В 1857 году Манассеин первым из 450 претендентов выдерживает экзамен и поступает на медицинский факультет Московского университета. Учился он в университете вопреки воле родителей, поэтому остался без средств. Характер будущего редактора «Врача» носил бунтарский отпечаток, поэтому в университетах он подолгу не задерживался. В Москве он пробыл только 2 года. За участие в студенческих волнениях в конце 1859 года юноша был выслан под надзор к отцу, в Казань, где снова поступил в университет. Однако и здесь он пробыл недолго: около года. В 1861 году в университете произошла «Струвевская история» (изгнание старого реакционного профессора Струве из аудитории), и Манассеин совместно с другими шестью студентами был отчислен как один из наиболее непримиримых. Манассеин направляется вДерптский университет. В первый год он усиленно занимается химией и по обыкновению протестует против здешних порядков. Он пишет в столичные газеты о немецких злоупотреблениях, за что подвергается двухмесячному аресту в III Отделении. После отсидки ректор заявляет, что диплом пятикурснику Манассеину здесь не получить и ему лучше бы перейти в другой университет. В 1864 году Манассеин переходит в Медико-хирургическую академию в Петербурге с понижением курса.
Последние два курса Манассеин главным образом занимался в клинике С/П. Боткина. 31 декабря 1866 года наконец-то заканчивается девятилетнее обучение, и он сдает лекарский экзамен и остается при академии на три года для дальнейшего усовершенствования. Он продолжает заниматься в клинике С.П. Боткина, а последний год в качестве ассистента в клинике В.А. Бессера. Затем он сдает докторский экзамен, защищает диссертацию «Материалы к вопросу о голодании». Профессор Боткин вносит предложение о командировке Манассеина за границу. В 1870 году Вячеслав Авксентьевич едет на два года за границу, где работает в Вене и Тюбингене в лабораториях и клиниках известных в то время ученых. В 1872 году он возвращается и получает одобрение представленных им работ. После пробной лекции Манассеин был утвержден доцентом общей патологии и диагностики и в октябре 1873 года приступил к чтению лекций и практическим занятиям со студентами 3-го курса. В 1875 году он был избран адъюнкт-профессором, а через год — ординарным профессором частной патологии и терапии, причем для студентов 3-го курса он читает практическую диагностику. В этой должности он проработал с 1876 по 1891 год.
Лекции Манассеина активно посещались не только студентами всех курсов, ходили к нему на лекции и врачи. Читал он блестяще. Материалы давал не только по своему предмету, но и по гигиене и профилактике, к которым он был особенно расположен. Особое внимание он уделял будущей роли врача и его нравственным обязанностям по отношению к больным и обществу. «Врач должен отдаваться принимаемому на себя долгу всей душой, бескорыстно, с любовью и самоотвержением», — говорил Манассеин.
Официальное издание «Материалы к истории кафедры» дает такой отзыв о Манассеине: «Как преподаватель профессор Манассеин был одним из выдающихся и блестящих лекторов не только при нашей кафедре, но и вообще за весь исторический период академии. Это был идеальный преподаватель, какой только мог быть на кафедре частной патологии и терапии. Он был человеком, обладающим критичным умом, обширными историко-литературными сведениями, превосходным даром слова и тонкой способностью читать содержательные лекции, используя при этом большое количество материалов. Особенно были богаты по содержанию его лекции по этиологии и по истории медицины». Манассеин не только преподаватель медицины, это был «учитель жизни». Он готовил не просто врачей, а воспитывал ответственных работников, любящих свою профессию и относящихся к больным с любовью, как к своим близким.
Деятельность Манассеина как клинициста характеризуется физиологической трактовкой медицинских проблем. В своих исследованиях Вячеслав Авксентьевич широко пользовался экспериментами на животных, проводил индивидуализацию в лечении больных, использовал санитарную статистику для решения клинических вопросов; пропагандировал физические методы лечения, гидротерапию, лечебное питание; разрабатывал диететические основы борьбы с туберкулезом. В 1869 году он публикует «Материалы для вопроса о голодании» (диссертация), а в 1879 году — «Лекции по общей терапии».
