Берия потребовал от МГБ ЛССР подробных отчетов и объективного анализа подавления партизан. Он начал искать улики против Снечкуса, желая обвинить его в игнорировании национальной политики и слишком жестких репрессиях, которые только усилили сопротивление советскому правительству. Без ведома Снечкуса Берия готовил заявление для Президиума ЦК КПСС о неудовлетворительной ситуации в Литве. Он также тайно отправил в Литву своего помощника генерал-лейтенанта Николая Сазыкина, собранная информация которого позже стала одной из важнейших улик против лидеров Литвы и Украины.

5 и 16 мая 1953 г. Берия направил в Президиум ЦК КПСС два письма, касающихся недостатков в деятельности бывших министерств государственной безопасности Литвы и Украины по борьбе с подпольем. 20 мая Президиум ЦК КПСС официально обвинил руководство Литовской ССР в том, что оно выдвигало русских на высшие должности в республике, в результате чего «было трудно сблизиться с народом и распространялись антирусские и антисоветские настроения». 26 мая ЦК КПСС принял постановление «О проблемах Литовской ССР. Ошибки национальной политики ЛКП» (хотя у ЛКП не было и не могло быть никакой собственной политики) были описаны как одна из наиболее важных причин, препятствующих распаду «буржуазно-националистического» подполья. Против Снечкуса были выдвинуты следующие обвинения: незнание «ленинско-сталинской национальной политики», неспособность справиться с партизанами, отсутствие контроля над ситуацией и отсутствие реальной власти, которая принадлежала президенту подполья Йонасу Жемайтису. Из-за халатности LCP CC и Совет министров ЛССР, ситуация в Литве якобы была настолько плохой, что существовала реальная угроза советской системе. Согласно постановлению ЦК КПСС, руководство ЛССР не доверяло местному литовскому персоналу и, следовательно, отчуждало население. Следовательно, крестьяне были недовольны колхозами, национальные организации все еще действовали, а в школах ощущалось влияние католической церкви и «националистического» подполья. Вместо распространения антирелигиозной пропаганды руководство ЛССР надеялась сломить католическое духовенство репрессиями. Возможно, самой большой критикой был тот факт, что так называемое буржуазно-националистическое подполье не было уничтожено в Литве и имело большую поддержку со стороны населения. Руководство ЛССР дало указание органам государственной безопасности уничтожить подполье, и это было сделано путем массовых репрессий и военных операций. Было признано, что многие люди были арестованы, заключены в тюрьму и депортированы на основании незначительных материалов или без какой-либо причины. Ситуация в Литве во многих отношениях впервые была оценена вполне реалистично.

Заявления и выводы, содержащиеся в решении ЦК КПСС, были неожиданными для активистов ЛССР и сильно напугали их. Как выяснилось позже, они с ними не согласились, но, соблюдая требования политической конъюнктуры, на пленуме ЦК ЛКП 11-13 июня 1953 года признали, что постановление ЦК КПСС «совершенно правильно оценивало политическую ситуацию Литовской ССР». Снечкус одобрил новый политический курс — расширение использования литовского языка и выдвижение литовцев на руководящие должности, особенно в структурах МВД, но не восхвалял и даже не упоминал имя Берии. Впервые лидеры ЛССР открыто заговорили о проблемах литовского языка и косвенно признали русификацию, проводимую в послевоенные годы в Литве, заявив, что литовцы вообще почти не участвовали в ликвидации подполья, потому что эту «работу выполняли» почти исключительно этнические русские. Июньский пленум принял довольно радикальный декрет. От партийных организаций потребовали оперативно устранить перекосы в национальной политике и в ближайшем будущем подготовить и назначить литовских сотрудников на руководящие должности. Делопроизводство в учреждениях должно было вестись на литовском языке, и литовский язык должен был использоваться на наиболее важных собраниях партии и государственных учреждений, массовых мероприятиях, лекциях и собраниях. Поскольку никто на пленуме не поднял вопрос о политическом недоверии к Снечкусу или другим лидерам ЛССР Литвы или об их личной ответственности за деятельность LCPĮB] в период с 1944 по 1953 год, они сохранили свои должности. Такие результаты пленума не могли полностью удовлетворить Берию, но время для более радикальных действий еще не пришло. В то же время Берия стремился заручиться большей поддержкой в Москве, Украине и Белоруссии.

