Памфлет Сильвия нанес смертельную рану Везалию, от которой тот уже не оправился. В Падуе возникла оппозиция научным взглядам Везалия. Одним из наиболее активных его противников оказался его ученик и заместитель по кафедре Реальд Коломбо (ок. 1516–1559). После появления инсинуации Сильвия Коломбо резко изменил отношение к своему учителю: стал критиковать, старался дискредитировать перед студентами. В 1544 году, когда Везалий покинул Падую, Коломбо был назначен на кафедру анатомии, но проработал профессором кафедры только год. В 1545 году он переехал в университет Пизы, а затем, в 1551 году, занял кафедру в Риме, где работал до самой смерти. Габриель Фаллопий (1523–1562) сменил на падуанской кафедре Коломбо и объявил себя наследником и учеником Везалия, продолжив с честью его традиции.

Злобные измышления Сильвия привели к тому, что доведенный до отчаяния Везалий прекратил свою исследовательскую работу и сжег часть своих рукописей и материалов, собранных для дальнейших трудов. Везалий вынужденно в 1544 году перешел на поприще врачебной деятельности, на службу к Карлу V. В то время Карл V воевал с Францией, и Везалий в качестве главного военного хирурга должен был отправиться на театр военных действий. Война закончилась в сентябре 1544 года, и Везалий уехал в Брюссель, где вскоре умер его отец. После смерти отца Везалию досталось наследство, и он решил обзавестись семьей. В январе 1545 года в Брюссель прибыл Карл V, и Везалий должен был принять на себя обязанности лечащего врача императора. Карл страдал подагрой и отличался неумеренностью в еде. Везалию приходилось прилагать титанические усилия, чтобы облегчить страдания императора. После отречения Карла V, в 1555 году, Везалий перешел на службу к его сыну, Филиппу II. В 1559 году Филипп II со своим двором переехал из Брюсселя в Мадрид, и Везалий с семьей последовал за ним.

Испанская инквизиция стала нещадно преследовать Везалия, обвиняя его в том, что, препарируя труп, он якобы зарезал живого человека, и в конце концов приговорила его к смертной казни. И только благодаря заступничеству Филиппа II казнь была заменена паломничеством в Палестину к Гробу Господню. Возвращаясь обратно из этого опасного и трудного по тому времени путешествия, при входе в Коринфский пролив, корабль Везалия потерпел крушение, и отец современной анатомии был выброшен на небольшой остров Занте, где тяжело заболел и умер 2 октября 1564 года, 50 лет от роду. На этом уединенном острове, покрытом соснами, упокоилась навечно душа великого анатома.

В течение многих веков дипломированные врачи неохотно брались за тяжелую хирургическую работу, брезгливо уклоняясь от всего того, что могло бы их унизить в глазах публики, и особенно от процедур, требовавших приложения собственных рук. В случае «вульгарных» хирургических вмешательств, врач всецело предоставлял хирургам право делать разрезы, прижигания, ставить пластыри, пускать кровь и т. д. Врач считал ниже своего достоинства заниматься подобными «грязными» делами. Тем не менее он обязан был изучать хирургию, знание которой было ему крайне необходимо при руководстве сложной операцией, как, например, трепанация черепа, ампутация, которые могли повлечь опасное кровотечение, и, наконец, врач осуществлял контроль, чтобы хирург, например, при удалении грыжи случайно не произвел кастрацию.

Действия хирургов были ограничены и другими запретами, что сказывалось и на их авторитете, и признании заслуг. Так, они не имели права назначать принимаемые внутрь лекарства, а если больному требовалась операция — решающее слово принадлежало врачу. В случаях судебно-медицинских вскрытий, исследования ранений врач всегда имел преимущество перед хирургом, являвшимся в этих делах лишь помощником врача. Врач обязан был вести наблюдения за состоянием инструментов, пластырей и мазей, применяемых хирургом.

Итак, главное зло, от которого по-настоящему страдала хирургия заключалась в том, что положение хирурга было намного ниже, чем статус врача. Хирурги были возмущены, что присутствующий и ничего не делающий при операции врач получал гораздо большие гонорары, чем они, трудившиеся в поте лица.

