В 1601—1602 годах Годунов пошёл даже на временное восстановление Юрьева дня. Правда, он разрешил не выход, а лишь вывоз крестьян. Дворяне, таким образом, спасали свои имения от окончательного запустения и разорения. Разрешение, данное Годуновым, касалось лишь мелких служилых людей, оно не распространялось на земли членов Боярской думы и духовенства. Но и этот шаг не намного увеличил популярность царя.
Массовый голод и недовольство установлением «урочных лет» стали причиной крупного восстания под руководством Хлопка (1602—1603 годы), в котором участвовали крестьяне, холопы и казаки. Повстанческое движение охватило около 20 уездов центральной России и юга страны. Восставшие объединялись в крупные отряды, которые продвигались к Москве. Против них Борис Годунов направил войско под командованием И. Ф. Басманова. В сентябре 1603 года в ожесточённом сражении под Москвой повстанческая армия Хлопка была разбита. Басманов погиб в бою, а сам Хлопок был тяжело ранен, взят в плен и казнён.
Вместе с тем Исаак Масса сообщает, что «…запасов хлеба в стране было больше, чем могли бы его съесть все жители в четыре года… у знатных господ, а также во всех монастырях и у многих богатых людей амбары были полны хлеба, часть его уже погнила от долголетнего лежания, и они не хотели продавать его; и по воле Божией царь был так ослеплён, невзирая на то, что он мог приказать всё, что хотел, он не повелел самым строжайшим образом, чтобы каждый продавал свой хлеб».
По стране стали ходить слухи, что «Прирождённый государь», царевич Дмитрий, жив. О Годунове хулители отзывались нелестно: — «Рабоцарь». В начале 1604 году было перехвачено письмо одного иноземца из Нарвы, в котором объявлялось, что у казаков находится чудом спасшийся Дмитрий, и Московскую землю скоро постигнут большие несчастья.
16 октября 1604 года Лжедмитрий I с отрядами поляков и казаков двинулся на Москву. Даже проклятия московского патриарха не остудили народного воодушевления на пути «царевича Дмитрия». Однако в январе 1605 года правительственные войска в битве при Добрыничах разбили самозванца, который с немногочисленными остатками своей армии был вынужден уйти в Путивль.
Ситуация для Годунова осложнялась из-за состояния его здоровья. Уже с 1599 года появляются упоминания о его болезнях, нередко царь недомогал и в 1600-е годы. 13 апреля 1605 года Борис Годунов казался весёлым и здоровым, много и с аппетитом ел. Потом поднялся на вышку, с которой нередко обозревал Москву. Вскоре сошёл оттуда, сказав, что чувствует дурноту. Позвали лекаря, но царю стало хуже: из ушей и носа пошла кровь. Царь лишился чувств и вскоре умер в возрасте 53 года. Ходили слухи, что Годунов в припадке отчаяния отравился. По другой версии он был отравлен своими политическими противниками; версия о естественной смерти более вероятна, так как Годунов и раньше нередко болел. Похоронили его в Кремлёвском Архангельском соборе.
Царём стал сын Бориса — Фёдор, юноша образованный и чрезвычайно умный. Его считают первым Русским картографом. Вскоре в Москве произошёл мятеж, спровоцированный Лжедмитрием. Царя Фёдора и его мать убили, оставив в живых лишь дочь Бориса — Ксению. Её ждала безотрадная участь наложницы самозванца. Официально было объявлено, что царь Фёдор и его мать отравились. Тела их выставили напоказ. Затем из Архангельского собора вынесли гроб Бориса и перезахоронили в Варсонофьевском монастыре близ Лубянки. Там же захоронили и его семью: без отпевания, как самоубийц.
При царе Василии Шуйском останки Бориса, его жены и сына были перенесены в Троицкий монастырь и захоронены в сидячем положении у северо-западного угла Успенского собора. Там же в 1622 году похоронили Ксению, в иночестве Ольгу. В 1782 году над их гробницами была сооружена усыпальница.
Судя по карте России, отпечатанной в Амстердаме, составленной Феодором Борисовичем в 1613 году (Через 8 лет после «смерти»), сын Бориса Годунова остался жив, отправившись в Европу для постижения наук, в частности, картографии.
