Полномочия гражданского правительства в Остланде были определены указом Лозе от 18 августа 1941 года. В пункте 2 постановления говорится, что гражданские власти Германии будут издавать постановления для гражданских лиц на территории Остланда. В постановлении объявлялось, что гражданское правительство Германии завладело всем движимым и недвижимым имуществом общественных объединений, союзных объединений и групп в регионах, находящихся в ведении правительства Рейхскомиссар Остланда ; он сохранил за собой право реструктурировать собственность и имущественные отношения; что немецкая армия должна управлять имуществом советской армии; и официальным языком в пределах рейхскомиссариата Остланд был немецкий, но в каждом регионе в целом можно было использовать язык страны.
Компетенция генеральных комиссаров в Остланде была определена в изданных 3 сентября 1941 года инструкциях — Коричневой папке имперского министерства по делам оккупированных восточных территорий. В нем перечислялись наиболее важные задачи институтов гражданских властей Германии: 1) полицейский надзор, 2) рациональное использование рабочей силы, обеспечивающей армию Германии и военную экономику Германии, 3) снабжение местного населения; 4) гарантия функционирования транспортных систем и коммуникаций, 5) контроль над гражданским населением и их использование для решения задач немецкой администрации и 6) ликвидация враждебных организаций.
Главное политическое управление Генерального комиссариата готовило проекты законов и других нормативных актов для администрации Литвы и отвечало за общую политику немецких оккупационных властей в Литве. Главное экономическое подразделение контролировало промышленность и торговлю, распределение сельскохозяйственных обязательств и сбор сельскохозяйственной продукции. это подразделение в Литве имело свою собственную сеть должностных лиц, этому подразделению подчинялись уполномоченные инспекторы по производству и торговле, работающие в округах, управляющие экономикой округов, управляющие сельским хозяйством округов и другие должностные лица, которые организовывали и контролировали использование литовской экономики в интересах рейха. Подразделение трудовой политики и социального обеспечения, контролируемое районными агентствами занятости, (Arbeitsamt), вело учет работающих людей и организовывало мобилизацию населения на работу в Германии и Литве. Отдел культуры и образования контролировал работу литовских образовательных, научных и культурных учреждений и проводил политику германизации в области культуры и образования. У генерального комиссара был большой правительственный аппарат — только в Каунасе насчитывалось 370-380 чиновников, и позже их число немного увеличилось.
Низшим звеном гражданского правительства Германии были окружные комиссариаты, в учреждениях которых работало более 40 сотрудников. Наиболее важными задачами и функциями окружных комиссаров были — выполнение распоряжений генерального комиссара и контроль за работой местной администрации. Структура окружных комиссариатов была аналогична структуре генеральных комиссариатов, за исключением того, что вместо дивизий в них были референтные подразделения.
Районные комиссары не только возглавляли закрепленную за ними районную администрацию, но и могли выполнять карательные функции. 6 октября 1941 года рейхскомиссар Остланда Лозе издал «Указ о полицейских полномочиях окружных комиссаров». В соответствии с этим постановлением окружные комиссары получили право наказывать лиц, находящихся вне юрисдикции армии, полиции и СС, тюремным заключением сроком на 6 недель или штрафом в размере до 1000 римских реалов и конфискацией имущества. В исключительных случаях наказание может быть усилено тюремным заключением на срок до 2 лет или штрафом в размере до 50 000 румынских рупий.
Будучи не в состоянии справляться с возложенными на них задачами, окружные комиссары часто просили прислать больше чиновников и обвиняли литовское самоуправление в его неспособности работать. Комиссар Крамер из города Каунас, комиссар Хингст из города Вильнюс и комиссар Неум из Паневежисского района были особенно враждебны к литовцам. В начале 1944 года в Литве работало 5988 должностных лиц немецкой оккупационной администрации; 2437 человек работали в учреждениях гражданской администрации и 1592 человека работали в частном секторе.
Наиболее важными задачами немецких гражданских властей в Литве были удовлетворение экономических и военных потребностей Германии и подготовка условий для будущей (после войны) аннексии Литвы. Одним из важнейших условий было физическое уничтожение врагов рейха (евреев, коммунистов и т.д.), а также германизация и колонизация региона.
