Мэллори избрал путь укрепления обороны ключевых пунктов на побережье — расположенных в устьях рек портов Норфолк, Чарльстон, Саванна, Мобиль и Новый Орлеан. Захвати северяне эти порты — они смогли по рекам пройти в самое сердце Конфедерации. Исходя из потребностей береговой обороны, Мэллори строил свой флот. Южане не имели возможности превзойти северян в количестве кораблей, поэтому глава военного флота Конфедерации сделал ставку на использование передовых технологий в кораблестроении — на создании кораблей новых классов, самыми известными из которых стали броненосцы, а самым известным из броненосцев «Мэррмак/Вирджиния». Немало броненосцев было построено в расположенном на Миссисипи Ричмонде и в ряде иных мест, однако эти корабли не стали панацей. Они были неуклюжими, мощности установленных на таких кораблях машин не хватало совершенно, к тому же броненосцев банально не хватало в количественном отношении. Броненосцы интегрировали в систему береговой обороны, наступательным оружием они не стали.