Этого, конечно, было мало, требовалось создать систему подготовки людей иного мировоззрения, строителей нового мира. И добиться этого можно было, только взяв в свои руки преподавание общественных и гуманитарных дисциплин. Началась реорганизация университета, коснувшаяся в первую очередь юридического факультета. Он был попросту упразднен, а на его базе создали факультет общественных наук, в который со временем влился и историко-филологический факультет. Наркомпрос стал требовать включения в список преподавателей университета своих назначенцев, среди которых было немало деятелей коммунистической партии, вдруг получивших звания профессоров. В основном это касалось факультета общественных наук, откуда пришлось уйти значительной части старой профессуры. О том, насколько острыми порой бывали столкновения при формировании этого факультета, свидетельствует эпизод с попыткой включения в число его будущих преподавателей Н. Бухарина. Профессор С.Н. Покровский, бывший тогда деканом юридического факультета, заявил: «Я не знаю такого экономиста, прошу назвать его ученые труды». Приказом Наркомпроса в состав Правления университета включались представители коммунистического студенчества, канцелярских служащих, обслуживающего персонала. В сентябре 1920 года состоялись окончательные похороны университетской автономии, когда постановлением Наркомата просвещения был распущен Совет университета, а высшим органом учебного заведения стал Временный президиум, подчинявшийся научному сектору наркомата. В Президиум помимо представителей профессуры и студенчества вошли не имевшие никакого отношения к университету партийные и советские чиновники. С этого момента университет перешел под контроль партийной организации. Председателем Президиума стал коммунист Д.П. Боголепов, которого вскоре сменил профессор-коммунист В.П. Волгин. С 1921 года в учебные планы вводились такие обязательные дисциплины: исторический материализм, пролетарская революция, развитие общественных форм.

Высокий уровень преподавания в Московском университете в эти трудные годы сохранялся только благодаря чувству долга старой профессуры. Многие из университетских преподавателей не приняли новых порядков и покинули Россию. Для тех же, кто остался, мотивы сотрудничества с властью были различны. Кто-то искренне приветствовал Октябрьскую революцию, кто-то подчинился страху, для кого-то важнее была возможность сохранить дело всей своей жизни, кого-то удалось соблазнить посулами материального благополучия. Положение университетской профессуры было тогда необычайно тяжелым – зарплаты хватало только на хлеб, из-за отсутствия отопления лекции порой читали при –10°С, ученые с мировым именем в Ботаническом саду выкапывали корни одуванчика, чтобы приготовить цикорий, не доставало лекарств, теплой одежды. Все это усугублялось регулярными обысками в квартирах профессоров, арестами. Только за 1919/20 учебный год умерли 12 профессоров МГУ. Из воспоминаний М.М. Новикова: «Я помню, как А.Н. Сабанин, один из… основателей почвоведения, ослабевший от недоедания, поскользнулся на улице, упал, был принесен к себе на квартиру и скоро скончался от повреждений…

Однажды меня известили о смерти профессора физиологии, любимца студенческой молодежи, Л.З. Мороховца, и я нашел его тело лежащим на ящиках, в сарае на задворках… Жалкую картину представляли похороны этих заслуженных работников науки. На простой, громыхающей телеге отвозился скромный гроб на кладбище». Находящиеся на грани отчаяния профессора попытались в середине января 1922 года устроить забастовку. Властям вскоре удалось уговорить преподавателей вернуться к занятиям со студентами, пообещав повысить зарплату, что действительно было сделано. Но вслед за этим последовали аресты и высылка из советской России профессоров МГУ. Из статьи В.В. Стратонова: «В последний день сентября 1922 г. германский пароход „Обербюргермейстер Гакен“ увозил из Петрограда в Штеттин… группу высланных из Москвы вместе с их семьями. Из профессоров собственно Московского университета были высланы: А.Л. Байков, Н.А. Бердяев, И.А. Ильин, А.А. Кизиветтер, М.М. Новиков, С.Л. Франк, В.В. Стратонов».

