Первые годы пребывания в монастыре были сопряжены для отца Алексия с большими трудностями и огорчениями, но братия считала это время для себя блаженным, потому что посторонний народ почти не бывал в пустыни и отец Алексий оставался безраздельно с монахами. Скорби и трудности опытно познакомили отца Алексия с иноческой жизнью, и он говорил, что только через два с половиной года понял, что такое монашество. Когда уроки по Закону Божию закончились, отец Алексий после ужина читал братии творения святых отцов и делал это до своего частичного ухода в затвор. Кроме того, по праздникам он говорил поучения народу. Его проповеди были простые, полезные и понятные. Незадолго до ухода в затвор он прекратил проповедовать, находя, что это может возбудить в нем тщеславие.
Отец Алексий очень любил природу, но в лес или поле не ходил. Его прогулки ограничивались стенами пустыни. Не торопясь, бродил он по дорожкам, останавливался и внимательно вглядывался в окружающую его красоту: природа его умиротворяла. В то время он жил в северо-восточной угловой башне. В 1906 году, Великим постом, постоянно осаждаемый исповедниками, он стал изнемогать, здоровье его пошатнулось, и он тяжко захворал воспалением легких. Положение было настолько серьезно, что доктор Мамонтов, лечивший его, открыто говорил, что отец Алексий может умереть. То помещение, где он жил, было сырым и холодным, и его перенесли в игуменские покои. Когда его переносили, ударили в колокол к богослужению… Братия все плакали. В Великий четверг отца Алексия соборовали, участвовали все братия, а сын его, Михаил Федорович, плакал, как дитя. Инок Зосимовой пустыни Владимир пишет, что после соборования, когда иноки подходили по очереди прощаться с батюшкой, подошел и он. Отец Алексий простился с ним, потом тихо сказал: «Молись, я надеюсь на Бога, ради ваших святых молитв Господь дарует мне здоровье». После этого отец Алексий стал поправляться. Летом 1906 года он перебрался в небольшую избушку, пожертвованную одним крестьянином, расход по постройке которой взял на себя сын отца Алексия.
Мало-помалу главным делом батюшки в монастыре стало старчество и духовничество. 17 февраля 1906 года скончался старец отец Варнава из Гефсиманского скита, и сразу же многие из его духовных чад обратились за помощью и поддержкой к отцу Алексию.
Игумен отец Герман, увидев, как много людей стало приходить к отцу Алексию за советом и духовным руководством, отменил все другие послушания, назначив ему только старчество и духовничество. Это и стало самым главным делом монашеской жизни старца.
Когда отец Алексий еще только готовился поступать в монастырь, его главной целью были затвор, молитва, безмолвие. Однако в первые годы это желание батюшки не осуществлялось.
Потому батюшка и стал ходатайствовать перед начальством о позволении уйти в затвор. Его просьба была частично удовлетворена, и 3 февраля 1908 года старец ушел как бы «в полузатвор», сначала временно, до Пасхи. Вход в его избушку был закрыт для всех мирян, кроме семейства сына, даже братия могла входить туда на откровение помыслов в известные часы по пятницам. Отец Алексий стал принимать исповедников только в церкви по субботам и воскресеньям.
Период пребывания отца Алексия в полузатворе (1908–1916) был особенно труден и многоплоден. Его известность среди людей, ищущих духовного наставления, росла не по дням, а по часам. К нему, как к свету, стремились отовсюду люди: государственные деятели, митрополиты и архиепископы, епископы и архимандриты, священники и иеромонахи — большей частью из воспитанников Московской Духовной академии, простые монахи, особенно много монахинь из разных монастырей, военные, врачи, чиновники, учителя, профессора и студенты, рабочие и крестьяне. Среди духовных детей старца к этому времени были и такие известные деятели Русской Православной Церкви, как великая княгиня Елизавета Феодоровна, основательница Марфо-Мариинской обители милосердия, ныне причисленная к лику святых, и матушка Фамарь, которая, по благословению отца Алексия, в 1908 году основала ставший скоро известным Серафимо-Знаменский скит под Москвой. Сам обложенный, как говорится, немощами, старец врачевал и духовно и физически всех, кто с верой прибегал к нему, каждому давал то, что ему требовалось для выздоровления.
