При поддержке Гёте и Гумбольда в 1822 году ему было предоставлено место профессора на кафедре физиологии Бреславльского университета. Поскольку эту должность он занял вопреки желаниям сотрудников факультета, которые хотели избрать своего кандидата, оппозиция росла с каждым днем. Недовольство деятельностью Пуркине выражалось по надуманным причинам. Например, его обвиняли в том, что он свои лекции сопровождал опытами на животных (заметим, этот прогрессивный способ преподавания использовался впервые), а также то, что читал лекции с заметным чешским акцентом.
Его во всем ограничивали. Руководство университета отказалось выделить ему микроскоп. Лишь спустя 10 лет Пуркине удалось основать на кафедре научную лабораторию. Но и тогда это вызвало бурю протестов, что заставило его организовать лабораторию с подопытными животными у себя дома. Несмотря на тяжелейшие условия, Пуркине выполнил ряд фундаментальных работ по офтальмологии. Его работы по изучению зрительного восприятия сыграли большую роль в развитии офтальмометрии и офтальмоскопии и легли в основу разработанной впоследствии теории центрального и периферического зрения. Он открыл и описал явления зависимости различного изменения яркости объектов разной окраски при изменении освещения от длины волны каждого данного цвета (явление Пуркине). Ему принадлежат также работы о зрительных следах («фаза Пуркине») и о зрительных ощущениях, вызываемых неадекватными раздражителями (например гальваническим током).
Ян Пуркине с 1850 года — профессор университета в Праге. Это был человек энциклопедических знаний, хорошо разбирающийся в различных науках и владеющий 13 языками, в том числе и русским. Он читал лекции по антропологии, анатомии, эмбриологии, гистологии, экспериментальной и прикладной физиологии, физической механике, физиологической химии, физиологической психологии и философии природы, или натурфилософии.
Профессор Пуркине внес весомый вклад и в эмбриологию. В 1825 году, изучая развитие куриного зародыша, он открыл ядро яйцевой клетки, которое назвал «зародышевым пузырьком», и описал изменение яиц и зародышей на различных стадиях развития. В 1832 году Пуркине создал первую гистологическую лабораторию, в которой зародилась гистология как наука. Сотрудники этой лаборатории стали активно публиковать свои научные исследования, что явилось развитием гистологии. Пуркине впервые применил уплотнение исследуемых тканей, ввел в гистологическую технику бальзам, просветление тканей в скипидаре и оливковом масле, краски (индиго), усовершенствовал микроскоп, сконструировал микротом и «компрессориум» (прообраз микроманипулятора). В 1835 году совместно со своим учеником Г. Валентином описал мерцательное движение волосков эпителиальных клеток яйцевода и дыхательных путей млекопитающих. Им описаны также спиральные выводные пути потовых желез, микроскопическое строение хряща кости, кожи, тканей зуба, кровеносных сосудов, мышц сердца, нервной ткани и т. д.
В результате детальных исследований клеточной («зернистой») структуры различных тканей животного организма Пуркине в 1837 году подошел очень близко к формулировке клеточной теории; сделал предположение об общности в структуре растительных и животных клеток, что свидетельствовало о единстве материального мира. Впоследствии немецкий ученый Теодор Шванн (1810–1882), ученик И.П. Мюллера, доказал клеточное строение животного организма, в том числе и человека.
Ян Пуркине ввел в биологию в 1839 году понятие «протоплазма»; внес вклад в изучение клетки и микроструктуры тканей. Так, он открыл нервные клетки и сделал описание их структуры. Благодаря его исследованиям открыты особые волокна проводящей системы сердца, выполняющие важную роль в возникновении и проведении процессов возбуждения в сердечной мышце. Теперь эти волокна носят его имя.
