Таким образом, формально положение Церкви в Турецкой Империи могло считаться твердым. Но это только формальная сторона. На деле оно очень часто было ужасным и невозможно описать все страдания, унижения и настоящие гонения, которые пришлось пережить Церкви в эти действительно «темные» века. Объясняется это, во-первых, тем, что те «права», о которых мы только что говорили, были совсем не «правами» в нашем смысле этого слова, а милостью Султана. Турецкое сознание было не менее, если не более теократическим, чем сознание римское, в котором абсолютизм власти все же умерялся древней и очень продуманной юридической традицией. Турецкий же султан был источником всех прав, милости как и немилости и никому не был обязан отчетом в своих действиях. В религиозной теории Ислама христиане были «райя» — скот, побежденные, неверные, и никаких прав, никакого гражданства им не полагалось иметь. Если бы все султаны были на культурной и государственно-политической высоте Магомета II-го, его «фирман», может быть, и соблюдался бы. Но, увы, во-первых, уже сам Магомет нарушил его, отняв у патриарха Геннадия им же дарованный храм Двенадцати Апостолов, а, во-вторых, очень скоро, Оттоманская Империя вступила в период государственной «деморализации» и в ней воцарился произвол, беспринципность и подкуп. Султаны обирали своих пашей, а те обирали христиан. Жаловаться же было некому. Положение заметно ухудшилось в 17-ом и 18-ом веках — самых безотрадных в церковной истории. Как замечает проф. Карташов, в эту эпоху Турция могла быть сметена любой из европейских держав, но Европа, из страха перед Россией, поддерживала Турцию, и закрывала глаза на вопиющие страдания христиан. В иных местах дело доходило до поголовной резни христиан. Заступалась за них одна Россия — но часто это приводило только к ухудшению их положения. Права патриарха постепенно свелись к нулю: единственным оставшимся было «право» ответственности за христиан: и вот в XVIII в. за 73 года — сменилось 48 патриархов! Некоторые из них низводились и снова возводились до пяти раз, много было и умученных. Бунты янычар сопровождались страшными кровопролитиями. Осквернялись храмы, рубились мощи, профанировались Св. Дары. Христианские погромы становились все более и более частым явлением. В девятнадцатом веке Турция попросту разлагалась. Она «была подобна больному человеку, всячески поддерживаемому Европой — против России!» Правда, этот век отмечен рядом «реформ», которыми султаны пытались «европеизировать» Турцию, и тем самым улучшить положение христиан. Но на деле это положение только ухудшалось, особенно же в связи с пробуждением национального сознания, мечты о свободе. За греческое восстание 1821 года — греки в Турции и Константинополе поплатились страшными избиениями. Этот год отмечен мученичеством патриарха Григория V-го. Его не спасла даже отлучительная грамота, изданная им против собственных единоверцев-повстанцев: но это малодушие он искупил своей верностью Христу в час смерти. На предложение отречься от веры, он ответил: «Напрасно трудитесь, христианский патриарх умирает христианином». Это был день Пасхи, страшной Пасхи 1821 года. Утром патриарх служил пасхальную Литургию и призывал всех в этот великий праздник забыть все земные скорби. Раздавши каждому по пасхальному яйцу, патриарх был арестован и в тот же день повешен на воротах патриархии. Христианам не помогали никакие законы, издававшиеся турецким правительством для успокоения европейского общественного мнения. Так, после севастопольской войны (в которой турки были союзниками Англии и Франции) и Парижского мира 1856 г. султан Абдул-Меджид «в неусыпной заботе о благе своих подданных», издал известный «Гатти-Гамаюн» (собственноручный декрет), по которому христиане уравнивались в правах с мусульманами. Восторг в Европе! На деле, это означало, по словам проф. А. П. Лопухина, «что христианские подданные султана, каковы бы ни были их утеснения и унижения, не могли теперь надеяться на какую-нибудь постороннюю помощь, а должны были рассчитывать исключительно на свои силы… И так как Турция осталась в неорганизованном, элементарном состоянии, то сознательное посвящение ее в идолы со стороны европейской дипломатии в 1856 г. никогда еще не было в таком резком противоречии с действительностью и никогда так позорно не было опровергнуто всем последующим ходом событий, как в конце царствования Абдул-Меджида, когда греки, в силу гатти-гамаюна, не только остались в ужасном социально-экономическом положении, но и лишились многих прежних своих прав и преимуществ».

