С 1862 по 1893 год он работает в 4-м отделении неврологической клиники Сальпетриера. Когда Шарко приступил к чтению курса по неврологии, медицинский факультет не мог предоставить ему иного помещения, кроме освободившейся кухни или упраздненной аптеки. Столь же мало интереса проявляли студенты. В первый год на его лекции ходил лишь один молодой врач. Однако все это мало беспокоило Шарко, который активно превращал Сальпетриер из приюта в больницу, в центр научных исследований и подготовки молодых врачей. В 37 лет он достиг вершин в изучении неврологических заболеваний, всегда остававшихся за семью печатями. После того как он воцарился в Сальпетриере, клинику стали называть Меккой неврологов. Когда Шарко шествовал через старые палаты больницы для хронических больных, комментируя каждый случай болезни нервной системы и давая ему название в ярко выраженной патриархальной манере, за ним следовал огромный шлейф ассистентов, жадно ловивших каждое его слово.
Профессор Шарко — великая личность: любезный, добродушный, остроумный, выделяющийся среди других врожденным превосходством. Он увлекается философией, литературой, очень любит живопись и сам неплохо рисует, иллюстрируя свои монографии. Его личные коллекции предметов искусства составили впоследствии собрания двух музеев. Шарко быстро стал достопримечательностью Парижа. Его имя гремит по всему миру. К нему стекаются ученики изо всех стран. Никто не смеет называть себя образованным врачом, не побывав у Шарко в Сальпетриере, из которого он сделал академию современной неврологии.
Считалось, тот не врач по нервным болезням, кто не прослушал его курса лекции. Никто до него и после него не оказывал такого влияния на неврологический мир. Одно имя Шарко на обложке обеспечивало успех журналу. Предисловие Шарко гарантировало успех книге, а поддержка Шарко определяла успех в жизни. Одного его слова оказывалось достаточно, чтобы предопределить результат любого экзамена или конкурса — собственно говоря, он был некоронованным властелином всей французской медицины.
В его приёмную в Сен-Жерменском предместье стекаются больные со всего света и нередко много недель ожидают, чтобы их пригласили во внутреннее святилище — его огромную библиотеку, где Шарко сидел у окна. Было что-то сверхъестественное в том, как он обнаруживал самый корень болезни. Для этого ему часто бывало достаточно одного взгляда его холодных орлиных глаз. Шарко рвут на части, приглашая читать лекции и консультировать во все страны мира. Когда-то он начинал бедняком в больнице, теперь становится «царём врачей». Шарко состоял президентом, вице-президентом, почетным и действительным членом 55 академий, университетов и научных обществ. О нем говорили: «Шарко исследует человеческое тело, как Галилей исследовал небо, Колумб — моря, Дарвин — флору и фауну земли».
Профессор Шарко женился на вдове, имевшей от первого брака дочь. Она была милой, очень живой и несколько полноватой женщиной. Собственных детей у Шарко было двое: дочь Жени — художница, будущая хранительница музея своего отца, и сын Жан — врач и полярный исследователь, назвавший остров в Антарктиде в честь своего отца. Отец жены Шарко был богатый парижский портной, владеющий многими миллионами. Частная практика Шарко стала настолько известной, что его приглашали королевские семьи Европы. Это позволило содержать ему роскошную резиденцию на знаменитом бульваре Сен-Жермен. Он купил превосходный дом и пристроил к нему два современных крыла, одно из которых занимал кабинет и библиотека.
Библиотека была огромной. Это был зал высотой в два этажа. Его противоположная от двери половина была точной копией библиотеки Медичи во Флоренции. Темные деревянные полки были до потолка заставлены несколькими тысячами томов в роскошных переплетах. В библиотеке была ведущая на узкий балкон резная лестница. Короткие выступы разделяли помещение: одна часть была заполнена научными книгами Шарко, в другой части приютились глубокие удобные кресла, длинный, заваленный газетами и журналами стол, наподобие тех, что встречаются в монастырских трапезных. Перед окнами, выходящими в сад и украшенными витражами, стоял резной письменный стол Шарко с набором внушительных чернильниц, с рукописями, книгами по медицине с закладками. За столом высилось кожаное кресло в стиле ампир. Стены были декорированы гобеленами, итальянскими пейзажами эпохи Ренессанса; перед камином в дальнем углу находились столики и музейные горки с предметами китайского и индийского искусства.