Последующее десятилетие было, вероятно, самым трагичным в истории Московского университета. Введенный в качестве основного «бригадно-лабораторный метод» обучения с одновременной полной отменой лекций привел к катастрофическому снижению уровня подготовки специалистов. Студенческие бригады из 3—5 человек самостоятельно «прорабатывали» изучаемый материал, экзамены же заменялись коллективными отчетами, были отменены и дипломные работы. Фундаментальная наука объявлялась ненужной, университет должен был давать минимум теоретических знаний, готовя специалистов-практиков чрезвычайно узкого профиля. Одновременно происходило «разукрупнение» университета– факультеты и отделения выделялись из его состава и преобразовывались в самостоятельные учебные заведения. Это была какая-то чехарда бесконечных реорганизаций МГУ. В 1917 году университет состоял из 4 факультетов: физико-математического, медицинского, юридического, историко-филологического. К концу 1920-х годов под руководством ректора И.Д. Удальцова происходит фактический демонтаж университетских структур. Из Московского университета были выделены медицинский и созданный к тому времени химический факультеты, на базе геологического и минералогического отделений физмата создали самостоятельный Геолого-разведочный институт. Покинули университет факультеты советского права, этнологический, историко-философский, литературный, вышедшие из упраздненного факультета общественных наук, а также геофизическое и гидрологическое отделения физмата. В январе 1930 года в журнале «Красное студенчество» появилась статья ректора И.Д. Удальцова – приговор Московскому университету: «В этом году исполнится 175 лет существования 1 Московского государственного университета… Сейчас эта форма, связанная с русским средневековьем, уже отжила свой век. Пора старику-университету на 175-летнем юбилее своей жизни – на покой».

Резкое снижение уровня преподавания и чрезвычайно низкая квалификация выпускников, обучавшихся в эти годы в МГУ, заставили отказаться от подобных планов реорганизации университета. На рубеже 1930—1940-х годов МГУ обрел структуру факультетов и кафедр, во многом сохранившуюся до наших дней. Университетская жизнь стала похожа на ту, что знакома нынешнему поколению студентов и преподавателей. Лекции вновь стали основной формой обучения, больше не было никаких коллективных «проработок», экзамены принимали у каждого студента индивидуально на сессиях, назначаемых раз в полугодие. Для каждого факультета были разработаны обязательные учебные планы, обучение длилось 4 года, из которых первые два посвящались общетеоретической подготовке. В 1940 году на дневных отделениях семи факультетов МГУ – механико-математическом, физическом, химическом, биологическом, географическом, геолого-почвенном и историческом училось около 5 000 студентов. Вырос престиж университетского образования, сложился блестящий профессорско-преподавательский состав. Звание профессора МГУ пользовалось большим уважением, труд ученых щедро вознаграждался. Но гораздо важнее было то, что власть осознала необходимость Московского университета, который для нее перестал быть «бельмом на глазу».

…Снег, тихо падавший с сумрачного октябрьского неба, засыпал стертые ступени старой мраморной лестницы Аудиторного корпуса, стеклянный купол которого снесло взрывом немецкой фугасной бомбы. Опустевшее здание с выбитыми окнами и дверями, сорванной крышей и изуродованным фасадом казалось оглушенным. Так выглядел университет осенью 1941 года.

Война нарушила размеренную жизнь главного вуза страны. Мирные дела пришлось позабыть, все, что могло помочь фронту, было мобилизовано и в Московском университете. Уже спустя неделю после начала войны с Германией его руководство скорректировало план научных исследований, отдав приоритет работам оборонной тематики. В первые же дни войны Московский университет проводил на фронт 2 000 человек. Краснопресненская дивизия народного ополчения во многом была укомплектована за счет добровольцев МГУ. Из аспирантов и студентов университета сформировали 975-й артиллерийский полк. 17 студенток МГУ после соответствующей подготовки были зачислены штурманами ночных бомбардировщиков в авиагруппу № 122. Одна из них, студентка механико-математического факультета Женя Руднева, писала с фронта своему учителю профессору С.Н. Блажко: «…Свою первую бомбу я обещала им за университет – ведь они его бомбили…» Со схожим настроением шли на фронт многие студенты и преподаватели МГУ.