После окончания первого этапа физического уничтожения евреев последовала ликвидация их культурного наследия. 27 января 1942 года Совет по образованию распорядился как можно быстрее изъять из библиотек все книги еврейских авторов, все публикации, выпущенные между 1940 и 1941 годами, а также книги Эриха Марии Ремарка, Теодора Драйзера и других авторов, получивших негативную оценку. Еврейские публикации, так же как и советская пропагандистская литература, должны были передаваться в так называемый штаб Розенберга, которому была поручена «борьба с посторонними иностранными влияниями». Во время нацистской оккупации библиотеки потеряли полмиллиона изданий, уникальные еврейские библиотеки (Страшун, Институт еврейских исследований и др.) были закрыты и уничтожены.
Еврейские гетто в тот период Декабрь 1941 — март 1943
Этот период условно можно назвать периодом стабилизации. Массовых убийств евреев тогда не было. Нацисты пытались максимально использовать еврейскую рабочую силу на благо военной экономики Германии. Почти все мужчины и женщины трудоспособного возраста выполняли разнообразную работу в мастерских гетто, на различных фабриках, предприятиях и в специальных еврейских трудовых лагерях. В феврале 1943 года около 9600 евреев Каунасского гетто ежедневно работали на 140 рабочих местах. В мастерских гетто работало 1400 мужчин и женщин. Из-за тяжелой работы, нехватки еды и плохого медицинского обслуживания в Каунасском гетто каждую неделю умирало около 50 человек.
В сентябре 1943 года, когда СС взяли под контроль Каунасское гетто, количество рабочих бригад было сокращено с 93 до 44. Планировалось создать восемь концентрационных лагерей: 2500 евреев в Алексотасских казармах, 1200 в Ежереляй, 1200 в Шанчяйских артиллерийских казармах, 600 в армейском автопарке в Петрашюнай, 500 в Палемонасе, 500 на Каунасском резиновом заводе, 400 в Мариямполе, 400 в Кайшядорисе и 2000 евреев в Каунасском гетто.
Руководство Вильнюсского гетто. В первом ряду, шестой слева, — глава Вильнюсского гетто Якоб Генс. Vilnius, 1943. Фото из книги Л. Ран «Литовский Иерусалим», том. II, Нью-Йорк, 1974
Совет старейшин Каунасского гетто. Сентябрь 1941 года.
Руководители гетто придерживались мнения, что до тех пор, пока евреи были экономически выгодны нацистам, они не будут ликвидировать гетто, поэтому администрация гетто пыталась нанимать все больше еврейских рабочих и повышать их производительность. Например, летом 1943 года около 14 000 евреев Вильнюсского гетто (две трети от общего числа жителей гетто) работали на различных предприятиях и в еврейских трудовых лагерях. В апреле 1943 года командующий немецкой полицией безопасности и СД в Литве проинформировал РСХА, что в генеральном округе Литвы насчитывалось 44 584 еврея, в Вильнюсском гетто — 23 950, в Каунасском — 15 875 и в Шяуляйском гетто — 4759. Около 30 000 евреев выполняли работу, необходимую для немецкой армии.
Еврейское сопротивление
Не все литовские евреи покорно подчинились смерти, некоторые прилагали все усилия, чтобы попытаться противостоять нацистскому «окончательному решению». 31 декабря 1941 года еврейский писатель и поэт Абба Ковнер опубликовал манифест в Вильнюсском гетто, в котором он написал: «Гитлер планирует уничтожить всех евреев Европы, и евреи Литвы были выбраны в качестве первых жертв. Давайте не позволим вести нас, как овец на бойню! [...] Восстаньте! Сражайтесь до последнего вздоха!» После осуждения массового убийства евреев было решено, что единственный способ ответить — восстание. 21 января 1942 года в Вильнюсском гетто была создана Объединенная партизанская организация (Fareinikte Partisaner Organizatsie, FPO). В нее входили члены коммунистических и сионистских организаций. Лидер сионистской организации «Бейтар» (Национальная гвардия) Джозеф Глазман выдвинул идею создания FPO. FPO объединила евреев, разделявших разные взгляды. Во время ликвидации гетто, 23 сентября 1943 года, около 150 членов JPO сумели сбежать из окруженного гетто по канализационным каналам и достигли Руднинкайского леса.
