Когда возникли серьезные подозрения и партизаны под влиянием Эрелиса отступили из Вильнюса, было решено, тем не менее, встретиться и обсудить создание главного руководства. 15-17 января 1947 года в бункере начальника штаба Таурасского района Альфонсаса Вабаласа (псевдоним Гедиминас) в деревне Пилвишкяй раньше запланированного состоялось совещание, на котором присутствовали командиры Таурасского района, а также представитель района Юргис Крикщюнас (псевдоним Римвидас) и Юнгтине Кестучио представитель района Альгимантас Заскявичюс (alias Šalna). Районы были представлены очень слабо — ни один представитель из Восточной Литвы не участвовал. Тем не менее, руководящие принципы были сформулированы — несмотря на неудачи продолжать начатую работу по централизации и созданию главного руководства, сформировать руководство из командиров вооруженных партизан по принципу представительства, постараться, насколько это возможно, сохранить отношения с Западом.
После этой встречи начались обсуждения, в которых наиболее активно участвовали командиры округов Таурас и Юнгтине Кестучио. Поскольку организовывать прямые встречи было не только опасно, но и сложно, обсуждение продолжалось с помощью писем, на доставку которых иногда уходило больше месяца. 18 ноября 1947 года районы Таурас и Дайнава обсудили и утвердили схему руководства БДПС и иерархического подчинения. Оно было разослано командующим округами для утверждения.
Командиры округа Таурас хотели сохранить хрупкие отношения с Западом. Для этого необходимо было определить руководство, которое могло бы выступать от имени вооруженного подполья. Только так можно объяснить инициативу Антанаса Балтусиса (псевдоним Жвейс) уже весной 1947 года создать президиум БДПС (несмотря на опасность провокаций МГБ, название организации, известное на Западе, было сохранено), в который вошли бы лица, проживающие на законных основаниях. Таким образом Балтусис стремился заполнить нишу политического представительства — предполагалось, что президиум имел право действовать как настоящее правительство, то есть утверждать посланников, принимать законы, готовить планы на будущее и так далее. Проблема председателя президиума все еще была актуальна, потому что не было найдено кандидата от людей, живущих легально. Реально, до октября-ноября 1947 года, когда были арестованы члены президиума БДПС, функции президиума БДПС ограничивались поддержанием связей с руководством Таурасского района и поставкой информации в подпольную прессу. Вероятно, наиболее значительным результатом его деятельности стала подготовка двух документов — Меморандума в ООН и Письма римско-католической Республики Святому Отцу Пию XII в Ватикан, которые были написаны священником Юозасом Станкунасом и доставлены на Запад Юозасом Лукшей и Казимиерасом Пиплисом.
Балтусис также создал военное руководство. 1 сентября 1947 года председатель президиума БДПС издал приказ № 22, устанавливающий структуру шести округов (фактически на тот момент уже было сформировано восемь округов). Предполагалось, что штаб БДПС, который будет находиться под контролем ВГПШ и командира последнего (он также будет контролировать политическую деятельность БДПС), будет отвечать за районы. Однако военный совет, состоящий из командующих округами, должен был стать высшим органом — он мог бы менять состав как БДП, так и ВГПШ.
Ситуация в Восточной Литве была специфической с самого начала: сильные традиции LLA, роль десантников, предпринимались активные шаги и не было недостатка в руководящих кадрах. Вот почему МГБ направило свои удары именно в этот регион. Маркулис (псевдоним Эрелис) пришел на арену с хорошими рекомендациями от командиров Восточной Литвы (благодаря своим старым связям в LLA, членом которой он был). Только благодаря случайности разрушительная деятельность не распространилась на всю структуру литовского подполья, но непоправимый ущерб был нанесен Восточной Литве. РайонДиджойи-Кова в то время полностью контролировался МГБ, потому что после ареста Йонаса Мисюнаса (псевдоним Желясиса Велняса) в августе 1946 года Грижтас в то время полностью взял руководство на себя. Модель разрушения этого района показывает, как планировалось уничтожить все метро. Партизаны района Диджойи-Кова получили приказ о демобилизации, все еще подписанный Жалясисом Велнясом. Новый командующий округом капитан. Грижтас, утверждая, что важно беречь силы, сумел убедить многих активных партизан взять предложенные фиктивные документы и жить легально. Некоторых партизан, покинувших леса, эксплуатировали без их ведома, но когда «оперативный интерес» был утрачен, они были арестованы.
