В обязанности Григория Бельского входила организация тотальной слежки за неблагонадежными и выслушивание «изветчиков». Главным средством дознания опричных следователей была пытка. Казни следовали одна за другой.

В конце 1569 года Григорий Бельский получил «извет» от Петра Волынского о том, что новгородский архиепископ Пимен и бояре желают «Новгород и Псков отдати литовскому королю, а царя и великого князя Ивана Васильевича всея Руси злым умышленьем извести». Историки считают, что Волынский подделал несколько сотен подписей под грамотой тайного сговора с королём Сигизмундом II Августом. В ответ была организована карательная экспедиция. 2 января 1570 года опричная армия окружила Новгород. Малюта Скуратов вёл дознание с неслыханной жестокостью. В «Синодике опальных» записано, что: — «по Малютинские ноугородцкие посылки отделано тысяща четыреста девятьдесять человек, да из пищалей стрелянием пятнадцать человек, им же имена сам ты Господи веси». Народная память сохранила пословицы: «Не так страшен царь как его Малюта», «По тем улицам, где ты ехал, Малюта, кура не пила» (то есть ничего живого не сохранилось). Во время «новгородского похода» он распорядился казнить пленных татар, содержащихся в остроге в Торжке. Те оказали сопротивление, исполосовав Малюте живот ножами так, что «из него выпали внутренности».

К 1570 году опричное войско насчитывало уже более 6000 человек и стало представлять большую опасность для государства, чем боярские заговоры. Всевластие и безнаказанность привлекали, как выражался Курбский, «человеков скверных и всякими злостьми исполненных», практически единовластно вершивших суд. В своих «Записках о Московии» Генрих Штаден, немецкий наёмник, попавший в ряды опричного двора, сообщал: «Опричники обшарили всю страну… на что великий князь не давал им своего согласия. Они сами давали себе наказы, будто бы великий князь указал убить того или другого из знати или купца, если только они думали, что у того есть деньги… Многие рыскали шайками по стране и разъезжали якобы из опричнины, убивали по большим дорогам всякого, кто им попадался навстречу». Опричнина стала хорошо организованной вооружённой структурой, которая могла выйти из повиновения в любой момент. В её ликвидации Григорий Бельский сыграл главную роль.

После «новгородского дела» было проведено следствие против руководителей опричнины Алексея Басманова, Фёдора Басманова, Афанасия Вяземского и пр. Алексей Басманов ещё ранее был отстранён от участия в походе на Новгород, поскольку выступал против похода и новгородский архиепископ Пимен был его верным сторонником. Опричник Григорий Ловчиков донес на Афанасия Вяземского: якобы тот предупредил новгородских заговорщиков, выдавая вверенные ему тайны. В следственном деле указано, что заговорщики «ссылалися к Москве з бояры с Алексеем Басмановым с сыном ево с Федором… да со князем Офонасьем Вяземским». 25 июня 1570 года на Красную площадь было выведено на казнь 300 человек. Прямо на эшафоте царь помиловал 184 человека, 116 велел замучить. Начал казнь Малюта Скуратов, отрезавший ухо у одного из главных обвиняемых — думного дьяка Ивана Висковатого, руководителя Посольского приказа, хранителя государственной печати.

В 1571 году после следствия, проведённого Григорием Бельским, о причинах успеха разорительного набега Давлет-Гирея весной 1571 года, в ходе которого была сожжена Москва, были казнены глава опричной Думы князь Михаил Черкасский и трое опричных воевод.

В 1572 году опричное войско было распущено. Царским указом было запрещено употреблять само слово «опричнина» — провинившихся били кнутом.

В начале 1570-х годов по поручению царя Григорий Бельский вёл важные переговоры с Крымом и Литвой.

Весной 1572 года, в ходе Ливонской войны, Грозный предпринял поход против шведов, в котором Малюта занимал должность дворового воеводы, командуя государевым полком.

