Скобелев не имел цели вторгаться в Кашгарию, напротив, он хотел предупредить любые конфликты. Кашгария, конечно, интересовала его, но он не был намерен предпринимать что-либо большее, чем внешний осмотр страны, однако границу изучал детально. С этой точки зрения экспедиция представляла собой не более как рекогносцировку.

Экспедиция включала 8 рот, 4 сотни, 3 горных орудия, ракетную батарею. Кроме войск, в состав экспедиции входили специалисты для проведения физико-географических, естественно-научных, топографических и статистических исследований и работ. Отряд выступил 15 июля тремя колоннами, которые должны были соединиться в долине Алая в начале августа. Отряду пришлось совершить при жестоких морозах переход через перевалы Сары-Могул, Кары-Кызак, Арчат-Даван, по высоте значительно превосходящие альпийские и кавказские. Вот где Скобелеву пригодился испанский опыт, который был теперь приумножен несравненно более трудными условиями. Алайская царица Курман-Джан, узнав о движении русских, бежала в Кашгарию, но там ее ограбили, и она вернулась (ее земля исторически и формально была частью Кокандского ханства). Скобелев принял ее ласково, сделал богатые подарки, убеждал ее успокоить население и дал ей полную свободу. Курман-Джан сдержала слово. Население без сопротивления подчинилось русскому правлению, немногие непокорные были обложены небольшим штрафом и направлены на строительство Гульчинско-Алайской дороги, получившей название «скобелевского пути».

7 августа Скобелев выступил к кашгарской границе. Он внимательно изучал местность и население, наиболее удобный путь из Ферганы. Его «Письма с кашгарской границы» К.П.Кауфману — образец научного исследования и глубоких стратегических оценок. Он считал, что Ферганский Тянь-Шань, этот, по его определению, «снеговой бруствер», территориально и по населению тяготевший к Коканду и исторически составлявший его провинцию, должен быть в составе России. Он необходим как для отражения возможных набегов с юга и востока, так и для осуществления его идей борьбы с Англией, которые будут рассмотрены ниже. В результате экспедиции Скобелева граница была занята. Экспедиция имела и большое научное значение: открыты новые страны, впервые нанесены на карту 26 тыс. верст неизвестной местности, проведены естественно-научные исследования, собраны богатые коллекции. В сентябре Скобелев вернулся в Фергану, где все нашел в спокойствии и порядке.

Все же почетная и ответственная, но мирная губернаторская деятельность начинала тяготить Скобелева. Сначала, когда прошел слух о возможном переводе генерала Троцкого в Петербург, он хотел занять становившуюся вакантной должность начальника штаба при Кауфмане. Но вскоре в Туркестан начали поступать вести о готовящейся войне против Турции, и теперь Скобелев всеми своими мыслями устремился на Балканы. О настроениях его этой поры Кауфман писал Троцкому в Петербург: «Скобелев высказал мне желание быть начальником окружного штаба. Вы знаете, что это была и моя мысль… Я… сказал, что буду рад такому начальнику штаба, как он, если вы не возвратитесь. Михаил Дмитриевич трудится и вникает во все, но любит он только военное дело. Он весь проникнут мыслью полететь в армию, которая по-видимому собирается на берегах Дуная. Если война будет в Европе, его нельзя будет удерживать. Он мне пишет: «Я буду служить, где вы потребуете, но должен вас предупредить, что душа моя и мысли мои будут там, где будут греметь наши пушки»». И Скобелев умолял Кауфмана отправить его на войну. В ответ из Петербурга пришла шифрованная телеграмма: «Государь не соблаговолил на перевод Скобелева».

Кауфман, представления которого всегда уважались, был удивлен и поражен. Сам Скобелев стал нажимать в Петербурге на все пружины, засыпал письмами дядю А.В.Адлерберга. Через неделю пришла новая телеграмма: «Генералу Скобелеву высочайше поведено немедленно прибыть в Петербург для направления в действующую армию». Радость Скобелева была омрачена сухой формой вызова. Было очевидно, что в Петербурге им за что-то недовольны. Неизвестность его угнетала.

