В Мексике братья Кастро организовали «Движение 26 июля», названное так в память о дне, когда они штурмовали Монкадо. Под Мехико они создали специальный военный тренировочный лагерь, где обучали новобранцев, которых им удалось завербовать в Мексике. Одним из новобранцев, причем единственным иностранцем в отряде, был и аргентинский доктор Эрнесто Че Гевара.

Братья Кастро планировали добраться до Кубы на яхте «Гранма». Перед самым отплытием «Гранмы» Гевару арестовала полиция: по какой-то причине он показался им подозрительным. Служители порядка обыскали его, но обнаружили в карманах только справку о посещении курсов русского языка, которая неизвестно откуда у него взялась. Ничего компрометирующего при Геваре не было, и полицейские были вынуждены его отпустить. Эрнесто поспешил в порт и едва успел подняться на борт «Гранмы», который уже собирался поднимать якорь.

Братьям Кастро опять не повезло: на Кубе их ожидала засада, и почти все бойцы отряда были перебиты. В живых осталось только 12 человек, среди которых был и получивший ранение Гевара. Эти 12 человек составили ядро повстанческой армии. Они ушли в горы Сьерра-Маэстра и развернули партизанскую войну. Местные жители поддерживали их, и за короткое время численность армии возросла до 800 человек.

За три года партизанской войны Эрнесто Гевара сильно изменился: он отрастил бороду; был назначен майором (команданте), что являлось высшим званием в повстанческой армии; и командиром четвертой, а затем восьмой колонны; был дважды ранен в боях и получил кличку Че, которую сегодня знает весь мир. Во главе восьмой колонны Че, несмотря на вооруженное сопротивление правительственных войск, прошел половину острова и образовал второй фронт в горах Эскамбрая. Первого января 1959 года войска под руководством Че взяли штурмом Санта-Клару – последний крупный город на пути к Гаване, освободив путь к ней повстанческим войскам. Второго января колонна Че вошла в столицу Кубы. Генерал Батиста тогда же бежал из страны.

Что касается прозвища Че, то так Гевару прозвали кубинцы, потому что он часто употреблял это междометие. В Аргентине все постоянно произносили «че», оно ничего не значит, а кубинцам оно показалось оригинальным, и они стали звать его Че Гевара.

Гевара любил шутить, что у него, как у кошки, 7 жизней, и после того как поправился после второго ранения, послал родителям письмо: «Дорогие старики! Самочувствие отличное. Израсходовал две, осталось пять. Однако уповайте, чтобы Бог был аргентинцем. Крепко обнимаю вас всех, Тэтэ». Письмо пришло к ним незадолго до победы партизан, а еще неделю спустя Гевара отправил за своими родителями самолет, на котором они смогли прилететь на Кубу. Они не видели своего сына и почти ничего не слышали о нем с тех пор, как он вступил в отряд Кастро. Встреча Эрнесто с родителями состоялась в аэропорту и прошла очень тепло. Селия неожиданно расплакалась, и Че Гевара с удивлением понял, что он видит ее слезы впервые.

О своей жене, оставленной в Мехико, Гевара и не вспоминал. Еще во время войны он встретил Алейду Марч, которая так сильно влюбилась в него, что даже записалась в партизанский отряд, чтобы не расставаться с Геварой. Эрнесто написал Ильде письмо, в котором сообщал, что между ними все кончено и что он женился на другой. Ильда отнеслась к этому вполне спокойно и даже не препятствовала дочери поехать на Кубу к своему отцу, когда тот пригласил ее. Алейда Марч тоже родила Эрнесто детей. Одну из дочерей он назвал Селией, в честь бабушки.

Через несколько дней после победы революции Че Гевара принимал у себя Сальвадора Альенде, будущего президента Чили, который находился на Кубе проездом и захотел познакомиться с Че. Вот как Альенде вспоминал об этой встрече: «В большом помещении, приспособленном под спальню, где всюду виднелись книги, на походной раскладушке лежал голый по пояс человек в зелено-оливковых штанах, с пронзительным взглядом и ингалятором в руке. Жестом он просил меня подождать, пока справится с сильным приступом астмы. В течение нескольких минут я наблюдал за ним и видел лихорадочный блеск его глаз. Передо мной лежал скошенный жестоким недугом один из великих борцов Америки. Он без рисовки мне сказал, что на всем протяжении повстанческой войны астма не давала ему покоя».

