Переходя к откровению высших тайн о Себе и о Царстве Своем, Господь в виде вступления замечает Никодиму, что в противоположность фарисейскому учительству, Он Сам и ученики Его возвещают новое учение, которое основывается непосредственно на знании и созерцании истины: «Мы говорим о том, что знаем, и свидетельствуем о том, что видели, а вы свидетельства Нашего не принимаете», — то есть вы, фарисеи — мнимые учителя Израилевы.

Далее, в словах: «Если Я сказал вам о земном, и вы не верите, — как поверите, если буду говорить вам о небесном?» — под земным Господь подразумевает учение о необходимости возрождения, так как и потребность возрождения, и его последствия происходят в человеке и познаются его внутренним опытом. А говоря о небесном, Иисус имел в виду возвышенные тайны Божества, которые выше всякого человеческого наблюдения и познания: О предвечном совете Троичного Бога, о принятии на Себя Сыном Божиим искупительного подвига для спасения людей, о сочетании в этом подвиге Божественной любви с Божественным правосудием. Что совершается в человеке и с человеком, об этом, может быть, знает отчасти сам человек. Но кто из людей может взойти на небо и проникнуть в таинственную область Божественной жизни? Никто, кроме Сына Человеческого, Который и сойдя на землю, не покинул небес: «Никто не восходил на небо, как только сошедший с небес Сын Человеческий, сущий на небесах». Этими словами Господь открывает тайну Своего воплощения, убеждает его в том, что Он — больше, чем обыкновенный посланник Божий, подобный ветхозаветным пророкам, каким считает Его Никодим, что Его явление на земле в образе Сына Человеческого есть схождение от высшего состояния в низшее, уничиженное, потому что Его истинное, вечное бытие не на земле, а на небе.

Затем Господь открывает Никодиму тайну Своего искупительного подвига: «И как Моисей вознес змию в пустыне, так должно вознесену быть Сыну Человеческому». Почему Сын Человеческий для спасения человечества должен быть вознесен на крест? Это и есть именно то небесное, чего нельзя постигнуть земной мыслью. Как на прообраз Своего крестного подвига Господь указывает на медного змия, вознесенного Моисеем в пустыне. Моисей воздвиг перед израильтянами медного змия, чтобы они, поражаемые змеями, получали исцеление, взирая на этого змия. Так и весь род человеческий, пораженный язвой греха, живущего во плоти, получает исцеление, с верою взирая на Христа, пришедшего в подобии плоти греха (Рим. 8:3). В основе крестного подвига Сына Божия лежит любовь Божия к людям: «Ибо так возлюбил Бог мир, что отдал Сына Своего единородного, дабы всякий, верующий в Него, не погиб, но имел жизнь вечную». Вечная жизнь устраивается в человеке благодатью Святого Духа, а доступ к престолу благодати (Евр. 4:16) люди получают через искупительную смерть Иисуса Христа.

Фарисеи думали, что дело Христа будет состоять в суде над иноверными народами. Господь же поясняет, что Он послан теперь не для суда, но для спасения мира. Неверующие сами себя осудят, ибо с этим неверием обнаружится их любовь к тьме и ненависть к свету, происходящая от их любви к темным делам. Творящие же истину, души честные, нравственные, сами идут к свету, не боясь обличения своих дел.

После беседы с Никодимом, происходившей в Иерусалиме во дни праздника Пасхи, Господь оставил Иерусалим и пришел «с учениками Своими в землю Иудейскую и там жил с ними и крестил». Здесь мы имеем важное указание св. Евангелиста Иоанна на то, что Господь Иисус Христос довольно долго пробыл в самой южной части Палестины, в области, носившей название Иудеи. Об этом умалчивают первые три Евангелиста. Как долго Господь пробыл в Иудее можно заключить из того, что, возвращаясь в Галилею и остановившись в Самарии, Господь замечает Своим ученикам: «Не говорите ли вы, что еще четыре месяца и наступит жатва?» (Иоан. 4:35). Из этих слов можно заключить, что Господь возвращался из Палестины за 4 месяца до жатвы, а так как жатва в Палестине проходит в апреле, то Господь оставил Палестину не ранее ноября; следовательно, Он пробыл там не менее восьми месяцев, с апреля до ноября. Первые три Евангелиста ничего не говорят об этом начальном периоде общественного служения Господа Иисуса Христа: рассказав о Его крещении, посте и искушении дьяволом в пустыне, они сразу переходят к описанию Его деятельности в Галилее.