Проводы Скобелева и войсками, и населением были очень теплыми, даже сердечными. Жители ценили и любили Скобелева, прежде всего за справедливость. Михаил Дмитриевич был искренне растроган. К войскам он обратился со следующим прощальным приказом: «Расставаясь с доблестными войсками Ферганской области, которыми я имел счастье командовать в столь памятное и славное время, с благодарностью и гордостью вспоминаю о совершенных вместе подвигах… В продолжение полуторагодичного командования… я имел случай неоднократно убедиться… что войска относились ко мне с доверием и сознавали ту беспредельную привязанность к их славе и благосостоянию, которая постоянно меня одушевляла в этот продолжительный и незабвенный период. Благодарю всех офицеров и нижних чинов вверенных мне войск. Воспоминание о службе с ними навсегда останется лучшим воспоминанием моей жизни… Прошу их не поминать меня лихом и верить, что только надежда на вероятное близкое столкновение с неприятелем может одна, хотя отчасти, заглушить глубокую скорбь расставания с ними».

Приказ искренен и прост, но не лишен своеобразного красноречия. Не может быть сомнения, что он правдиво передавал состояние грусти, которое испытывал Скобелев, прощаясь с любимыми и любившими его войсками и ставшей ему милой Ферганой.

В связи с отъездом Скобелева Кауфман объявил прощальный приказ по округу, в котором выражал грусть расставания и благодарил Скобелева за его труды на военной и административной службе. Кауфман сыграл большую и полезную роль в воспитании Скобелева. Михаил Дмитриевич это хорошо понимал и был благодарен своему другу-начальнику. Выехав из края 16 февраля 1877 г. и достигнув его рубежа, он из форта Казалинск направил Кауфману письмо, в котором были следующие строки: «Позвольте еще и еще раз выразить Вам мою глубокую и сердечную признательность… я в особенности должен никогда не забывать, каким человеком я прибыл во вверенный Вам край в 1869 г. и каким человеком я теперь еду от Вас в действующую армию».

Приглашаю читателя, в том числе (и здесь даже в первую очередь) узбекского читателя, к выводам из туркестанской главы жизни Скобелева. По-моему, на основании всего, что я рассказал, — а рассказ мой построен на строгом следовании источникам, — должен быть сделан вывод, что Скобелев не был ни деспотом, ни злодеем, ни грабителем. Узбекам не за что обижаться на бывшего губернатора. И в Узбекистане стоит памятник ему, который никто не сможет снести. Я имею в виду город Фергану. Несмотря на новостройки, Фергана сохраняет скобелевскую планировку, да и отдельных зданий той поры сохранилось немало. И насколько мне известно, жители Ферганы поминают Скобелева добрым словом. Думается, что оно заслужено Михаилом Дмитриевичем.

День 5 марта 1877 г. был одним из самых тяжелых в жизни Скобелева. Наверное, даже самым тяжелым. Это был день царской аудиенции. О том, как проходила беседа, мы знаем из письма генерала В.Н.Троцкого Кауфману от 12 марта: «Приехал сюда М.Д.Скобелев. Он поражен, да и я вместе с ним, приемом у государя. Не подав руки, Е.В. сказал Скобелеву: «Благодарю тебя за молодецкую боевую твою службу, к сожалению, не могу сказать того же об остальном» (о чем именно — ни слова). Затем, волнуясь и возвысив голос, государь продолжал: «Я помню, я знал твоего деда, и я краснею за его славное имя». Это место из слов государя так сразило Михаила Дмитриевича, что он говорит, что и не помнит, так ли именно была произнесена его величеством эта фраза, но что в его, Скобелева, ушах особенно тягостно отозвалось слово «краснею». Была еще и такая фраза: «Я осыпал тебя милостями». Государь закончил свое обращение словами: «Я надеюсь, что на новом назначении, которое я тебе дам, ты покажешь себя молодцом»». Скобелев, писал Троцкий, всюду выпытывает, что все это значит, он просит защиты Кауфмана, и продолжал: «По всем признакам, выяснившимся пока, все это крупная интрига, имеющая началом личные доклады х и письма z к w, доведенные и читанные. Военный министр (Д.А.Милютин. — В.М.) принял его очень сухо и, не объясняя ему и не указывая, в чем, собственно, он, Скобелев, провинился, говорил о беспорядках у нас в крае, об открытых злоупотреблениях. Вообще тон всего, что говорил военный министр, не понравился Скобелеву и произвел на него тяжелое впечатление… Нельзя не заметить, что что-то недоброе тут делается и интрига работает».