Наряду с учеником С.П. Боткина, профессором дерматологии Алексеем Герасимовичем Полотебновым (1838–1907), Манассеин открыл антибиотическое свойство плесневых грибков. В 1871 году Вячеслав Авксентьевич сообщил о замечательных свойствах плесени, о способности пенициллюма подавлять рост бактерий. Наряду с его статьей Алексей Герасимович Полотебнов (1838–1907) в публикации «Патологическое значение плесени» (1872) открыл антибиотические свойства плесневых грибков. Так мир узнал об использовании пенициллюма для лечения гнойных ран.
В годы Великой Отечественной войны специальная бригада под руководством выдающегося хирурга Н. Н. Бурденко выехала на фронт, чтобы изучить действие советского пенициллина. Результат экзамена, как говорится, превзошел все ожидания. Ни у одного из 500 тяжелораненых, которым ввели пенициллин, не наблюдалось появление столь обычной для огнестрельных ранений газовой гангрены или сепсиса.
Вячеслав Авксентьевич считал, что профессора не могут плодотворно работать более 25 лет и что после этого срока они должны уступать место молодым. Никогда не изменявший своим убеждениям, он 31 декабря 1891 года в 50-летнем возрасте вышел в отставку, тогда же исполнилось 25 лет его преподавательской деятельности. Таких проводов, какие студенты устроили Вячеславу Авксентьевичу, академия никогда не видывала, его несли на руках из стен академии до его квартиры.
Вячеслав Манассеин был основателем и редактором прогрессивного журнала «Врач». В декабре 1879 года появился первый номер «Врача», который был отражением мыслей, взглядов и убеждений своего редактора. Недаром газеты называли Вячеслава Авксентьевича «общественной совестью». Он активно участвовал в организации Пироговских съездов, был председателем литературного фонда, который оказывал помощь нуждающимся писателям. Свою огромную библиотеку, состоящую из 12 тыс. томов, Вячеслав Авксентьевич передал в Томский университет, нуждающийся в книгах. Он воскресил общество вспомоществования нуждающимся студентам, которое благодарные студенты называли «Манассеинским».
Литературная деятельность Манассеина началась во время его студенчества в Дерпте, после чего он работал в Петербурге в издававшемся медицинским департаментом журнале «Архив судебной медицины и общественной гигиены». В 1871 году «Архив» за вредное направление был закрыт, и Вячеславу Авксентьевичу пришлось перейти в «Военно-Медицинский журнал», в котором он работал помощником редактора и вел журнальное обозрение — ежемесячный обзор всего важнейшего по медицине, печатавшегося на четырех иностранных языках. В те годы был большой дефицит учебников, Вячеслав Авксентьевич перевел целый ряд руководств, в том числе капитальный труд по хирургии Pith'a и Billroth'a. В конце 70-х годов вышло три выпуска «Сборника работ», выполненных врачами и студентами. В них вошли несколько лекций Вячеслава Авксентьевича, среди которых имевшие громадный успех и сохранившие актуальность в наши дни «Материалы для вопроса об этиологическом и терапевтическом значении психических влияний». Скромный Манассеин так говорил о своих работах: «Сам работал очень мало и ничего выдающегося не напечатал. Когда умру, то решительно нечем будет помянуть меня».
Профессор Манассеин известен трудами в области психотерапии, в которых предвосхитил ряд положений учения Павлова в применении к клинике. В своей известной работе «Материалы для вопроса об этиологическом и терапевтическом значении психических влияний» (1876) Манассеин говорит, что «ни одна мысль, ни одно ощущение, ни одно чувство не могут явиться без того, чтобы не отразиться на различных частях животного организма». Иначе говоря, что психика управляет физиологией. Можно словами спровоцировать тканевые, гуморальные и даже иммунологические изменения, и этот факт представляет чрезвычайно большой интерес. Хотя для науки остаются необъяснимыми внушения в области сосудодвигательных и трофических нервов и центров, регулирующих тепло, однако клинический опыт не оставляет сомнений, что подобные психические воздействия возможны. Приведем примеры, когда психические воздействия осуществляются посредством галлюцинаторных самовнушений.