Григорий Бельский погиб в бою 1 января 1573 года, лично возглавив штурм крепости Вейсенштейн (ныне Пайде). По приказу царя тело было отвезено в Иосифо-Волоколамский монастырь. Похоронен рядом с могилой своего отца. До настоящего времени захоронение не сохранилось. По другим данным — погребён в фамильном склепе в Антипьевской церкви в Конюшенной, что на Волхонке. Царь «дал по холопе своем по Григорье по Малюте Лукьяновиче Скуратове» вклад в 150 рублей — больше, чем по своему брату Юрию или жене Марфе. В 1577 году Штаден записал: — «По указу великого князя его поминают в церквах и до днесь».

В 1571 году Иван Васильевич, после смерти второй жены Марии Темрюковны, выбрал себе невесту — Марфу Собакину, дворянскую дочь из Коломны, дальнюю родственницу Скуратова. Свахами Марфы были жена Скуратова и его дочь Мария, а сам Малюта на свадебной церемонии исполнял роль дружки. Родство с царём стало самым ценным вознаграждением за службу. Однако Марфа умерла, так и не став женой царя. Грозный был уверен, что Марфу извели ядом, а сделать это могли только свои.

После смерти Скуратова его родственники продолжали пользоваться царскими милостями, а его вдова получала пожизненную пенсию, что было уникальным явлением в то время.

У Скуратова не было прямых наследников по мужской линии. Трёх своих дочерей глава «тайной полиции» пристроил весьма удачно. На старшей женился князь Иван Глинский, двоюродный брат царя. Средняя дочь Мария вышла замуж за боярина Бориса Годунова и стала впоследствии царицей. Младшая, Екатерина, была выдана за князя Дмитрия Ивановича Шуйского, брата Василия Шуйского, ставшего впоследствии царём. Князь Дмитрий Шуйский считался наследником престола, поэтому Екатерина также могла стать царицей.

В 1568 году в тверской Отроч монастырь был сослан смещённый митрополит Московский и всея Руси Филипп, попавший по навету в опалу у Ивана Грозного. Годом позже царь проезжал через Тверь по дороге в Великий Новгород, и, остановившись в городе, просил у узника благословения и возвращения на престол, в чём Филипп Ивану Грозному отказал. После этого, согласно житию святителя Филиппа, Малюта Скуратов задушил узника подушкой.

Решительность и жестокость, с которыми Малюта выполнял все поручения царя, вызывали гнев и осуждение у окружающих. Образ послушного и бездушного исполнителя бесчеловечных приказов царя раскрыт в исторических песнях русского народа, на века сохранившего в своей памяти имя палача и душегуба Малюты Скуратова.

Некоторые факты его биографии обросли вымышленными легендами, в том числе об обнаруженном Иваном Грозным «отсутствии девства» у княжны Долгорукой и приказе царя немедленно утопить «юницу», что якобы и было беспрекословно выполнено Малютой.

И, наконец, свояки Годунова, с которыми имел неосторожность породниться его тесть, Малюта Скуратов, Шуйские, один из которых стал Русским царём.

Из академической статьи:

Дмитрий Иванович Шуйский (ок. 1560—1612 года) — русский военный деятель Смутного времени. Сын князя Ивана Андреевича Шуйского. После Василия IV Шуйского был следующим претендентом на престол.

Пытаясь оградить своих детей, князь Иван Андреевич Шуйский, его отец, в 1572 году женил Дмитрия на дочери опричника Малюты Скуратова, Екатерине.

Рында «с другим саадаком» у царя 1577 и 1579 года, кравчий 1580 — 1586 годов на место Годунова. Воевода каргопольский (1586 — 1587 годы). Боярин с апреля 1586 года.

Во время преследования Шуйских Годуновым с 1587 года находился в ссылке в Шуе. В 1591 году, Годунов, уже не видя опасности в Шуйских, возвращает их в Москву. С тех пор Шуйские в целом вели себя лояльно.

В 1591 году вновь введён в Боярскую думу. В 1591 году с братом Александром против крымских татар у Коломенского в Большом полку при Фёдоре Ивановиче Мстиславском и Годунове. Первый воевода передового полка в армии Милославского в Крымском походе к Серпухову 1598 года. Воевода Большого полка против Лжедмитрия в Брянске в 1604 году.