21 июня 1943 года Гиммлер приказал ликвидировать все гетто на территории Остланда. Трудоспособные евреи должны были быть отправлены в концентрационные лагеря, контролируемые СС. Каунасское и Шяуляйское гетто были преобразованы в концентрационные лагеря.
23-24 сентября 1943 года Вильнюсское гетто было ликвидировано. Документы немецкой полиции безопасности и СД показывают, что до уничтожения Вильнюсского гетто в Вильнюсском районе насчитывалось 24 108 еврейских заключенных. Жители гетто были разделены на две группы: трудоспособные мужчины и женщины (около 11 000) были отправлены в концентрационные лагеря в Эстонии (Клуга и Вайвара) и Латвии (Кайзервальд), а старики, женщины и дети (около 3500) были доставлены в нацистский концентрационный лагерь Освенцим для уничтожения. После ликвидации Вильнюсского гетто 2382 еврея остались работать на Вильнюсском заводе «Кайлис» и армейских авторемонтных мастерских на улице Субачюса. Еще 1720 евреев остались в сельской местности. Только 2000-3000 из более чем 50 000 вильнюсских евреев пережили нацистскую оккупацию. Около трети оставшихся евреев бежали из гетто; большинство из них присоединились к советским партизанам.
Кампании убийств в Каунасском гетто возобновились 26 марта 1944 года. В тот день состоялась чрезвычайно жестокая кампания по изъятию детей под руководством оберфюрера Вильгельма Фукса и обершарфюрера Бруно Киттеля. Эсэсовцы и украинские полицейские ворвались в гетто, ходили от дома к дому, отбирали детей у их матерей и бросали их в грузовики. Протестовавших матерей избивали прикладами автоматов и натравливали на них собак. За два дня в гетто собрали около 1700 детей и пожилых людей. Кроме того, были арестованы 130 полицейских гетто. На следующий день (27 марта 1944 г.) задержанные (включая 34 полицейских-еврея) были расстреляны в форте IX.
Руины Вильнюсского гетто.
Руины Каунасского гетто в Вилиямполе. 1944 год.
Поскольку линия фронта приближалась к Каунасу, нацисты решили окончательно ликвидировать еврейские концентрационные лагеря. Ликвидация Каунасского гетто началась 8 июля 1944 года с депортации около 1200 человек на баржах и депортации еще 900 10 июля поездом. 12 июля гестапо начало поджигать здания гетто. Людей расстреливали, когда они выбегали из горящих зданий. Сотни людей погибли в огне или от пуль. Почти все здания и мастерские гетто были сожжены дотла. Около 6000-7000 человек были депортированы из Каунасского гетто. Во время его ликвидации погибло около 1000 человек и было спасено около 300-400 евреев.
Мужчины из Каунасского гетто были депортированы в концентрационный лагерь Дахау, а женщины — в Штуттгоф. Привезенные в Дахау каунасские евреи построили подземный авиационный завод и работали на других работах. Несколько заключенных умирали от истощения каждый день. Особенно высокая смертность была зарегистрирована в октябре и ноябре 1944 года. Эльчанан Элкес, бывший председатель Совета старейшин Каунасского гетто, также умер в Дахау. В конце войны узники концлагеря Дахау были освобождены американскими войсками. Среди выживших было около 1000 литовских евреев.
Женщины и дети из Каунасского гетто были первоначально депортированы в Штуттгоф. 19 июля 1944 года в концентрационном лагере находилось 1208 женщин и детей. 26 июля 1893 еврея из Каунасского и Шяуляйского гетто (801 женщина, 546 девочек и 546 мальчиков) были перевезены в концентрационный лагерь Освенцим. Очень немногим из них удалось дожить до освобождения. Говорят, что только около 8% из 30 000 узников Каунасского гетто дожили до конца войны (около 2400 человек).
До октября 1943 года Шяуляйское гетто находилось под контролем Шяуляйского окружного комиссара Ханса Гевеке; с 1 октября гетто перешло под контроль СС. Гетто превратилось в концентрационный лагерь. SS-Hauptscharführer Hermann Schlaff (Schleef?) был назначен его начальником. После массовых убийств летом и осенью 1941 года в Шяуляйском гетто наступил относительно стабильный период. Только 5 ноября 1943 года в Шяуляйском гетто была проведена кампания отбора детей и менее трудоспособных евреев. SS-Hauptsturmführer Ludwig (Albert?) Ферстер руководил кампанией. В этот день солдаты СС и власовцы из Каунаса расстреляли людей в гетто и отправили 570 детей и 260 пожилых евреев в концентрационные лагеря в Германии (предположительно, в Освенцим). Члены Еврейского совета Берл Картун и Аарон Кац добровольно ушли вместе с задержанными.