Полиция безопасности Германии и СД
Планируя нападение на Советский Союз в марте 1941 года, Гитлер подчеркивал, что война с Россией не будет обычной, — это будет смертельная схватка двух непримиримых идеологий (нацизма и большевизма), битва мировоззрений. Все активные и потенциальные враги нацизма должны были быть уничтожены без разбора. Эта задача должна была быть выполнена в первую очередь специально созданными оперативными группами немецкой полиции безопасности и СД (айнзатцгруппы). Было решено, что все оперативные группы смогут свободно перемещаться в тылу войск и армии. С административной точки зрения они будут подчиняться военным властям, но будут выполнять задачи Главного управления безопасности рейха (Reichssicherheitshauptamt, RSHA). Оперативным группам было предоставлено право действовать не только в тылу вермахта, но и непосредственно за линией фронта, поэтому они могли немедленно проводить кампании по уничтожению евреев и коммунистов, которым не удалось немедленно отступить.
При подготовке к нападению на Советский Союз нацисты сформировали четыре оперативные группы: A, B, C и D. Группа A была выделена в группу армий «Север», а группа B — в группу армий «Центр». Оперативная группа А, созданная для стран Балтии, была разделена на 2-ю и 3-ю оперативные группы (айнзатцкоманды) и специальные отряды la и lb (зондеркоманды). Бригадефюрер СС Вальтер Шталекер первоначально был назначен командиром группы «А», но с 24 марта 1942 года ее возглавил бригадефюрер СС и генерал-майор полиции Хайнц Йост. Штандартенфюрер СС Карл Ягер возглавлял 3-е оперативное подразделение группы А (Айнзатцкоманда 3 из айнзатцгрупп А) в Литве. Оперативная группа А была самой крупной и насчитывала 990 должностных лиц.
После нападения Германии на Советский Союз оперативная группа «А» была передислоцирована 23 июня из Претцша в Данциг, а ее штаб-квартира разместилась в Гумбиннене. Уже 25 июня вместе с передовыми войсками вермахта командующий оперативной группой «А» В. Шталекер достиг Каунаса, а 2 июля штаб группы «А» находился в Шяуляе. 2 июля 1941 года 3-я оперативная группа группы А во главе с штандартенфюрером СС Карлом Ягером взяла на себя функции полиции безопасности в Литве. Штаб-квартира Ягера находилась в Каунасе, в то время как более мелкие подразделения (Teilkommandos) 3-го оперативного отряда группы А переехал в Вильнюс, Даугавпилс и Минск. 9 августа 3-я оперативная группа группы А взяла под контроль Вильнюс, а 2 октября — Шяуляйский регион.
Когда гражданское правительство Германии будет установлено на оккупированных территориях, контролируемых оперативными группами, командир оперативной группы станет командующим немецкой службой безопасности и СД в этом районе. 23 сентября 1941 года 3-я оперативная группа группы А была реорганизована в Управление немецкой полиции безопасности и командующего СД в Литве (Kommandeur der Sicherheitspolizei und des SD für den Generalbezirk Litauen), находился в Каунасе. Командующий литовской полицией безопасности и СД подчинялся командующему Остландом Немецкая полиция безопасности и SD в Риге. Егер был командующим немецкой полицией безопасности и СД в Литве до 15 сентября 1943 года, затем его сменил доктор Вильгельм Фукс до 6 мая 1944 года и, наконец, Хорст Й. Беме до июля 1944 года. Структура управления немецкой полиции безопасности и командующего СД в Литве была аналогична структуре РСХА. В 1941-1942 годах немецкая полиция безопасности и СД имели два подразделения, а в 1943-1944 годах — пять подразделений. Наиболее важными подразделениями были следующие: Подразделение III — SD (руководитель — штурмбаннфюрер СС Йоханнес Лендорф), Подразделение IV — гестапо (руководитель — оберштурмбаннфюрер СС Август Мюллер, а позже — Генрих Шмитц), а подразделение V — криминальная полиция (руководитель — штурмбаннфюрер СС Герман Домке).
