Презрением и гневным сарказмом клеймили просвещенные люди духовенство, которое погрязло в пороках. Такое отношение к церкви отчетливо проявляется в литературе того времени. Баррагания отнюдь не была устранена; напротив, браки духовенства допускались официально, свидетельством чего являются привилегии, данные Альфонсом X, против которых высказывались церковные соборы в Вальядолиде (1322 г.) и в Толедо (1339 г.). Не было недостатка в выдающихся людях, таких, как кардинал и архиепископ Толедский Альборнос, пытавшихся укрепить церковную дисциплину и регламентировать обычаи духовенства. Однако их деятельность оказывалась безуспешной. Последствия раскола, несмотря на меры, принятые для укрепления церковного единства королями Кастилии, давали себя знать в течение долгого времени. Лишь в 1429 г. последний антипапа — испанец отрекся от тиары.
Внутренняя структура церкви — ее иерархия и система распределения должностей — не подверглась существенным изменениям по сравнению с предшествующим периодом. Но дисциплина весьма ослабла как среди монашества, так и у белого духовенства.
С другой стороны, все более укреплялись связи с Римом, так как папа и его легаты стали активнее вмешиваться в испанские дела. Из-за этого вмешательства, как мы увидим, произошли некоторые перемены в отношениях между церковью и королевской властью.
Церковь и государство. Процесс централизации церковного управления, начавшийся уже в XI в., и непрерывная борьба пап с императорами, все время оказывавшая влияние на положение испанской церкви, определили ряд существенных элементов в ее внутренней организации и, в частности, порядок избрания епископов и взаимоотношений с папским престолом. Идеи Григория VII получили всеобщее признание и вызвали к жизни богословско-политическую литературу, которая отстаивала догмат превосходства (супрематии) духовной власти над светской, выступая против господствовавшей ранее теории равноправия светской и духовной власти. Догмат супрематии основывался на следующей посылке: считалось, что св. Петр получил от бога два меча, и один из них как символ земной и светской власти папы вручили королям; следовательно, и королевская власть должна была зависеть от папской. Первым литературным произведением, появившимся на Пиренейском полуострове и отстаивавшем идею папской супрематии, была книга епископа — португальца Алваро Пелайо (XIII в.). Позже, в XIV и XV вв., в защиту этого догмата выступили и другие церковные писатели — кастильцы и каталонцы — Экзиминис, Мадригал (Эль Тостадо), Санчес Аревало и Торкемада. Эти работы не оказали непосредственного влияния на характер взаимоотношений между папством и испанской короной, поскольку проблема супрематии трактовалась в них абстрактно. Кроме того, в королевских советах преимущественное положение занимали юрисконсульты — ярые роялисты и цезаристы. Однако основные положения церковной доктрины оказали влияние на развитие ряда положений государственного права Кастилии, ибо благодаря влиянию права канонического догмат о супрематии в той или иной форме был воспринят составителями национальных кодексов и сводов. Так, из текста одного закона «Партид» явствует, что король может приобрести свой титул благодаря папскому пожалованию, причем папа имеет право, в некоторых случаях, освободить подданных короля от соблюдения присяги на верность. В Арагоне эти положения были приняты на практике и привели к определенным последствиям, которые в Кастилии сказались значительно позже.
Выборы епископов постоянно приводили к столкновениям между королями и церковью. Так, Бонифаций VIII (1294–1303) часто вмешивался в выборы, проводимые капитулами, а Альфонс X со своей стороны заявил, что неотъемлемым правом короны является утверждение кандидатов, избранных капитулами, и что право это основывается на трех посылках: во-первых, короли Испании отвоевали страну у мавров, распространили там христианство и превратили мечети в церкви, во-вторых, они основали новые церкви, и, в-третьих, они жертвовали на постройку церквей и непрерывно жаловали церквам новые и новые бенефиции. Фактически в XIII в. было признано, что епископов выбирает капитул с разрешения и одобрения короля, а затем их утверждает соответствующий архиепископ. Кандидатура последнего утверждалась папой, но короли продолжали вмешиваться в дела выборов архиепископов, чему примером являются два случая, имевшие место в Толедо в 1308 и 1335 гг., при Фернандо IV и Альфонсе XI. Теоретически один из законов «Партид» признает неотъемлемым правом папы возводить в сан и низлагать епископов при условии, что подобные акты «принесут пользу стране или будут совершены по просьбе короля». И действительно, в конце XII в. в Испании практикуются прямые назначения епископов папой. В XIV в. уже становится общим правилом утверждение епископов папой (а не архиепископом) и имеют место прямые назначения епископов, хотя случаи эти отмечаются в Кастилии реже, чем в Арагоне. В XIV в. в Кастилии было три архиепископства и 24 епископства.