Св. Матфей, как призванный Господом много позже, не был свидетелем того, что происходило в Иудее; вероятно, не был с Господом в Иудее и св. Петр, со слов которого писал свое Евангелие св. Марк; по-видимому, и св. Лука не имел достаточно сведений об этом периоде служения Господа. Поэтому св. Иоанн считал своим долгом дополнить пропущенное, очевидцем чего он к тому же был. Нет никакого указания на то, чтобы Господь провел все восемь месяцев в каком-то определенном месте; надо полагать, что Он проходил со Своей проповедью всю эту священную землю.

«Сам Иисус не крестил, а ученики Его»,  — сообщает нам св. Иоанн (4:2). Крещение это ничуть не отличалось от крещения Иоанна Крестителя: оно было водным, а не благодатным, ибо они сами не имели еще Духа Святого, «потому что Иисус еще не был прославлен» (Иоан. 7:39). Только после воскресения Господа из мертвых получили они Его повеление крестить во Имя Отца и Сына и Святого Духа (Матф. 28:19).

В это время и св. Иоанн Креститель еще продолжал крестить «В Еноне близ Салима»,  в местности, которую трудно определить, но, по-видимому, не прилегавшей к Иордану, потому что незачем Евангелисту было бы тогда добавлять в пояснение: «Там было много воды». Ученики св. Иоанна Крестителя скоро начали замечать, что к их учителю стало меньше приходить слушателей, чем прежде, и в своей слепой, неразумной привязанности к нему начали досадовать и завидовать Тому, Кто имел больший успех у народа, то есть Господу Иисусу Христу. Несомненно, что эти недобрые чувства намеренно старались разжигать в них фарисеи, затевая споры об очищении, что привело к прениям о сравнительном достоинстве между крещениями, которые совершали Иоанн и ученики Иисуса. Желая сообщить и учителю свою зависть и досаду на Христа, ученики Иоанна приходят к нему и говорят: «Равви! Тот, Который был с тобой при Иордане и о Котором ты свидетельствовал, вот, Он крестит, и все идут к Нему». Местоимение все употреблено здесь с преувеличением, которое было внушено завистью и желанием возбудить зависть в Иоанне.

Конечно, далекий от всякой зависти к Христу Креститель в своем ответе прямо начинает раскрывать величие Христово сравнительно с собой и дает новое, уже последнее, торжественное свидетельство о Божественном достоинстве Христовом. Защищая право Христа совершать крещение, Иоанн говорит, что между Божественными посланниками ни один не может принять на себя что-либо такое, что не дано ему с неба, а потому, если Иисус крестит, то имеет на то власть от Бога. Креститель напоминает, как он говорил с самого начала, что он не Христос, а только послан перед Ним. Вместо досады и зависти Иоанн выражает свою радость по поводу успеха дела Христова, называя Христа женихом, а себя другом жениха, который не завидует преимуществу жениха, но стоит перед ним как слуга и «радостью радуется», слыша голос его. Союз Бога с верующими в Ветхом Завете, как и союз Христа с Церковью в Новом Завете, нередко представляется в Священном Писании под образом брака (Ис. 54:5-6; Ис. 62:5; Ефес. 5:23-27). Христос есть жених Церкви, а Иоанн — друг Его, близкое доверенное лицо, которое может только радоваться успеху Жениха. Значение друга жениха было велико у евреев в то время, которое предшествует браку, а как только брак состоялся, и жених вступил в права мужа, роль друга жениха заканчивалась. Так и Иоанн: он был главным действующим лицом в приготовлении народа к принятию Христа, но когда Христос вступил на путь Своего общественного служения, роль Иоанна закончилась. Вот почему он и говорит: «Ему [Христу] должно расти, а мне умаляться»; так же как блеск утренней звезды меркнет по мере того как восходит солнце.