Прошло около года с того момента, как закончились события первой части. Вроде, о том, что было, можно благополучно забыть… если не одно «но» - та лаборатория, которая была уничтожена, являлась не единственной. Таких целая сеть, и в каждой проводились эксперименты по производству совершенных солдат. Теперь, после гибели генерала Заххака, запускается программа «Scratch», по которой персонал и подопытные во всех лабораториях, а также те, кто что-то знал, подлежат уничтожению...