Участок, на котором в 1704 году построили это здание для мадам де Варенжевиль, был столь велик, что через сто пятьдесят лет, во времена Второй империи, когда на левом берегу Сены прокладывался бульвар Сен-Жермен, то он пересек двор мадам де Варенжевиль по диагонали.
Профессор Шарко любил животных и каждое утро, неуклюже вылезая из своего ландо во внутреннем дворе Сальпетриер, вытаскивал из кармана кусок хлеба для двух своих любимых собак.
Единственным отдыхом от сверхчеловеческой работы для Шарко была музыка. По четвергам он устраивал музыкальные вечера, на которых запрещалось даже упоминать о медицине. Любимым композитором Шарко был Бетховен. Может быть, из-за любви к искусству он провел исследование психологии творчества. Профессором Шарко в соавторстве со своим старшим ассистентом Полем Рише были изданы два тома художественных иллюстраций. Один из них назван «Одержимые демоном в искусстве» и содержит картины исцеления Христом и святыми «бесоодержимых», а также изображения святых в экстазе, другой — «Уродства и болезни в искусстве», в котором большое место отведено сценам исцеления паралитиков и слепых. Здесь представлены репродукции со старинных, относящихся к V веку нашей эры, табличек из слоновой кости, с рисунков на дереве, украшающих стены древних монастырей, воспроизведены фрагменты средневековых фресок, гравюр, картин Рубенса, Рафаэля, Пуссена. С ними сопоставлены изображения многообразных проявлений истерических припадков на материале больных Сальпетриера, мастерски зарисованные самим Полем Рише.
Портрет Шарко дополняют впечатления Фрейда, впервые увидевшего его 20 октября 1885 года. «Когда часы пробили десять, вошел М. Шарко, высокий 58-летний мужчина, в цилиндре, с глазами темными и необычайно мягким взглядом, с длинными зачесанными назад волосами, гладко выбритый, с очень выразительными чертами лица: короче говоря, это лицо мирского священника, от которого ожидают гибкого разума и понимания жизни. Как преподаватель Шарко был просто великолепен: каждая из его лекций по своей композиции и конструкции представляла собой маленький шедевр, каждая фраза производила глубокое впечатление на слушателей и вызывала отклик в уме каждого из них. Лекции были совершенны по стилю, давали мысли на весь последующий день».
О своем восхищении учёным, который сыграл значительную роль в повороте Фрейда от невролога к психопатологу, автор психоанализа сообщает: «Я полагаю, что изменяюсь в громадной степени. Шарко, который одновременно — один из величайших врачей и человек, здравый смысл которого — знак отличия гения, просто-напросто разрушает мои замыслы и концепции. Много раз я выходил с лекции как из собора Парижской богоматери, с новыми впечатлениями для переработки. Он полностью поглощает мое внимание: когда я ухожу от него, у меня нет более желания работать над собственными простыми вещами. Мой мозг перенасыщен, как после вечера в театре. Принесёт ли когда-либо его семя плоды, я не знаю; но что я определенно знаю, так это то, что никакой другой человек никогда не влиял на меня столь сильно. Несмотря на свое стремление к независимости, я очень горжусь вниманием Шарко, так как он не только тот человек, которому мне приходится подчиняться, но также тот человек, которому я с радостью подчиняюсь».
В 1889 году Шарко был избран почетным президентом первого Международного конгресса по психологии. Спустя четыре года Шарко умирает от внезапного приступа грудной жабы, смерть настигла его во время поездки на берега Сеттонского озера в Морване, куда он поехал в отпуск. Это произошло 16 августа 1893 года. В полном блеске славы при полном здоровье и во время увеселительной прогулки с друзьями он неожиданно для всех умирает.
