Во время бунта на броненосце «Потемкин» погиб матрос Вакуленчук. Градоначальник Одессы похороны его запретил. Все священнослужители отказались совершать над ним православное отпевание. Тогда матросы броненосца направили жерла пушек на город и послали делегацию к отцу Ионе. Он, несмотря на болезнь, отправился к городскому главе и уговорил его разрешить похоронить матроса. Затем совершил отпевание над телом погибшего. Однако земле предали его за оградой кладбища, как бунтовщика.
После Октябрьского переворота и установления советской власти в городе отец Иона продолжал свое служение в портовой церкви. Он призывал своих прихожан не поддаваться духу времени, сохранять веру в Бога, быть верными чадами Православной Церкви.
В это время, как и в прежние годы, Господь по молитвам праведника творил чудеса для укрепления верных и для посрамления безбожников.
Раба Божия Л. Райкова свидетельствует: «Это было в 20-е годы. Отец моего мужа Райков Федор Сергеевич был болен эпилепсией. Ни один врач не смог вылечить его. Маме посоветовали обратиться к отцу Ионе. Когда отец Иона посмотрел на него, то сказал ей, чтобы она оставила его на некоторое время в храме. По молитвам отца Ионы свекор был исцелен».
Однажды в Одессу приехала крестьянка и привезла с собой двухлетнего сына, слепого от рождения. До нее дошли слухи, что профессор В. П. Филатов делает глазные операции и многим возвращает зрение. Она обратилась к нему. Но Филатов, продержав ребенка у себя в клинике, объяснил матери, что излечить ребенка он не может и что наука вообще в данном случае бессильна. Огорченная мать пошла к отцу Ионе и просила его помощи. Батюшка обещал помолиться. Девять ночей он простоял на молитве, служил непрерывно молебны и акафисты, а на десятый день ребенок на руках матери прозрел. Случай этот наделал в городе много шума. Дошло до профессора Филатова, и он был поражен. Советская власть устроила следствие и показательный суд. На суд вызвали Филатова. Отцу Ионе инкриминировали обман и шантаж, но профессор Филатов твердо заявил, что это именно тот ребенок, которого он не брался излечить, и признал наличность чуда. Судьи порочили Филатова, стыдили его и говорили: «Как можно допустить здесь чудо?» Но профессор твердо стоял на своем, и суд окончился ничем: никого не осудили, никого не наказали и веру религиозную не только не посрамили, но даже, наоборот, укрепили.
У одного крестьянина был слепорожденный ребенок. Мальчику было двенадцать лет. Услышав, что святой праведный Иона исцеляет слепых, крестьянин привез сына к нему. Батюшка отправил их к Филатову. «Только чудо может ему помочь», — сказал профессор. Родители вернулись к отцу Ионе. Батюшка предложил оставить мальчика у себя. Дело было в Великом посту. Отец Иона начал молиться о слепом и причащать его. Через две недели мальчик прозрел. После этого случая Филатов стал посещать святого праведного Иону и стал его духовным чадом. Когда спрашивали его, как он нашел способ пересадки тканей, он отвечал: «При помощи молитв отца Ионы».
В первые годы советской власти богоборцы не трогали отца Иону. Потом стали делать обыски в его доме и храме, вызывали на допросы.
В эти годы Церковь постигает еще одно бедствие — обновленческий и автокефальный расколы.
Накануне обновленческого раскола отцу Ионе явилось видение, когда он стоял у престола за всенощной. Он вдруг умолк, застыл и через некоторое время, подняв руки, стал восклицать: «Хвалите имя Господне, хвалите имя Господне! Аллилуиа, аллилуиа». Всего в слезах, увели его, не окончившего службу, из церкви домой. Присутствующие поняли, что батюшке было видение.
Старшая его дочь Вера видела только, как огнем наполнился весь алтарь. А позже святой праведный Иона рассказывал, что он видел: шел Христос, за Ним священники, раздирающие на Нем ризы. Рядом с Господом шел преподобный Серафим Саровский и горько плакал. А Господь сказал ему: «Не плачь, они покаются!»