В отличие от врачей хирурги, которыми были цирюльники и банщики, специального образования не получали. Переезжая из города в город, они осуществляли свою работу на площадях в обществе скоморохов и плясунов на канате. Цирюльниками в первые века Средневековья предоставлялось исключительное право производить кровопускание. Выпущенную кровь они обязывались зарывать в землю, для этого в некоторых городах были отведены особые места. Например, в Париже для кровопускания была предназначена площадь «крови». Постановления многих магистратов о запрещении свиньям в утренние часы бродить по городским улицам мотивировалось опасением, что свиньи будут пить небрежно разлитую цирюльниками человеческую кровь.

Одним из первых французских хирургов, получивших широкую известность и обративших внимание на положение хирургов, был Амбруаз Паре, который занимает такое же место в истории хирургии, как Везалий в истории анатомии. Амбруаз Паре родился в 1516 году в городке Ловаль Майенского департамента в семье бедных крестьян. Рос тихим, угрюмым мальчиком и, казалось, интереса ни к чему не проявлял. Волею обстоятельств по соседству жил цирюльник Виоло, который также хорошо резал тела больных людей, как и стриг их волосы.

Сначала Паре изучал хирургию у Виоло, а по достижении 17 лет продолжил в самой старой парижской больнице Отель-Дьё, основанной в 651 году н. э. при монастыре. Официальным годом основания считается 660 год. С XII по XVIII век она реконструировалась и достраивалась, а в 1878 году, когда в Париже проходил конгресс психиатров и первый Международный антиалкогольный конгресс, она приобрела современный вид. Пройдя в Отель-Дьё двухгодичную школу хирургов, Паре, в возрасте девятнадцати лет, получает звание хирурга и отправляется добровольцем на театр военных действий.

Во время войн 1536–1569 годов. Паре находился при войсках Монтэжо (Montejeau), затем Роана (Rohan) в качестве полевого хирурга. С 1552 года состоял лейб-хирургом («Chirurgien-Valet») при дворе Генриха II, Франциска II, Карла IX, Генриха III и пользовался огромным влиянием. Последнее находит свое подтверждение в драматическом эпизоде, когда 24 августа 1572 во время Варфоломеевской ночи он спасся только благодаря тому, что Карл IX спрятал его в своей комнате. В противном случае как гугенота его ждала неминуемая гибель

Перечень достижений Паре, имевших решительное влияние на дальнейшее развитие хирургии, достаточно большой, чтобы мы могли здесь его привести. Он разработал методы лечения огнестрельных ранений; ввёл мазевую повязку вместо прижигания ран раскаленным железом или маслом, перевязку (лигатура) крупных сосудов при кровотечениях, операциях и ампутации. Рассказывают случай, когда ему удалось определить безболезненный и более эффективный метод лечения огнестрельных ран.

Пулевые ранения плохо поддавались лечению, во многих случаях раны становились источником гангренозного заражения крови, причину которого видели в отравлении пороховой сажей. Лучшим средством против этого яда считалось кипящее масло, которое цирюльники старались как можно глубже влить в рану. Поэтому у палатки военного хирурга всегда горел костер, на котором висел котелок с кипящим маслом. Вполне понятно, что эту же систему лечения огнестрельных ран применял и Паре

После одной битвы Итальянской кампании, в 1537 году, где было много раненых, у Паре кончилось кипящее масло, обычно применяемое им для прижигания огнестрельных ран. Приписывая этот недостаток своей непредусмотрительности, Паре сильно переживал. Каково же было его удивление, когда оказалось, что у раненых, пользованных «по всем правилам хирургического искусства», заживление протекало гораздо медленнее, чем у тех, кто не подвергался прижиганиям маслом, кому он сделал простую перевязку, как при обыкновенных, не пулевых ранениях. Кроме того, раны, не залитые кипящим маслом, выглядели лучше, они не так сильно покраснели и опухли, боли у раненых были меньше, и они более или менее спокойно провели ночь. Обратив на это внимание, он решил применить вместо кипящего масла пищеварительное средство из желтка, розового масла и скипидара.