Университетский квартал на Моховой уже не мог вместить всех своих обитателей. Расширился объем научной и педагогической работы, не хватало места для лабораторий, проведения лекций, старые здания обветшали, все коммуникации требовали капитального ремонта, негде было разместить увеличившиеся фонды научной библиотеки, новое оборудование. Администрация МГУ не раз обращалась в правительство с просьбой кардинально решить проблемы университета. В начале 1948 года ректор МГУ академик А.Н. Несмеянов собрал руководство университета и сообщил: «Я был у товарища Сталина. Он согласен, что по существу надо строить новый университет. С оборудованием и общежитиями. Вы знаете, что недавно было постановление о строительстве высотных зданий в Москве. Одновременно с ними строить и новые здания университета правительство считает невозможным. Это слишком дорого стоит. Поэтому предлагается на наше усмотрение или выбрать любое высотное здание из числа спроектированных и рядом с ним построить дополнительные корпуса, если в этом возникнет потребность, или подождать, когда будут построены высотные здания и после этого приступить к строительству нового университетского городка».

Предложение разместить МГУ в одной из перспективных московских высоток было тотчас принято. 15 марта 1948 года вышло постановление правительства о строительстве комплекса университетских зданий на Ленинских горах, где предполагалось разместить механико-математический, физический, химический, биологический, геолого-почвенный и географический факультеты. Здесь же должны были находиться общежития для 6 000 студентов и аспирантов, 200 квартир для профессорско-преподавательского состава. В университетском городке планировалось создать обсерваторию, ботанический сад, метеостанцию, спортивные сооружения, а также разнообразные коммунально-бытовые предприятия. Речь шла о строительстве и оснащении уникального, еще не виданного в нашей стране дворца науки, в котором будет предусмотрено все необходимое для учебы, работы и жизни.

Основные работы развернулись в начале 1949 года. В проектировании, составлении планов устройства лабораторий, мастерских, аудиторий, кафедр активное участие принимали специалисты МГУ. Был создан Научно-технический совет университета, который вырабатывал рекомендации по планировке и оснащению строящихся зданий. Интересно, что проекты нередко уточнялись или даже менялись прямо по ходу строительства. Все, кто учился и работал в университете, весьма заинтересованно следили за сооружением новых зданий на Ленинских горах. Как вспоминал бывший секретарь парткома МГУ Е.М. Сергеев, общественные обсуждения эскизных проектов всегда собирали большую аудиторию и проходили весьма живо. «Каких только не было предложений! Мне запомнилось выступление механика с физического факультета, предлагавшего предусмотреть наверху главного корпуса сооружение площадки для дирижаблей, так как, по его мнению, им будет принадлежать главная роль при развитии воздушного транспорта».

Расхожая фраза советских времен «МГУ строила вся страна» ни в малейшей степени не была преувеличением. Стройка такого грандиозного размаха и таких невиданных темпов действительно могла состояться лишь при условии, что в ней примет участие промышленность всего СССР. Материалы, оборудование, приборы и интерьеры для новых зданий МГУ изготавливали 600 предприятий Москвы, Ленинграда, Челябинска, Харькова и других городов. На строительстве работало более 20 000 человек, среди них были и заключенные, и военнопленные – их бараки находились здесь же, на Ленинских горах. Прямо на стройплощадке соорудили завод железобетонных конструкций, было задействовано 50 подъемных кранов, одну смену обслуживала 1 000 грузовиков, каждые сутки стройка потребляла около 40 вагонов раствора.

Возведение комплекса новых университетских зданий совпало с двумя развернутыми властью политическими кампаниями, во время которых не только труды отдельных исследователей, но целые отрасли знаний объявлялись лженаучными. В конце 1940 – начале 1950-х годов была фактически уничтожена советская генетика, примерно в это же время началась борьба с космополитизмом. Обе эти кампании больно ударили по университету, став личной трагедией для десятков талантливых ученых. После августовской сессии ВАСХНИЛ 1948 года, на которой президентом был избран Т.Д. Лысенко, началась настоящая травля тех, кто занимался вопросами классической генетики. Была учинена жесточайшая расправа над учеными одного из лучших факультетов МГУ – биологического. Лишился работы и вскоре ушел из жизни декан факультета С.Д. Юдинцев, покончил с собой уволенный из университета зав. кафедрой высших растений Д.А. Сабинин, вынуждены были покинуть МГУ академики И.И. Шмальгаузен и М.М. Завадовский, без всяких объяснений из университета изгонялись десятки биологов. Не менее тяжелые последствия имела борьба с космополитизмом, когда страшное клеймо врага можно было получить лишь за одно упоминание в своей работе трудов иностранных коллег. С исторического факультета по обвинению в космополитизме были изгнаны академик И.И. Минц, профессора И.М. Разгон, Л.И. Зубок, Н.Л. Рубинштейн, В.Г. Юдовский.