Мы подошли теперь к самым интересным событиям. Среди врачей, производивших опыты на себе, Пуркине сделал наибольшее число таких экспериментов. Он хотел выяснить действие веществ, известных как лекарства, или веществ, которые считал пригодными в качестве лекарств. Пуркине описал, как испытывал вещества на себе: " На третьем году изучения медицины, когда профессор Ваврух читал нам лекции о лекарственных средствах, я решил испытать на себе действие различных лекарственных средств. Возможности для этого были, так как я пользовался свободным доступом в аптеку магистра Гели, с сыном которого вместе учился и дружил. Я хорошо знал, где лежат запасы аптеки, и мне разрешалось иногда брать некоторое количество того или иного лекарства. Таким образом, у меня дома появился ряд бутылочек с различными, хорошо пахнущими веществами, которые я пытался определить даже в темноте. Я тогда испытывал на себе действие слабительных средств: ревеня, манны, различных солей, александрийского листа, корней ялапы; затем исследовал некоторые рвотные средства. Путем самонаблюдений я установил большое различие между алкоголем и эфиром. Последний вызывал у меня весьма приятное легкое опьянение.
Затем я перешел к опию. Я принимал около полуграна (гран равняется шести сотым грамма) перед сном. Это вызывало у меня очень бодрое настроение, так что я не мог заснуть до полуночи. Действие опия сказывалось на другой день. Большие дозы — до одного грана — вызывали опьянение и ослабляли восприятия со стороны органов чувств, а также были причиной сильного запора, наблюдавшегося даже на третий день. Впоследствии, в Бреславле, я ознакомился и с другими действиями опия, в частности с тем обстоятельством, что он помогает при опьянении, вызванном вином. Приня полграна опия перед праздничным обедом, какие часто происходили в Бреславле, я не чувствовал на себе последствий обильной еды и выпивки. Опий также делает наш организм более стойким по отношению к дурной погоде и физическим напряжениям, особенно при путешествиях.
Когда я на четвертый год своих занятий работал в городской больнице, то снова начал проводить опыты на себе. После чтения трудов Ганемана, с которым меня познакомил руководитель клиники, я однажды утром принял пять гранов экстракта белены. Опьянения у меня не наступило, но я почувствовал сильный голод, который, помнится, утолил куском хлеба.
Для меня самого весьма поучительными были опыты с камфарой… Приняв несколько гран камфары, я пришел в состояние религиозного экстаза… В другой раз, приняв десять гран камфары, я почувствовал увеличение мышечной силы, так что я при ходьбе должен был поднимать ноги повыше. Когда обход больных в отделении заканчивался, я внезапно почувствовал сильный жар и упал в обморок. Меня положили на кровать, и я пролежал без сознания еще полчаса. Придя в себя, я не почувствовал никаких расстройств и отправился с одним из друзей на прогулку за город. После этого опыта у меня заподозрили эпилепсию и высказали мнение, что я не способен работать врачом.
Я проделал еще много других опытов на себе самом. Так, я принимал каломель, хорошо известный препарат ртути, пока у меня не появилось слюнотечение. Одновременно я заметил, что у меня удлинились зубы, словно они выросли. В другой раз я стал пить соленую воду, которая вызвала у меня сильную жажду; при этом наблюдалась значительная слабость кишечника и вздутие живота. Эти явления быстро исчезли по окончании опыта. Затем я в течение недели ел только сырые яйца, но слабости не испытывал. Это было повторение опытов Мажанди, знаменитого французского физиолога-экспериментатора.
Впоследствии, уже работая прозектором и одновременно ассистентом института физиологии, я по совету профессора проделал на себе опыт с эметином, действующим началом рвотного корня ипекакуаны, применяя малые дозы, еще не вызывавшие рвоты. Так как я изучал тогда анатомию черепно-мозгового блуждающего нерва и его мельчайших разветвлений, то наблюдал также действие этого лекарства на блуждающий нерв и затем описал свои восприятия в книге о химической лаборатории в Праге. Представляет интерес также и идиосинкразия, которую я приобрел в связи с этим опытом: в течение многих дней после я не мог видеть коричневого цвета, напоминавшего мне эметин, без того, чтобы не испытывать тошноты.