15 июля 1944 года началась ликвидация Шяуляйского гетто. Около 2000 евреев из Шяуляя были отправлены в концентрационный лагерь Штуттгоф. Оттуда мужчин перевели в Дахау, а женщин и детей — в Освенцим. Американские войска освободили выживших Шяуляйских евреев из концентрационного лагеря Дахау 2 мая 1945 года. Только 350-500 евреев из Шяуляя дожили до конца войны.
Немецкая полиция безопасности и структуры СД попытались уничтожить все следы массовых убийств. В конце 1943 года специальные команды по сжиганию трупов (состоящие из приговоренных к смертной казни) начали свою работу в Каунасском форте IX и Панериае. Информация об этих людях была засекречена в документах, и они фигурируют как компании 1005 A и 1005 B. Сожжение останков жертв в форте IX продолжалось до конца нацистской оккупации. После того, как трупы были сожжены, землю вспахали и засадили картофелем. В ночь на 25 декабря 1943 года из форта IX сбежали 64 человека, которые сжигали трупы (27 из них выжили). 15 апреля 1944 года из Панериая сбежали 13 человек, которые сжигали трупы. После войны они рассказали о преступлениях, совершенных нацистами. Согласно показаниям тех, кому удалось скрыться, в период с декабря 1943 года по 15 апреля 1944 года в Панериае в 19 огромных кострах (высотой до 4,5 м) было сожжено от 56 000 до 68 000 останков жертв.
Трудно ответить на вопрос, сколько евреев Литвы было убито во время нацистской оккупации. В архивах не сохранилось подробных статистических данных или списков имен убитых. Согласно информации Статистического управления на 1 января 1941 года, в Литве проживало 208 000 евреев (6,86% населения Литвы). В начале войны около 8500 евреев уехали в Россию. Во время немецкой оккупации 1500-2000 евреев сбежали из Каунасского и вильнюсского гетто, около 2000-3000 евреев дожили до конца войны в нацистских концентрационных лагерях, и несколько тысяч выжили, будучи спрятанными литовцами, поляками и русскими. Общее число литовских евреев, убитых во время нацистской оккупации, составляет около 195 000-196 000 (более 80% из них были убиты на территории Литвы, другие были депортированы и уничтожены в концентрационных лагерях в Латвии, Эстонии, Польше, Германии и Австрии).
Спасение евреев
Хотя большая часть общества в 1941 году довольно пассивно наблюдала за ликвидацией евреев и участием в ней некоторых литовцев, были сотни людей, которые с самого начала нацистской оккупации спасали евреев, приговоренных к смертной казни. Спасение было обусловлено различными причинами, и представители различных слоев литовского общества не остались только наблюдателями. Семья оперного певца Кипраса Петраускаса спасла Шюжи Померанцайте; мэр Джакус Сондецкис спас Маркас Петухаускас (который позже стал известным театральным критиком) и его мать; театральная актриса Ольга Кузьмина-Даугувьетене спрятали Илью Таубераса, Соломонаса Набрицкиса и других евреев в Каунасе. В ряды спасателей входили семья врача Елены Куторгене и семья поэта Казиса Бинкиса, а также педиатр Петрас Баублис, профессор медицины из Каунаса Пранас Мажилис, и Стефания Палюлите-Ладигене, вдова убитого советским Союзом литовского генерала Казимераса Ладиги. Также было много деревенских жителей, которые спасали евреев. Особенно много еврейских детей выжило в семьях обычных литовских фермеров. Десятки священников оказывали помощь тем, кто прятал евреев, и сами спасали осужденных. Например, католический священник Бронюс Паукштыс снабдил 120 еврейских детей фальшивыми паспортами и свидетельствами о рождении, прятал детей в приходах и церквях, где они получали еду, а позже по ночам детей доставляли к заслуживающим доверия людям в Сувалкийском регионе Литвы.