Стратегической целью литовских партизан было восстановление независимого литовского государства. Однако было хорошо понятно, что они не смогут сделать это только своими силами. Роль международного сообщества в восстановлении свободы Литвы отнюдь не была преувеличена, это считалось последним шансом. Наличие структуры вооруженного сопротивления в стране понималось как активная позиция литовцев и возможность участия в возможном вооруженном конфликте между бывшими союзниками. Сопротивление опровергло миф о добровольном вхождении Литвы в состав Советского Союза, но партизанская борьба стала сильным аргументом для советской пропаганды, которая якобы распространяет теории «нацистских коллаборационистов», «классовой борьбы» и «гражданской войны». Важнейшей задачей этих теорий было исключить факт оккупации, рассматривать все как гражданский конфликт между литовцами.
Вооруженное сопротивление было не единственным фактором, оказавшим некоторое влияние на национальный состав населения Литвы (в первую очередь в сельских районах Литвы). Положения «Партизан» в отношении колонистов были строгими и недвусмысленными. Это было продемонстрировано решительными действиями, когда в 1947 году в деревне Опшрутай в Вилкавишкисском районе по приказу руководства Таурасского района были убиты около 30 русских колонистов (которые жили в домах депортированных, имели оружие и активно сотрудничали с репрессивными структурами). Это должно было оказать определенное влияние на расселение советских мигрантов в деревнях и небольших городах, учитывая, что даже после завершения коллективизации жизнь здесь была относительно лучше, чем в России и Белоруссии.
Подавление сопротивление
Масштаб сопротивления в Литве был настолько велик, что Советам пришлось задействовать огромные силы, чтобы сломить его. В борьбе с партизанами использовались определенные методы борьбы, привезенные чекистами в Литву и уже опробованные против русских и украинских крестьян, народов Средней Азии и Северного Кавказа. Были предприняты действия в двух направлениях: 1. усиление репрессивного аппарата, который действовал в течение всего сталинского периода с использованием особо жестоких методов (расстрелы, пытки на допросах, массовые депортации и т.д.); 2. попытки деморализовать нацию путем вовлечения все большего и большего числа людей в создание советского общества и государства. Этих целей захватчикам было легче достичь в городах, где государство, отменив частную торговлю и производство, стало единственным работодателем. Относительная независимость крестьянства была уничтожена в 1949-1951 годах путем объединения его в колхозы.
Коммунистическая партия, взявшая в свои руки как исполнительную, так и законодательную власть, отвечала за все методы установления оккупационного советского режима в Литве, как поддерживаемые оружием, так и якобы мирные. Центральный комитет ЛКП [Б], возглавляемый фанатичным, а также довольно умным, требовательным и активным Антанасом Снечкусом, был очень лоялен Москве и старательно выполнял все самые жесткие инструкции захватчиков. Однако Москва не полностью доверяла LCP [B], поэтому с 11 С ноября 1944 по 24 марта 1947 года в Литве действовало Литовское бюро AUCPĮB]. Последний обладал неограниченными полномочиями, он подготовил и утвердил все важнейшие документы того времени, а не только те, которые регулировали борьбу с национальным сопротивлением. Позже Литовское бюро AUCP [B] передало многие из своих полномочий бюро ЦК LCP [B].
Коммунистическая партия при содействии репрессивных структур СССР — НКВД и НКГБ (с 22 марта 1946 года переименованных в МВД и МГБ), их соответствующих комиссариатов (министерств) в Москве и их филиалов в Вильнюсе организовала подавление литовского сопротивления. Для надзора за деятельностью репрессивных структур в Литве Москва назначила высокопоставленных чиновников — генерал-полковников — НКВД (МВД) заместителем министра Аркадия Апоионова (до 2 апреля 1948 года) и заместителем народного комиссара НКГБ Богдана Кобулова. Оба они, особенно Апойонов, часто посещали Литву и подписали многочисленные директивы относительно уничтожения литовского национального подполья. Когда советских репрессивных структур не было в Литве, они находились под командованием НКВД и уполномоченного НКГБ в Литве лейтенанта. Gen. Иван Ткаченко, жестокий чекист и великим интриганом, который удалось снять Александрас Гудайтис-Гузевичюс с поста наркома в ЛССР НКГБ, а в 1946 году даже пытался удалить Снечкус снят со своего поста.
Партизаны были самым большим препятствием на пути установления советской системы в Литве. После их ликвидации надеялись с помощью пропаганды, экономического давления и другими способами быстро превратить народ Литвы в советских людей. Глава Литовского бюро AUCP[B] Михаил Суслов, выступая на 4-м пленуме ЦК ВКП(б), призвал к скорейшему разгрому подполья. Его приказы были видны во всех решениях бюро и пленумов ЦК ВКП(Б). Различные органы Коммунистической партии продолжали указывать на методы подавления стратегического сопротивления, особенно партизанского движения (усилить взаимодействие между репрессивными органами и гражданским правительством; сочетать репрессивные меры с политическими и экономическими; подорвать основы партизан путем ареста и депортации их сторонников; активизировать работу с агентурой; нанести удар по партизанам, имея точные данные об их местонахождении, и т.д.). Однако очень часто допускались ошибки, особенно в указании сроков разгрома партизан. Обычно решениями Коммунистической партии органам безопасности отводилось два-три месяца на выполнение этой задачи. Последний документ бюро ЦК ВКП(б) по этому вопросу был принят 31 декабря 1953 года, когда вооруженная борьба подходила к концу. Оно было озаглавлено «За усиление мер по борьбе с националистическим подпольем и остатками его банд в республике».

Встреча с М. Сусловым из Вильнюса. Слева: первый — неизвестен, второй — Антанас Снечкус, третий — Михаил Суслов, четвертый — неизвестен, пятый — Мечисловас Гедвилас. 1946 год.
Лейтенант. Gen. Иван Ткаченко, уполномоченный НКВД СССР в Литве, VCPĮB] Член бюро ЦК Литвы, один из важнейших организаторов репрессий и террора в СССР, борется с сопротивлением литовского народа.
Maj. Gen. Петр Капралов, заместитель народного комиссара НКВД ЛССР, один из важнейших организаторов террора и репрессий против партизан и тех лиц, которые избегают службы в РА в Литве.
Организатор и исполнитель террора в НКВД (МВД, MGB), генерал-майор. Павел Ветров, командир 4-й стрелковой дивизии внутренних войск СССР Литва. Возглавляемые им подразделения военной силой подавляли партизанское сопротивление, захватывали в плен дезертиров из Красной Армии (РА), мужчин, уклоняющихся от службы в РА, проводили репрессии.
Ген.-Майор Юозас (Йосифас) Барташюнас, НКВД (МВД) ЛССР, народный комиссар (министр) (1944-1953), организатор и исполнитель советского террора, руководитель борьбы с партизанским движением и бойкота принудительной мобилизации в РА, объявивший приказ об амнистии и легализации партизан, дезертиров из РА и лиц, уклоняющихся от службы в РА.
Maj. Gen. Александрас Гудайтис-Гузявичюс, народный комиссар КГБ ЛССР N (июль 1944-август 1945), один из главных организаторов репрессий против партизан и лиц, уклоняющихся от службы в РА, руководитель агентурной деятельности.