Тайные группы, действовавшие в Каунасском гетто, сформировали единую организацию сопротивления — Организацию Антифашистской борьбы (АКО). У этой организации было собственное радио, она записывала услышанные новости, выпускала информационные бюллетени и проводила диверсии и акты саботажа. В 1943 году АКО начала посылать своих людей в советские партизанские отряды. В общей сложности около 250 бойцов Каунасского гетто были отправлены на советские партизанские базы. Сотни, присоединившихся к советским партизанам, смогли избежать смерти и отомстить за уничтожение еврейской нации.
Когда массовые убийства жителей гетто были прекращены, евреи активизировали свою культурную деятельность в 1942 году, и это можно назвать их культурным сопротивлением. Культурная, религиозная и общественная деятельность перед лицом массовых убийств помогла евреям сохранить свою духовную стойкость и мобилизовать общество. В гетто были созданы специальные комитеты, отвечавшие за вопросы культуры. В Каунасском гетто врач Нахман Шапира возглавлял этот комитет. Герман Крук, общественный активист, заведовал библиотекой Вильнюсского гетто. Были открыты библиотеки, школы и детские сады. В Вильнюсском гетто также была открыта ешива, еврейская теологическая семинария. Там читались лекции по литературе, культуре и философии. В Вильнюсе было около двадцати таких центров общественной жизни. Особенно известным был театр Вильнюсского гетто, где ставились произведения мировой классики и пьесы еврейских драматургов, а также концерты. Театр продолжал функционировать до тех пор, пока все актеры не погибли или не были отправлены в концентрационные лагеря.

Сбежавшие из гетто евреи, сражавшиеся в советских партизанских отрядах. В первом ряду (слева, на коленях): неизвестный, Песах Мизереч, Моти Шамес; во втором ряду (слева, стоя): Эльчанан Магид, Якоб Пренер, Блюма Марковиц, Абба Ковнер, Рузка Корчак, Лейб Сапирштейн, Витка Кемпнер. Июль 1944 года.
Тайник для книг в Каунасском гетто.
Еврейский хор в Вильнюсском гетто
Театральная пьеса в Вильнюсском гетто.
В Вильнюсском и Каунасском гетто культурное сопротивление было довольно активным. Художественные выставки, литературные конкурсы, концерты, публичные дебаты и многие другие формы социальной активности помогали поддерживать дух людей и не сломаться. Однако еврейская культура в Литве к тому времени уже была, по существу, уничтожена.
Ликвидация гетто Апрель 1943 — июль 1944
Относительно стабильный период существования гетто закончился весной 1943 года. В феврале того же года нацистская администрация решила начать ликвидацию гетто. Впервые это было сделано в Свиряйском и Ашменском районах, присоединенных к общему региону Литвы. В этот период советская партизанская деятельность в восточной части Вильнюсского уезда значительно усилилась. Некоторые евреи, бежавшие из гетто, присоединились к советским партизанским отрядам. Это побудило нацистскую администрацию начать ликвидацию гетто и трудовых лагерей в Вильнюсском уезде. Сначала, в марте 1943 года, были ликвидированы гетто в Швенчионисе, Микаилишкесе, Ашмене и Салосе. Около 3000 обитателей этих гетто были переведены в Вильнюсское гетто, в то время как другим сказали, что они будут перевезены в Каунасское гетто. Однако 5 апреля поезд с литовскими евреями из городов восточной Литвы остановился в Панеряй. Здесь евреев согнали с поезда и расстреляли в Панериайском лесу. Солдаты 1-го Литовского полицейского батальона принимали участие в расстреле евреев. Было убито около 5000 евреев. Лишь немногим удалось бежать и вернуться в вильнюсское гетто. В начале июля 1943 года еврейские трудовые лагеря в Кене и Бездонисе находившиеся под властью Вильнюса гетто были уничтожены. Солдаты немецкого гестапо и литовские полицейские расстреляли около 500-600 евреев, работавших в этих лагерях. Около 600-700 евреев из трудовых лагерей Балтойи Воке и Рише были переведены в Вильнюсское гетто или скрывались.