Теоретические и практические труды Лепешинской и ее окружения заполонили специальные журналы, книги, учебники. О них сообщалось в вузовских курсах и общедоступных лекциях, в политических и художественных изданиях и газетах. Они рекламировались по радио, в кино (фильм «У истоков жизни»), в театрах.
После майской сессии 1950 г., утвердившей лидерство Лепешинской в цитологии, в апреле 1952 г. последовало 2-е совещание, посвященное творчеству Лепешинской, о котором упоминалось выше. В промежутках между совещаниями многие биологи, желая укрепить или улучшить свое служебное положение, приезжали в Отдел живого вещества на поклон к Лепешинской. В 1951 г. по проблеме развития живого вещества разрабатывалось более 60 тем, на 1952 г. была намечена разработка более 70 тем. 1951–1952 годы были вершиной научной карьеры Лепешинской. Эта вершина была достигнута в условиях полностью заглушенной критики. Но вот в конце 1952 г., т. е. еще до смерти Сталина, цензурная преграда была взломана. С трибун и со страниц журналов на учение Лепешинской начал обрушиваться нарастающий поток критики. К сожалению, в тех условиях для разоблачения лженауки Лепешинской нельзя было ограничиваться лишь словесной критикой. Для опровержения приводившихся ею данных приходилось бессмысленно тратить время на постановку опытов, результаты которых были самоочевидны. Уже в 1953 г. критика нанесла Лепешинской серьезный удар. Журнал «Клиническая медицина», опубликовавший в январском номере «содовую» статью Лепешинской, в сентябрьском номере того же года напечатал статьи А. Я. Могилевского и Е. А. Лившица с показом всей вздорности «содовой» деятельности Лепешинской. По поводу ее работ по действию соды на цыплят и головастиков Могилевский, в частности, пишет:«Подобные опыты вообще не могут быть основанием для каких-то выводов и тем более для перенесения их на человеческий организм… Статья полна фразами, смысл которых непонятен … Лучше было бы ведущему медицинскому журналу не печатать подобных статей, чтобы не вызывать недоумения у широких кругов медицинской общественности» (с. 78). В мартовском журнале «Клинической медицины» за 1954 г. Лепешинская помещает ответную статью с совершенно беспомощной попыткой нейтрализовать впечатление от разгромной критики Могилевского и Лившица.
В 1953 г. в печати появились и первые разоблачения работ по образованию клеток из неклеточного живого вещества. Когда из лаборатории Лепешинской сообщили, что клетки, якобы, могут возникать из плазмы крови, лишенной клеточных элементов, то сразу нашлись услужливые биохимики — М. Г. Крицман, А. С. Коникова, Ц. Д. Осипенко (Биохимия. 1952. Т 17), которые описали включение аминокислот в белки плазмы крови, т. е. доказывали способность бесклеточной жидкости синтезировать белки. На следующий год в том же журнале появилась статья В. Н. Ореховича с сотрудниками, в которой было показано, что данные Крицман и других являются грубой ошибкой. Так как опыты велись ими не в стерильных условиях, то аминокислоты включались в белки бактерий, загрязнявших плазму крови.
Еще один удар по данным Лепешинской был нанесен в том же 1953 г. Т. И. Фалеевой (см. Доклады АН СССР. Т 91, № 1). Лепешинская утверждала, что при развитии икры севрюги ядро яйцеклетки рассеивается и она переходит в доклеточную безъядерную стадию. Затем ядро вновь возникает из протоплазматической зернистости. Эти превращения Лепешинская расценивала как пример рекапитуляции, т. е. как воспроизведение в развитии яйца этапа, сходного с тем, который имел место на заре филогенеза, когда клетки рождались из доклеточного вещества. То, что при созревании яйцеклеток ядро и хромосомы присутствуют на всех его стадиях, давно было доказано и известно каждому мало-мальски грамотному биологу, так что для опровержения ложных данных Лепешинской зря тратить время на переисследование этого вопроса было ни к чему. Однако нужно было еще убедить в этом невежественных людей, которые имели то или иное касательство к судьбе биологии, а также молодежь, начинающую знакомиться с этой наукой по учебникам, напичканным идеями Лепешинской. Поэтому труд, затраченный Фалеевой на показ источника ошибки Лепешинской, приходится считать оправданным. Икринка севрюги по сравнению с ядром огромна. Для микроскопирования требуются срезы толщиной около 7 микрон. Фадеева показала, что для разложения икринки севрюги нужно изготовить более двухсот срезов. Ядро же обнаруживается лишь на одном или двух срезах. Лепешинская просто не удосужилась просмотреть достаточное количество срезов.