Поэтому, вся вторая половина девятнадцатого века прошла под знаком христианских восстаний и кровавых расправ со стороны турок. Началась эпоха открытой борьбы и резни в еще небывалых размерах. И все это происходило в момент торжества на западе благодушного европейского либерализма! 1861 год отмечен восстанием в Боснии и Герцеговине, в Сербии, Валахии, Молдавии, Болгарии; 1866 — на о. Крите, 1875 — снова в Боснии и Герцеговине. Этими восстаниями подготовлялась новая глава в истории Православной Церкви.

В истории Православной Церкви эпоха турецкого ига отмечена, прежде всего, необычайным обострением религиозного национализма. Корни его, как мы уже знаем, уходят в самую сущность «византинизма» — абсолютизирования им идеи «священного государства». Но идея эта рождалась и развивалась сначала под знаком римского универсализма. Рим обожествлял государство, но не нацию. Напротив, многоплеменная, многонациональная Империя мыслила себя именно как преодоление всех национальных ограничений, как «вселенную», объединенную одним законом, одной властью, одной культурой, верой в одни и те же ценности, но в ней совершенно отсутствовал какой бы то ни было «расовый» момент, превознесение «плоти и крови». Всякий «варвар», принимавший римское подданство, приобщавшийся к культурным ценностям «эллинизма», переставал быть варваром и делался полноправным членом «вселенной», членом единого человеческого общества, в котором всё лучшее, действительно, жило ценностями всечеловеческими, универсальными, было чуждо какому бы то ни было «расизму». И ведь именно этот универсальный замысел, этот вселенский дух Рима был и главной «точкой» его встречи и союза с христианством — вселенским и всеобъемлющим по самой своей сущности, в котором преодолевались различия межу «Эллином и Иудеем, варваром и свободным», чтобы всё соединить в новом человеке — по образу Христа. Церковь с такой радостью приняла союз с Империей, поставила себя под ее защиту и освятила ее своим благословением, потому что сама Империя сознавала себя призванной к вселенской миссии и ничем не ограничивала своего подлинно-универсального призвания. И, надо признать, что в первое время Империя, действительно, жила этим вдохновением. Константин, например, считал себя ответственным за распространение христианства в Персии, из ранней Византии вышла миссия к Армянам, Грузинам, Готтам, Гуннам, — наконец, и к самим славянам. Само включение в Империю варварских народов, принимавших христианство, диктовалось не одним политическим «империализмом», но и убеждением, что Империя есть нормальная «форма» христианского мира, единого, потому что он христианский.

Первой брешью в этом универсализме было разделение самой Империи, закончившееся отпадением от нее ее западной части. Правда, власть Империи хотя и номинально, но признавалась самими «варварами», утвердившимися на западе, так что византийская теория оставалась не поколебленной. Но уже трагические последствия имело, как мы видели, столкновение с самим этим Западом, в эпоху крестовых походов. Византийский патриотизм, питавшийся доселе имперской универсальной мечтой, стал постепенно превращаться в национализм, то есть из чувства положительного, в отрицательный аффект: отрицание всего чужого, болезненно-страстное переживание «своего». Особенно сильно это перерождение начинает чувствоваться в эпоху Никейского Царства (тринадцатый век), когда латиняне господствуют в священной столице Империи. Само Православие, которое в эпоху Отцов неизменно ощущалось как вселенская Истина, имеющая покорить все народы, стало переживаться, как греческая вера в противоположность «латинской», западной. «Эллинизм», который, в сознании тех же Отцов был синонимом язычества, приобрел в поздней Византии новое значение, — в нем увидели источник национальной традиции, и возрождение эллинизма при Палеологах уже очень сильно окрашено именно националистическими чувствами.