Короли пользовались правом смещать или изгонять епископов, если последние действовали вопреки интересам или намерениям монарха. Короли сохранили также право запрещать опубликование папских булл, если таковые могли нанести ущерб государству; так поступали Санчо IV, Фернандо IV, Альфонс XI и другие, особенно же часто к подобным мерам прибегал Хуан II. Они также сопротивлялись установлению церковной юрисдикции и стремились укрепить королевскую власть с тем, чтобы обеспечить успешное отправление судопроизводства по уголовным и гражданским делам. Для этого был создан институт «обращения к силе» (recursos de fuerza) или апелляций к королю, который применялся, когда церковные трибуналы, желая расследовать какое-либо дело тайным и незаконным образом, препятствовали действиям королевских судей или же учиняли притеснения и насилия. Первой апелляцией подобного рода было обращение к королю приходских священников Авилы с жалобой на епископа и каноников (1258 г.). Альфонс X в различных законах «Партид» определил следующие случаи, когда духовные лица лишаются права быть судимыми своим трибуналом: при тяжбе о правах собственности или наследования между лицом духовным и светским; при подделке документов, ереси, непослушании или оскорблении епископа; при незаконном присвоении духовного звания. Изъятие из-под юрисдикции церковных судов производилось и в тех случаях, когда привлекались к ответственности лица, пренебрегающие постановлениями об отлучении от церкви или совершившие уголовные преступления. В равной мере коронным судам поручалось вынесение решений о наказаниях за различные правонарушения религиозного или дисциплинарного характера.
Отменялась также привилегия, позволявшая епископам пренебрегать вызовами светских судей, даже в тех случаях, когда явка на суд предписывалась королем. Именно Альфонс X, благочестивейший из королей, щедрый на пожалования церквам и монастырям, охранял права государства, запрещая разбор дел, подведомственных светским судам, в церковных трибуналах. Он противился назначению клириков на должности алькальдов, писцов и нотариусов и запрещал разбор церковными судами гражданских дел, дабы устранить злоупотребления, которые вызывались применением практики отлучений. Альфонс X требовал, чтобы не оставались безнаказанными духовные лица, совершившие различные преступления, угрожая прямым вмешательством коронной юстиции в подобных случаях. Такой же практики придерживались и преемники Альфонса X. С другой стороны, однако, подтверждены были права церковной юрисдикции в сфере чисто церковных дел. Церковные трибуналы разбирали дела о взимании десятины, о пожертвованиях, попечительстве, погребениях, дарах и пожалованиях церкви, отлучениях, интердиктах, тяжбы о пределах компетенции тех или иных духовных судей, споры о демаркации рубежей церковных владений. Ведению церковных судов подлежали дела, связанные с исповеданием веры, церковными таинствами (крещения, браки, разводы), ростовщичеством, прелюбодеянием и с кражами кощунственного характера.
Особенно возмущало как королей, так и города то обстоятельство, что папа нередко назначал или добивался назначения на посты аббатов, приоров и епископов чужеземцев, что «наносило ущерб местным уроженцам и подрывало основы благосостояния страны, поскольку эти чужеземцы вывозили за пределы королевства много богатств». Впрочем, «Партиды» признавали, что папа имеет преимущественные права при назначении кандидатур по сравнению с местными аббатствами, приоратами и капитулами, которые по традиции замещали вакантные церковные должности.