В 1954 и 1955 гг. продолжают появляться в научных журналах статьи с опровержением данных Лепешинской и ее многочисленных приспешников. Большую роль в сокрушении «новой клеточной теории» сыграли Л. Н. Жинкин и В. П. Михайлов. В докладах и обзорных статьях. опубликованных в ведущих научных журналах (Успехи современной биологии. 1955. Т 39, № 2; Архив анатомии, гистологии и эмбриологии. 1955. Т 32, № 2), они дали уничтожающую критику всем основным «фактам» и теоретическим выводам, на которых была построена эта псевдореволюционная теория. Важно было еще и то, что Михайлов не пожалел времени для экспериментального опровержения образования клеток из неклеточного живого вещества. Так он опроверг ошибочные данные Л. В. Полежаева (Журнал общей биологии. 1950. Т 9, № 4), который пытался доказать, что при регенерации отрезанной конечности головастика лягушки клетки образуются не только делением, но и возникают из живого вещества (Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 1954. № 8). Е. В. Дмитриева доказала, что утверждение А. Н. Студитского об образовании ядер из живого вещества при регенерации мышечной ткани ошибочно: новые ядра, как и следовало ожидать, появляются в результате деления предсуществовавших ядер (Доклады АН СССР. 1955. Т 100, № 5). Тогда же совместно с Г. Н. Ворониным (Доклады АН СССР, Т 94, № 3) Михайлов доказал, что описанные М. Д. Скобельским в 1952 г. «плазмосферы», выпадающие из плазмы крови при ее «культивировании» и будто бы превращающиеся в «клеткоподобные образования», являются мертвыми кристаллическими структурами, никакого отношения к образованию клеток не имеющими. Для понимания того, что творилось в биологии и для правильной оценки поведения людей следует учесть, что работы Михайлова выполнены были в его лаборатории, входившей в состав Отдела экспериментальной гистологии Всесоюзного института экспериментальной медицины. Этот отдел в 1950 г. избежал ликвидации лишь благодаря унизительному раскаянию в своих ошибках и признанию, как с трибуны, так и в печати, научного значения открытий Лепешинской заведующим этим Отделом действительным членом АМН СССР Н. Г. Хлопиным. Весной 1952 г. Отдел Хлопина был обследован комиссией, и она в своих выводах указала, что «Научная деятельность Отдела также перестраивается в направлении идей О. Б. Лепешинской».
«Новая клеточная теория» к 1954 г. начала давать трещины. Становилось ясно, что при снятии запрета на критику ей не уцелеть. Понял это и член-корреспондент АМН СССР П. В. Макаров, один из наиболее рьяных проповедников всех творческих достижений Лепешинской. Выше уже было показано, какую удивительную маневренность проявил Макаров в декабре 1950 г. на конференции Физиологического института им. А. А. Ухтомского. И на этот раз он показал должную расторопность и опубликовал в «Вестнике ЛГУ» за 1954 г. совместно с В. Е. Козловым статью, где экспериментально показал, что один из главных аргументов Лепешинской в пользу теории возникновения клеток из живого вещества, полученный ею в опытах с кашицей из растертой гидры, основан на недоразумении. Возможно, из-за меньшей расторопности издательство Всесоюзного общества по распространению политических и научных знаний в том же году выпустило брошюру П. В. Макарова «Новые принципы в клеточной теории и разоблачение реакционной сущности вирховианства», где автор, в частности, пишет:«Большое значение имело также широкое признание прогрессивных идей О. Б. Лепешинской в области развития живого вещества и новообразования клеток» (с. 5) и далее, излагая опыты Лепешинской по зарождению клеток из живого вещества, без тени сомнения пишет: «Процесс новообразования клеток был описан ею и в веществе, выделенном из тела гидр при их растирании в кашицу» (с. 7).
