Карл III (1759-1788) строжайше запретил монахам покидать колонии без королевского разрешения, а в 1774 г. был отдан приказ арестовывать монахов, направлявшихся в Рим без королевской лицензии (Farriss N. И. Op. cit., p. 69). В конце XVIII в. короне удалось вырвать у папского престола еще одну уступку: были ликвидированы должности генеральных комиссариев – полномочных представителей генералов монашеских орденов, местопребыванием которых являлся Рим.
Хотя испанская корона наделяла миссионеров и колониальную церковную иерархию большими правами, она вовсе не считала церковников абсолютно надежной опорой. Вообще королевской власти было свойственно недоверие к силам, на которые она опиралась, и стремление подчинить их деятельность максимальному контролю и постоянной мелочной бюрократической опеке. Так, колониальный аппарат подвергался бесчисленным проверкам со стороны специальных королевских контрольных комиссий (вистас), а каждый колониальный чиновник по окончании срока своей службы перед возвращением в Испанию или уходом в отставку отчитывался перед особым судебным органом, проходил так называемый "процесс по месту службы" (хуисио де ресиденсиа), во время которого любой мог предъявить ему претензии и обвинения, а он был обязан дать соответствующие объяснения. Однако коррупция среди королевских чиновников, в том числе и среди судебных контролеров, была столь велика, колонии находились так далеко от метрополии, что, несмотря на строгую систему контроля, беззакония и преступления, совершавшиеся колониальными властями, как правило, сходили им с рук.
Королевская власть контролировала деятельность церковников через колониальную администрацию. Например, в 1766 г. всем вице-королям и губернаторам был дан приказ секретно и с величайшей осторожностью собрать материал о поведении церковников. Последние признавали над собой власть короля, но отказывались подчиняться его чиновникам, претендуя на равные с ними права, что вызывало всякого рода столкновения и конфликты, разрешавшиеся Советом по делам Индий.
Другим рычагом контроля, используемым королевской властью, было противопоставление духовенства монашеским орденам. Их традиционное соперничество, поощряемое короной, позволяло ей играть роль арбитра и тем самым следить, чтобы ни одна из этих сил не выходила из повиновения, не проявляла слишком большой самостоятельности. Корона старалась, чтобы миссионеры не задерживались долго на одном месте. По мере того как завершался процесс обращения индейцев в христианство, они переходили под опеку "белого" духовенства, а миссионеры направлялись в другую "дикую" местность, что всегда вызывало их недовольство.
Королевская власть вершила судьбами церковников в колониях. Она назначала их на должности, повышала в ранге, от нее зависели их доходы, она решала спорные и конфликтные ситуации. Все это позволяло короне продвинуть на более доходные и влиятельные должности лояльных представителей церкви, а строптивых и неподатливых лишить доходов или снизить в должности, сослать в глушь, изолировать, а когда заблагорассудится – и привлечь к светскому суду (Ibid., p. 30), хотя церковники подлежали юрисдикции только своего суда.
"Американские прелаты, – пишет английский историк М. Фаррисс, – привыкли считать короля подлинным главой американской церкви даже до того, как концепция викариата (наместника бога) достигла своего полного развития в середине XVIII в. Поэтому они охотно выполняли королевские судебные решения, не считая, что такие решения нарушают церковный иммунитет больше, чем вмешательство вице-патронов (вице-королей) в спорные вопросы патроната и лишение бенефиций, против чего многие из них решительно протестовали" (Ibid., p. 32).
Король имел право также назначать по своему усмотрению визптаторов – контролеров монашеских орденов, и, хотя это делалось с согласия высшего начальства ордена, визитаторы, как правило, действовали в интересах короны, что не могло не оказывать соответствующего влияния на поведение монахов, в частности миссионеров.
