стакана чая и баранки. Большим подспорьем служили в изобилии водившиеся в окрестностях туркменской столицы черепахи, из которых готовили самые разные блюда. Остро сказывался дефицит оборудования, учебных пособий, научной литературы. В составе университета появились 3 новых факультета – философский, экономический и филологический, созданные на основе присоединенного к МГУ Московского института истории, философии и литературы. Первая сессия 1942 года состоялась в феврале, экзамены и зачеты начинались сразу же после занятий. На всю сессию были отведены 2 недели, после чего открылся второй семестр.

Между тем часть коллектива МГУ оставалась в Москве. Более 700 студентов совмещали учебу и работу в обороняющемся городе. На несколько месяцев занятия в университете были прерваны, их возобновление состоялось в феврале 1942 года. Поначалу они носили форму кружков и консультаций. Занятия велись в 2 – 3 смены, чередуясь с дежурствами по университету, многие студенты переселились в аудитории. Осенью был закончен прием новых студентов. Всего на ноябрь 1942 года в московской части университета обучались 2 300 человек.

Самые трудные дни войны миновали. Университет, эвакуированный в Ашхабад, находился в крайне стесненном положении, что не могло не сказаться на качестве учебного процесса. Было принято решение о перемещении МГУ из Ашхабада в Свердловск, где условия для продолжения занятий и научной работы считались более благоприятными. В августе 1942 года университет закончил переезд в Свердловск, разместившись на базе Уральского индустриального института. Новый учебный год начался с опозданием – 15 октября, поскольку большая часть студентов занималась разгрузкой эшелонов с прибывающим научным оборудованием. К этому моменту были пересмотрены учебные планы, в которых большое внимание уделялось физической и военной подготовке студентов, срок обучения в университете увеличился до 4, а на некоторых факультетах до 5 лет. Многие из студентов и преподавателей жили тогда впроголодь, ютились по чужим углам, часто болели, что становилось причиной ухода из университета. Из-за неуспеваемости в конце 1942/43 учебного года были отчислены очень многие первокурсники – в тот год в университет принимали без вступительных экзаменов и начальная подготовка новоиспеченных студентов оказалась слишком низкой.

В Москве постепенно восстанавливались разрушенные и поврежденные во время бомбежек университетские здания (вторая фугасная бомба, упавшая в феврале 1942 года во двор МГУ, нанесла значительный урон лабораториям), увеличивалось количество студентов. Очевидные успехи Красной Армии на фронте заставили поторопиться с возвращением многих предприятий из эвакуации. Настала пора закончить свои скитания и Московскому университету. В июне 1943 года в старые здания на Моховой вернулись все, кто учился и работал в МГУ.

Прошло еще долгих 2 года войны, за время которых МГУ, несмотря на многочисленные трудности, рос и развивался столь быстро, что уже в 1945 году был поставлен вопрос о необходимости строительства целого комплекса новых университетских зданий, которые отвечали бы всем потребностям одного из крупнейших образовательных и научных центров. В сентябре 1945 года в аудитории МГУ пришли почти 8 000 студентов, из них 1 800 – первокурсники, среди которых 1 300 были зачислены в университет без вступительных экзаменов – вернувшиеся с фронта отличники прошлых лет и золотые и серебряные медалисты, окончившие школу в год Победы. Все факультеты были переведены на 5-летний срок обучения, их число достигло 11 (к существовавшим 10 добавился юридический факультет). В 1945 году к научной работе и занятиям со студентами приступили 19 академиков, 318 профессоров и 264 доцента.

…На высоком правом берегу излучины Москвы-реки, что у Воробьевского шоссе, располагалось капустное поле. Неподалеку начинались кривые переулки села Воробьева, деревянные домишки которого стояли в окружении огородов да пустырей. С некоторых пор к капустным грядкам зачастили какие-то важные люди – приезжали на больших черных машинах, долго что-то рассматривали вокруг, спорили, размахивая руками, а потом садились в свои сияющие черной краской автомобили, которые стремительно уносили куда-то своих загадочных пассажиров. Вскоре на месте патриархального сельского пейзажа развернулась грандиозная стройка – началось возведение новых зданий МГУ.