После окончания войны Фидель Кастро стал премьер-министром революционного правительства Республики Куба. А еще несколько дней спустя он издал декрет, согласно которому Эрнесто Че Гевара был провозглашен «гражданином Кубы с правами урожденного кубинца». А еще 4 месяца спустя состоялось его бракосочетание с Алейдой Марч (до этого они жили в гражданском браке).

После этого Че Гевара на некоторое время остепенился и забыл о войнах. Кастро очень ценил его, просил помочь кубинскому правительству завоевать авторитет в мире и часто назначал его главой различных дипломатических делегаций. Так, в 1959 году Че Гевара по поручению кубинского правительства посетил Египет, Судан, Пакистан, Индию, Бирму, Индонезию, Цейлон, Японию, Марокко, Югославию и Испанию. В следующем году во главе экономической миссии он ездил в Чехословакию, ГДР, КНР и КНДР. Еще год спустя он представлял страну на конференции Межамериканского экономического совета в Пунта-дель-Эсте (Уругвай) и т. д. Немало Че Гевара поездил по Африке. В то время многие страны этого континента продолжали бороться за независимость, и он стал свидетелем той борьбы.

Несколько раз Че Гевара посещал Советский Союз. В первый раз он приехал сюда в 1960 году, затем в 1964 году, когда он прибыл во главе кубинской делегации на празднование очередной годовщины Великой Октябрьской социалистической революции и выступал в Доме дружбы на собрании Общества советско-кубинской дружбы и т. д.

Таким образом, он по поручению правительства Кастро активно занимался налаживанием связей с социалистическими странами и со странами так называемого третьего мира, делал все для того, чтобы упрочить положение Кубы на мировой арене, и особенно укреплял дипломатические отношения с Аргентиной и Бразилией.

Кроме того, Че Гевара последовательно занимал должности начальника Департамента промышленности Национального института аграрной реформы; директора Национального банка; министра промышленности и по совместительству члена Центрального совета планирования. Че Гевара подписал экономическое соглашение с СССР.

В свободное время Че Гевара изучал высшую математику и написал книгу «Партизанская война», где изложил теорию и практику революции и привел случай из собственной жизни. Он находил время читать, любил играть в шахматы.

В этот период Че Гевара встречался с крупными политиками и известными людьми. Так, в 1960 году он познакомился с А. И. Микояном, который приезжал в Гавану на открытие советской Выставки достижений науки, техники и культуры; а год спустя принимал на Кубе Юрия Гагарина.

За время его жизни на Кубе Че Геваре не раз приходилось участвовать в военных действиях: в частности, в 1961 году он возглавлял войска, когда на остров вторглись американские наемники и атаковали портовый город Плайя-Хирон. Тогда Че был назначен главнокомандующим войсками провинции Пинар-дель-Рио.

Кубинский период Че Гевары можно описывать бесконечно, перечисляя должности, которые он занимал; экономические и другие договоры, которые он заключил для Кубы; страны, которые он посетил с дипломатическими миссиями и где прочитал сотни докладов о том, как надо делать революцию.

В декабре 1964 года Че Гевара по поручению правительства Кубы во главе кубинской делегации отправился в Нью-Йорк, на 19-ю сессию Генеральной Ассамблеи ООН. Его выступление произвело очень сильное впечатление на всех присутствующих благодаря манере Че Гевары говорить, держаться, с юмором отвечать на вопросы, его искренней улыбке, внешнему виду, и, конечно, самой речи. Несмотря на оживленные споры, которые она вызвала, все сошлись во мнении, что в этот день с трибуны ООН выступал выдающийся человек, личность, и многие предлагали назвать этот день днем Че Гевары в ООН.