Непосредственно вслед за этим произошло в Канале столкновение между английскими и датскими крейсерами, и для поддержания посла в возникших по этому случаю переговорах британский флот вошел в Балтийское море. Император Павел воспользовался этим предлогом для того, чтобы наложить арест на английскую собственность в России, в виде гарантии за будущие действия Великобритании. За этим приказом, отданным 29 августа 1800 года, последовал 10 сентября другой, с извещением, что «различные политические обстоятельства заставляют Императора признать возможным разрыв дружественных отношений с Англией» и с распоряжением о сосредоточении русских войск. Набежавшее было облако исчезло на время, и секвестрация была 22 сентября снята, но падение Мальты, сдавшейся 5-го числа того же месяца, привело дело к решительному исходу. Царь охотно принял ловкие предложения Бонапарта и назначил уже генерала, который должен был ехать в Париж, вступить там в командование освобожденными пленниками и затем отправиться с ними на Мальту. О капитуляции острова Павел узнал в начале ноября, но уже раньше этого он категорически объявил публично о своем намерении восстановить против морских притязаний Англии Вооруженный нейтралитет 1780 года. Так как можно было сильно сомневаться в том, что Англия после таких мер против нее передаст остров, то отдано было приказание о вторичном наложении секвестра на английскую собственность. В силу этого приказа были задержаны триста судов, причем команды их были отправлены внутрь страны и опечатаны все склады, в которых находилась английская собственность. По заявлению царя, наложенное эмбарго могло быть снято не раньше как по признании тех прав, которые он имел на остров Мальту, как гроссмейстер ордена. Секвестрованное имущество должно было поступить в распоряжение особой императорской комиссии и быть обращено на уплату частных долгов англичан русским подданным.

Дела приняли теперь такой оборот, что и Пруссия решилась, наконец, начать действовать. Между Великобританией и Россией образовалась широкая брешь, тогда как отношения царя и Первого консула сделались настолько дружественными, что соглашение между ними казалось обеспеченным. Перемирие, заключенное между Австрией и Францией, все еще продолжалось, так как до сих пор не было еще окончательно решено, должна ли Франция вести совместные переговоры с императором и Великобританией. Однако Бонапарт умел торговаться скупо и упорно. Он не соглашался ни вступить в совместные переговоры, ни отсрочить возобновление военных действий дольше 11 сентября иначе как на условии заключения на море столь же выгодного для Франции перемирия, сколь выгодным было, по его мнению, для Австрии перемирие, заключенное на суше. Он предлагал предоставить коммерческим судам полную свободу плавания, снять блокаду с Бреста, Кадиса, Тулона и Флиссингена и дозволить французским или нейтральным судам беспрепятственную доставку провизии на Мальту и в Александрию. В результате этого французским адмиралтействам открылась бы возможность получить морские припасы, в которых там чувствовалась крайняя необходимость, а Мальте и Египту – запастись в больших количествах предметами потребления, и таким образом быть в состоянии продержаться неопределенно долгое время. Однако Великобритания соглашалась только применить к Египту и Мальте буквально те же условия перемирия, которые были назначены для трех австрийских крепостей, осажденных французскими войсками. Крепостям этим было предоставлено получать каждые две недели необходимые припасы в количестве, соответствовавшем их потреблению, и английское министерство предлагало допустить то же и по отношению Мальты и Египта. Оно соглашалось также и на свободу судоходства, за исключением только права перевозки военных и морских припасов. Бонапарт отказался принять эти условия. Выгода, извлекаемая Австрией из перемирия, утверждал он, заключалась не только в удержании за собой крепостей, но и в том употреблении, которое она делала из полученной отсрочки. Между этими двумя крайними взглядами нельзя было найти никакого среднего пути. В самом деле, как ни были велики результаты победы под Маренго и отличавшегося большей методичностью наступления Моро в Германии, но все же материальное преимущество Великобритании над Францией далеко превосходило то, которое Франция имела над Австрией. Французы приобрели большие выгоды, но они не имели власти над коммуникационными линиями. Великобритания же отрезала не только Египет и Мальту, но и саму Францию от всякого плодотворного сношения с внешним миром. Переговоры о перемирии на море были прерваны 9 октября. Между тем Бонапарт, отказавшись дожидаться их исхода, уведомил о возобновлении враждебных действий между 5-м и 10-м числами сентября.

Австрия, не будучи еще готова, была рада купить дальнейшую отсрочку ценой сдачи неприятелю осажденных им крепостей – Ульма, Ингольштадта и Филиппсбурга. Была поэтому заключена соответствующая конвенция, и возобновление войны было отсрочено еще на сорок пять суток, считая с 21 сентября.

В этих обстоятельствах Пруссия усмотрела один из тех удобных случаев, которые в ловких руках Бонапарта столь часто вводили ее в ошибку. Ее присоединение к направленному против Великобритании концерну прибалтийских держав должно было ускорить падение ее германской соперницы и обеспечить ей поддержку Первого консула в приближавшемся возмещении территориальных потерь, понесенных германскими государствами. Если бы Пруссия не присоединилась, к Северной лиге, то борьба сосредоточивалась бы преимущественно на море, и ее исход, при дисциплине и храбрости британских моряков, едва ли бы мог подлежать сомнению. Одна только Пруссия, в силу своего географического положения, могла нанести английской торговле прямой и тяжелый удар закрытием привычных для нее путей сообщения с континентом. Ущерб, грозивший от этого Англии, настолько сильно превышал тот вред, который при случае мог быть причинен ей самой, что было менее рискованным вступить на этот путь, чем вооружить против себя царя и французское правительство. Дальнейшим мотивом служила политическая зависимость Ганновера от Великобритании, подававшая Пруссии столь часто показывавшуюся ей в перспективе Бонапартом надежду прочно присоединить к себе это германское владение английского короля. Вскоре представился ей случай проявить свои симпатии. В конце октября британский крейсер захватил прусское коммерческое судно, пытавшееся войти в Тексель с грузом морских припасов. Свежая погода принудила его отвести свой приз в Куксхафен – порт, расположенный при устье Эльбы и принадлежащий Гамбургу, через который направлялась значительная часть английской торговли с континентом. Пруссия потребовала у гамбургского сената освобождения захваченного судна и, получив отказ, сделала распоряжение о занятии порта двухтысячным отрядом своих войск. Тогда сенат выкупил приз и передал его Пруссии. Со стороны британского правительства также последовало распоряжение о возврате судна, что было чисто политической мерой, за которую министерство и подверглось порицанию со стороны Фокса. Как он правильно заметил, это было принципиальной уступкой, вызванной тем фактом, что Пруссия, обладавшая возможностью нанести Великобритании большой ущерб, была недоступна для английского флота.