Иногда отцу Алексию приходилось принимать народ почти безвыходно по многу часов. Можно было удивляться, как его больное сердце выдерживало это огромное напряжение. Конечно, то было чудо, в немощи совершалась сила Божия. Со временем пришлось ввести специальные билеты для исповедников: сто десять билетов на два дня. Отец Иннокентий их раздавал. Когда на исповедь пускали выборочно, батюшка был недоволен. «Я, — скажет, — не на лицо, а на человека должен смотреть».
В ноябре 1909 года в Зосимову пустынь приехал наместник лавры отец Товия, и тогда на совместном совещании трех старцев — Германа, Алексия и Товии — было решено, что отцу Алексию мало двух дней в неделю для приема, прибавили еще один день — пятницу.
Переписка отца Алексия со своими духовными детьми была не столь обширна. Он полагал, что только личное общение, разговор от сердца к сердцу может подсказать лучший совет. Поэтому письменные советы старец давал только в случаях крайней необходимости, при этом, понимая свою ответственность, он всегда долго обдумывал и взвешивал каждое свое слово. После же ухода в затвор всякая переписка с батюшкой была прекращена: ее запретили по новым правилам.
Летом 1909 года в Сергиевой лавре состоялся монашеский съезд, и старец Алексий был среди его участников. Его голос имел там большое значение, с его духовным опытом считались, и все с почтением прислушивались к его словам. Здоровье отца Алексия уже давно все ухудшалось. В 1914 году, в ночь на первый день Пасхи, когда он готовился служить литургию, у него случился сильный сердечный приступ. Такое бывало и раньше, но с тех пор приступы стали повторяться чаще. Старец заметно сдал, осунулся, сгорбился. Почти постоянно он чувствовал головокружение и головные боли. Достаточно было ему немного поволноваться, чтобы появились сбои в сердцебиении. Между тем число приезжающих к старцу увеличивалось с каждым годом. Принимать народ торопливо и спешно старец, по складу своего характера и дарования, не мог, но всех удовлетворить как следует не хватало времени. Отец Алексий от этого страдал, волновался, что еще больше ослабляло его здоровье. Летом 1915 года у него случилось полное расстройство сердечной деятельности, он буквально умирал и полтора месяца никого не мог принимать. Телесная немощь и чувство близости смерти вынудили его задуматься об уединении и затворе.
В июне 1916 года старец окончательно «ушел от мира», затворившись в своей келье.
После ухода в затвор отец Алексий покинул свою избушку и поселился на втором этаже братского корпуса, пристроенного к святым вратам с восточной стороны. Его келья размещалась вплотную к алтарю надвратной церкви Всех святых, и старец через особую дверь мог незамеченным входить прямо в алтарь. По правилу жизни в затворе, отец Алексий каждый четверг исповедовался, каждую пятницу молился за литургией в алтаре и причащался. Старец считал таинства исповеди и причастия самыми важными для спасения души и поэтому относился к ним с величайшим благоговением. Он говорил: «Я прихода отца Германа каждый четверг ожидаю, как манны небесной. Вот придет, все оберет, успокоит».
Жизнь пустыни после ухода старца Алексия в затвор изменилась. Так как количество богомольцев значительно уменьшилось, гостиница пустовала. По воскресным дням бывало всего около двадцати исповедников, а в будни — один-два. В сентябре в соборе стали служить только по большим праздникам. Обычно служили раннюю литургию в церкви Всех святых, позднюю — в церкви преподобного Сергия.
Уединение отца Алексия, снявшее с него огромную нервную нагрузку, конечно, благоприятно сказалось на его самочувствии: сердечные приступы стали слабее и возникали гораздо реже. Старца продолжали безпокоить только письма и телеграммы с просьбами молиться о родных и близких, находившихся на фронте, где тогда шли жестокие бои. Все просьбы старец с любовью выполнял, и его молитвы часто помогали.