Отец Иона и еще несколько священников не поддались диавольскому прельщению и во все годы гонений, несмотря на угрозы, твердо были верны Святейшему патриарху Тихону. Вразумляя своих малодушных собратьев, праведный Иона говорил: «Держитесь Богом посланного в наше смутное время второго Ермогена — Святейшего патриарха Тихона, и не идите за наемниками и за теми, которые „прелазят инуде“, ибо они „татие суть и разбойницы“» (Ин. 10, 1, 8).
Много бед, горя и скорбей причинили батюшке обновленцы. По их навету его хотели выслать. Но Господь охранял праведного Иону, как Своего избранника.
Как было показано в видении, позже обновленческие священники приходили к святому праведному Ионе каяться. При этом они кланялись ему в ноги и просили прощения. Батюшка им говорил: «Кланяйтесь не мне, а народу, который вы ввели в заблуждение!» Кающиеся священники выходили на амвон, становились на колени и кланялись людям, прося прощения.
В это время в городе появился некто, объявивший себя «антихристом», будораживший умы легковерных людей. В народе было немалое смятение. Отец Иона призвал своих прихожан к молитве о том, чтобы человек этот сам пришел к нему в Церковь. Тот не заставил себя долго ждать. Придя на литургию и растолкав людей, он вошел прямо в алтарь и просил разрешения выйти к народу в качестве «антихриста». На это батюшка сказал, указывая на главную святыню храма: «Вот престол и на нем восседает Царь Славы, поэтому ты, бес, молчи, а ты, Андрей, говори» — и стал с ним говорить и исповедовать его. Во время исповеди отец Иона несколько раз запрещал бесу и, наконец, совсем изгнал его. Выйдя из храма, человек этот, измученный и утомленный, поплелся вверх по Потемкинской лестнице и, сев на одну из верхних ступенек, долго еще вытирал пот с лица. Он снова стал прежним Андреем, ушедшим от родных несколько лет назад и молитвами праведного Ионы возвращенным в лоно родной Православной Церкви. «Я уверен, — говорил батюшка, — что этот человек станет серьезным подвижником».
Отец Иона окормлял женский Михайловский монастырь, в котором у него много было духовных чад. Однажды фельдшер монастырской больницы монахиня Галина, будучи чем-то очень взволнована, допустила ошибку: вместо 0,06 граммов какого-то ядовитого вещества взяла 6 граммов. Дав выпить больной монахине это лекарство и увидев появление признаков отравления, монахиня Галина бросилась в Портовую церковь. Увидев отца Иону выходившим из храма, она упала к его ногам со словами: «Батюшка, я отравила сестру!» — и стала просить его молитв. Выслушав объяснение и просьбу, отец Иона стал молиться, сказав лишь кратко: «Молитесь и вы». Вернувшись в монастырь, матушка Галина увидела больную в добром здравии. «Напрасно ты ходила за врачом, — сказала она, — мне минут через сорок вдруг стало совсем хорошо». По времени это был момент молитвы праведного Ионы.
И другой случай исцеления. Служил в Михайловском монастыре молодой священник отец Никанор. Жил он там вместе с семьей и болел скрытой формой туберкулеза. В ту суровую осень он простудился. После долгой болезни туберкулез перешел в открытую форму. Началось сильное кровохарканье, больной метался в жару, и окружающие ничем не могли ему помочь. Опытный врач, осмотрев больного, сказал: «Поднимается температура. Если дойдет до сорока и выше, знайте, что наступает агония». Услышав такой приговор и видя уже грозные признаки наступающего конца, матушка Галина снова поспешила за помощью к отцу Ионе. Праведник, несмотря на усталость после богослужения, обещал прийти. Молча вошел он с надвинутой на глаза скуфией. Ни на кого не глядя и не здороваясь, он тихо шептал про себя молитву: «Ныне силы небесныя с нами невидимо служат». Когда окончилась исповедь, все присутствующие, стоявшие в коридоре у двери, явственно услышали громко произнесенные слова: «Отче, брате и чадо: прощаю, разрешаю, и… исцеляю!» Эти слова произвели на всех потрясающее впечатление. Ушел праведник так же молча, ни с кем не попрощавшись. А у больного прекратилось кровохарканье, упала температура. Через короткое время он уже поднялся, стал ходить. И на первом же после смертельной болезни богослужении ему сослужил его спаситель и молитвенник отец Иона Атаманский.