Имелось в руках короля и другое грозное оружие, которое он мог применить и применял к неугодным ему служителям культа, так называемое "информационное дознание" (просесо информативо), носившее характер тайного следствия. Эта дисциплинарная мера применялась по распоряжению самого короля или его наместников в колониях. "Информационное дознание" – им руководили светские лица – не носило характер суда, не налагало каких-либо конкретных наказаний на обвиняемого, а только собирало против него компрометирующие данные в виде свидетельских показаний и тому подобных документов. Собранное таким образом досье могло послужить основанием как для процесса, так и для административных мер против лица, являвшегося объектом дознания.
При желании король мог без каких-либо объяснений, ссылаясь на так называемую доктрину "административной власти" (подер экономико), присущую ему как абсолютному монарху, выслать из колонии любого церковника, который, как отмечалось в соответствующем законе, "своим поведением способствует нарушению порядка, бунту или другим каким-либо способом вредит обществу" (Farriss N. М. Op. cit., p. 52).
Такие действия предпринимались чаще всего от королевского имени местными колониальными властями, которые для того, чтобы отчитаться перед Мадридом, предварительно проводили "информационное дознание".
Со ссылкой на "подер экономике", в частности, была издана "прагматика", предписывавшая изгнание иезуитов из испанских колоний и метрополии, а затем на таком же основании были высланы из заморских владений все без исключения церковники-иностранцы (в основном это были монахи) (Ibid., p. 53).
Административная власть государства, отмечает М. Фаррисс, несомненно, была полезным инструментом для борьбы против преступных или потенциально опасных (с точки зрения короны) церковников. Эта власть рассматривалась королевскими чиновниками в Индиях как необходимое средство для ограничения огромного влияния церкви. Борьба за преобладание была неизбежной между духовенством и светской властью – двумя господствующими классами в колониях, которые часто сотрудничали между собой, но столь же часто сталкивались, обвиняя друг друга в присвоении себе чужих прерогатив (Ibidem).
Нельзя сказать, чтобы административные меры колониальных властей против церковников всегда проходили гладко. Иногда они вызывали резкую ответную реакцию, причем окончательное решение принималось короной. Например, в октябре 1762 г. в Кампече (Мексика) прибыл из Гаваны находившийся ранее в плену у англичан монах-итальянец Хуан де Анновачио. Колониальные власти, подозревая, что Анновачио был английским шпионом, арестовали его, заковали в цепи и выслали в Испанию. Однако они совершили ошибку, сообщив о своем решении местному архиепископу. Последний, не оспаривая права светских властей на арест монаха, посчитал их действия нарушением церковных прерогатив и публично отлучил их от церкви. Архиепископ заявил, что дело о монахе власти должны были сначала передать церковному судье, и только в случае, если бы решение последнего их не удовлетворило, они могли бы действовать самостоятельно, но лишь с ведома и санкции архиепископа, который, будучи, как и они, верным королевским слугой, не отказал бы им в сотрудничестве. Обе стороны обратились за разрешением спора в Совет по делам Индий, который отменил решение архиепископа и повелел ему снять отлучение с местных властей (Ibid., p. 57-58). Это довольно типичный случай борьбы вокруг вопроса о прерогативах и правах церкви и светской власти, борьбы, которая велась на всем протяжении колониального периода.
Судебные дела, находившиеся в ведении церковных трибуналов, согласно булле папы Григория XIII, выданной Филиппу II в 1573 г., должны были завершаться в колониях. После решения церковного суда апелляция подавалась архиепископу. Окончательное решение выносил другой архиепископ, диоцез которого был расположен по соседству с первым. Булла Григория XIII не запрещала обращаться в Рим с просьбой пересмотреть постановление колониального церковного суда, но практически решения римской курии признавались только с королевского согласия (пасе регио), выдававшегося Советом по делам Индий. При Карле III эти условия еще более ужесточились. Решение римской курии рассматривалось Советом по делам Индий только тогда, когда апелляция в Рим производилась с согласия высших колониальных властей (вице-короля, губернатора) и испанского правительства.