В это трагичное время строился новый университет на юго-западе столицы. Он открылся 1 сентября 1953 года. Огромное университетское хозяйство принимал уже новый ректор, академик И.Г. Петровский, сменивший в 1951 году А.Н. Несмеянова, ставшего президентом АН СССР. Начало учебных занятий, однако, не означало, что строительство на Ленинских горах закончилось. И не только потому, что даже в сданных в эксплуатацию корпусах все еще шли последние отделочные работы. Новый университетский городок изначально задумывался как постоянно растущий организм. Строительство вокруг Главного здания МГУ никогда не прекращалось, появлялись новые лаборатории, институты, научные центры. Площадка на Ленинских горах была выбрана столь удачно, что и теперь, по прошествии полувека, университету не тесно в излучине Москвы-реки.

Воспоминания тех, кто первым пришел учиться и работать в новые здания МГУ, полны восторга. Университет поражал своим простором, богатством убранства и красотой интерьеров, современностью оборудования и невиданными по тем временам бытовыми удобствами. Университет располагал всем необходимым – столовыми и буфетами, магазинами и парикмахерскими, прачечными и сберкассами, музеями и библиотеками, бассейнами и поликлиниками, почтой и телеграфом. Можно было провести все 5 лет студенческой жизни, ни разу не покинув МГУ.

Комплекс на Ленинских горах открылся уже после смерти Сталина, когда страна очень медленно пробуждалась от страшного сна. В огромные окна Главного здания МГУ вливались потоки солнечного света и свежего воздуха, и казалось, что все худшее для университета позади. Жизнь изменилась, изменился и университет. После десятилетий ксенофобии страна повернулась лицом к остальному миру. Десятки иностранных делегаций начал принимать университет, ставший местом проведения многочисленных международных симпозиумов, съездов, конференций. С лекциями и выступлениями к студентам и преподавателям МГУ обращались зарубежные ученые и политические деятели. В 1957 году университет превратился в один из центров VI Всемирного фестиваля молодежи и студентов. В 1958 году под руководством Р. Быкова открылся Студенческий театр МГУ. С началом «оттепели» наладились постоянные контакты с крупнейшими зарубежными научными центрами, все больше ученых выезжало за пределы страны для обмена опытом и информацией со своими иностранными коллегами. Резко возрос поток иностранной молодежи, желающей получить образование в МГУ. В 1950 году в университет из-за рубежа приехал лишь 171 человек, в 1956 году их было почти 1 300, так что пришлось даже открывать специальные курсы по изучению русского языка, а со временем был создан деканат по работе с иностранными студентами. После переезда естественных факультетов на Ленинские горы МГУ существенно расширил прием студентов, поступающих на первый курс. В середине 1960-х годов в университете обучалось до 25 000 человек. Гуманитарные факультеты – экономический, филологический, исторический, философский, юридический, а также созданный в 1952 году факультет журналистики, – заняли площади, высвободившиеся после переезда естественных факультетов. Несколько изменились учебные планы и правила приема в Московский университет. Среди абитуриентов приоритет отдавался тем, кто имел не менее чем 2-летний стаж работы, на некоторых факультетах это стало обязательным условием для зачисления в МГУ. За каждым студентом теперь закреплялся научный руководитель. Чтобы разгрузить студентов, было сокращено количество изучаемых непрофилирующих дисциплин, однако вводился госэкзамен по курсу истории КПСС. Студенческая жизнь в те годы стала гораздо разнообразнее. Постоянно проходили встречи с поэтами, писателями, актерами ведущих театров, на которых слушали, говорили и спорили, спорили, спорили… Это было время великих и наивных споров на вечные темы. И пусть «оттепель» вот-вот должна была смениться «похолоданием», ничто уже не могло вернуть ни университет, ни страну в прежние времена.