Высшие чины администрации ЛССР быстро стали более литовскими. Владас Нюнка заменил второго секретаря ЦК ЛКП В. Аронова, Мотиеюс Сумаускас заменил первого заместителя председателя Совета Министров ЛССР В. Писарева, а Йонас Лауринайтис заменил другого заместителя председателя Алексея Соколова. Бюро ЦК КПК, важнейшее учреждение оккупационной администрации ЛССР, по сути, стало литовским. (В то время В. Круминис заменил русского второго секретаря ЦК КП Латвии В. Ершов и украинец Алексей Кириченко заменили русского первого секретаря ЦК КП Украины Л. Мельникова).

В отчете от 19 июня 1953 года и других отчетах министра МВД ЛССР Йонаса Вильджюнаса Снечкусу, которые были представлены, были приведены сотни примеров того, как люди открыто приветствовали предстоящие изменения............................. Основное внимание уделялось принудительному отъезду русских из Литвы и будущей ликвидации колхозов. Летом 1953 года началась принудительная высылка русскоязычного руководящего персонала, приехавшего в Литву после войны. До ноября 1953 года Литву покинуло более 3000 русскоязычных людей, из них 1133 были сотрудниками репрессивных структур, 269 партийных работников и 793 чиновника министерств и других ведомств. Конечно, это была лишь малая часть из 130 000 русскоязычных поселенцев, приехавших в Литву после войны. Они не хотели покидать Литву и спрашивали, почему их выгоняют отсюда, и не является ли Литва больше республикой СССР. Более того, весной 1953 года были упразднены регионы и некоторые министерства, в результате чего около 6000 человек потеряли работу. Трудоустроить их всех было невозможно, поэтому они составляли четверть тех, кто покинул Литву.

В то время Берия все еще мог вести довольно тонкую игру и использовать подпольную деятельность Литвы в своих интересах. 23 июня 1953 года арестованный лидер литовских партизан генерал Йонас Жемайтис был доставлен самолетом в Москву. Фи привлекал много внимания в тюрьме на Лубянке. 25 июня он встретился с Берией, Беседа длилась час, но ее содержание неизвестно. Считается, что Берия мог предложить Литве более широкую автономию, признать руководство подполья и вывести русскоязычных поселенцев, что уже началось.

Литовский партизанский генерал Йонас Жемайтис.

В то время в Кремле назревал заговор. Маленков, поощряемый Хрущевым, поддержал арест Берии. 26 июня 1953 года Берия был арестован на заседании Президиума ЦК КПСС. Хрущев и Маленков поднялись на вершину советского руководства, хотя политическое влияние Маленкова без поддержки Берии вскоре начало снижаться.

2 июля 1953 года во время визита в Москву Снечкус горячо приветствовал смещение Берии на пленуме ЦК КПСС. Пленум принял постановление «О преступной антипартийной и антигосударственной деятельности Берии». В нем говорилось, что Берия пытался захватить верховную власть в стране и совершить контрреволюционный переворот. Его тайно судили и обвинили в том, что он «агент буржуазных националистов и международного империализма», но не организатор геноцида и палач невинных людей. 23 декабря 1953 года Берия был казнен.

Пленум ЦК ЛКП в Вильнюсе 13-14 июля 1953 года обсудил решение ЦК КПСС и осудил Берию. Пленум выявил довольно жалкое положение литовских коллаборационистов, послушных марионеток Кремля. Месяцем ранее они смиренно признали критику Москвы правильной, но теперь единогласно заявили, что записка Берии была провокационной от начала до конца. Лидеры LCP хорошо понимали, что подобные «метаморфозы» выглядят плачевно.