Даже сам регион Восточная Литва был создан усилиями МГБ, стремящегося сохранить свое влияние на вооруженное подполье, которое выходило из-под его контроля. 2 января 1947 года, после того как партизаны Южной Литвы покинули Вильнюс, Эрелис подписал приказ БДПС № 3 о назначении Йонаса Кимштаса (псевдоним Жальгирис) на должность командующего регионом Восточной Литвы. Создание региона не означало полной централизации, потому что командующий округом не обязан был подчиняться командующему регионом. Это произошло в Восточной Литве, которая в то время включала районы Витаутас, Витис, Диджой-Кова и Альгимантас. Командующий округом Витис Даниэлюс Вайтелис (псевдоним Бриедис) еще в 1948 году полностью доверял «центру», продвигаемому Маркулисом.
Жальгирис, который был командующим округом Витовта до своего назначения на должность командующего регионом, передал эти обязанности Винкасу Каулинису (псевдоним Мишкинис). В 1947 году ситуация в Восточной Литве, несмотря на серьезные на вид, но все еще довольно формальные структурные достижения, все еще была сложной. Это не было секретом как для партизанских командиров Южной, так и для Западной Литвы. В начале 1948 года Жвейс написал «Жальгирис» утверждает, что до сих пор связь поддерживалась напрямую с районами, потому что это было необходимо из-за недостаточного уровня централизации. Только в мае 1948 года руководство области представляло практически все районы области. Только с этого момента можно говорить о реальном образовании региона Восточная Литва (Калнай) и его участии в создании главного командования.
В Западной Литве ситуация была иной. Жемайчяйский район был слишком озабочен своими внутренними организационными делами, более того, он находился географически слишком далеко от Юга Литвы, чтобы была возможна прямая связь. Округ Юнгтинэ Кестучио, сформированный весной 1947 года, несмотря на свои организационные проблемы, сразу же стал активно участвовать в формировании главного командования: сначала оно высказывало свои взгляды на метод объединения, позже, начиная со второй половины 1948 года, полностью перехватило инициативу. Это, несомненно, было определено личностями, сосредоточенными в руководстве района Юнгтине Кестучио : лейтенант авиации. Юозас Касперавичюс (псевдоним Ангис), который стал первым командующим округом, Петрас Барткус (псевдоним Жадгайла), Юозас Чепонис (псевдоним Таурагис), Петрас Паулайтис и, конечно же, Йонас Жемайтис, который позже стал главой главного командования — its spiritus movens.
В январе 1947 года Касперавичюс выразил свое негативное мнение о приоритетной роли политического руководства и подчеркнул важность роли вооруженного подполья. Хотя в то время его положения не принимались во внимание, руководство Южной Литвы прекрасно понимало, что оно не может игнорировать усиливающееся мнение руководителей районов (тем более что к концу 1947 года правильность положений Жемайчяй становилась все более очевидной), и, пытаясь поддерживать постоянную связь, все больше смягчало свою позицию. В апреле 1947 года была запланирована поездка командиров района Юнгтинэ Кестучио — Я. Жемайтиса, П. Барткуса и Я. Касперавичюса в Южную Литву. Однако из-за массовой охоты на людей эта поездка не могла состояться. Кроме того, в своем бункере недалеко от города Батакяй был убит командующий округом Я. Касперавичюс, а все руководство округа было уничтожено. На несколько месяцев, до конца мая 1947 года, когда П. Барткус инициировал совещание командиров, округ остался без руководства. На этом собрании Жемайтис был избран командующим округом и столкнулся со сложной организационной работой. Были изменены названия бригад, обновлено руководство, налажена работа по выпуску прессы и началась подготовка нормативных военных документов округов. На собрании 8 сентября 1947 года недалеко от Крыжкалниса было решено создать новый район Пришикелимас. Эта необходимость возникла из-за очень обширной территории Округ Юнгтине Кестучио справиться с этим было очень трудно — система связи становилась громоздкой, доставка писем занимала слишком много времени, прямые визиты главных командиров были едва ли возможны. При создании структуры учитывалась модель региона Южной Литвы, которая была оценена как эффективная.