Посмотри, мой дорогой читатель, на карту России 1613 года [Рис. А. VIII.6] и ты поймёшь, откуда шёл Крымский хан на Москву. Огромная территория Крымии, или Тартарии Перекопской, охватывающая весь ареал Дона с притоками, простираясь от низовьев Днепра до низовьев Волги, была намного больше Московии. Перейдя Перекоп, Казы-Гирей уже был под Тулой, откуда рукой подать до Москвы. Именно об этом Крыме и сообщает нам история, а не о небольшом полуострове в Чёрном Море, откуда до Москвы тысячи верст. Именно здесь, на Дону, на огромной территории от Днепра до Волги, «появлялись» знаменитые «разбойники» — Стенька Разин и Емелька Пугачёв, претендовавшие на Российский престол (Возможно, они были царских кровей, людьми, достойными престола больше, чем занявшие его бастарды, а не «разбойниками», как именуют их теперь). А если ты заглянешь за Волгу, там увидишь Великую Тартарию, уходящую в «Terra Incognita». С другой стороны Волги простирается огромная Черемиссия и Мордва, правителем которой Михаил Фёдорович себя не именует.
Вот появляется и тесть Бориса Годунова — знаменитый Малюта Скуратов и его свояки — Щуйские.
Из академической статьи:
Малюта Скуратов (настоящее имя Григорий Лукьянович Скуратов-Бельский;? — 1 января 1573 года) — русский государственный, военный и политический деятель, один из руководителей опричнины, думный дворянин (с 1570 года), любимый опричник и помощник Ивана Грозного.
Год и место рождения неизвестны. Прозвище «Малюта» получил за свой малый рост или, возможно, за свой говор: «Молю тя…». Имя «Малюта» сделалось в народе нарицательным названием палача и злодея.
Имя Малюта Скуратов было прозвищем Григория, так же, как и прозвищем его отца, Лукьяна Афанасьевича Бельского, было Скурат, то есть «вытертая замша» (возможно, по мнению А. М. Панченко, из-за плохой кожи).
Выходец из среды провинциального дворянства, он довольно медленно поднимался в системе государственного управления, и первое время был больше на второстепенных ролях.
Имя Григория Бельского впервые упоминается в разрядных книгах в 1567 году — в походе на Ливонию он занимает должность «головы» (сотник) в опричном войске.
Вопреки распространённому мнению Скуратов не стоял у истоков опричнины, в которую он был принят на самый низший пост параклисиарха (пономарь). Возвышение Скуратова началось позже, когда опричное войско начало действовать, «ограждая личную безопасность царя» и «истребляя крамолу, гнездившуюся в Русской земле, преимущественно в боярской среде». Вскоре Скуратов выдвинулся в число самых приближенных к Ивану Грозному опричников. Н. М. Карамзин, ссылаясь на показания очевидцев, описывает, как Малюта с опричниками совершал налёты на дворы опальных вельмож, отбирая у них жён и дочерей «на блуд» царским приближенным.
Вероятно, в 1569 году Григорий Бельский возглавил опричное сыскное ведомство — «высшую полицию по делам государственной измены», которой до того не было в государственном устройстве. В этом году царь поручает Бельскому арестовать своего двоюродного брата удельного князя Владимира Андреевича Старицкого. Кузен царя был претендентом на престол, «знаменем» для недовольных бояр, однако, прямых доказательств измены Владимира Старицкого не было. Всё изменилось, когда следствие возглавил Малюта Скуратов. Главным свидетелем обвинения стал царский повар по прозвищу Молява, который признался, что Владимир Старицкий поручил ему отравить царя. У повара был найден порошок, объявленный ядом, и крупная сумма денег — 50 рублей, якобы переданная ему Старицким. Сам Молява не дожил до конца процесса. 9 октября 1569 года, по поручению Ивана IV, Малюта «зачитал вины» Старицкому перед его казнью: — «Царь считает его не братом, но врагом, ибо может доказать, что он покушался не только на его жизнь, но и на правление».
