С 10 по 17 июля новые сотрудники Управления государственной безопасности и инструкторы НКВД произвели первые массовые аресты. 11-14 июля было арестовано 373 человека, до 19 июля было арестовано 504 человека, в том числе «158 членов Национального союза, 31 последователь Вольдемараса, семь христианских демократов, восемь членов Союза стрелков, четыре члена популистского крестьянского союза, 148 польских офицеров и лиц, участвовавших в в польских контрреволюционных организациях 12 членов [Российской] Белой армии, 17 агентов политической полиции, 14 троцкистов, семь агентов иностранных разведок и 73 других контрреволюционных элемента». Акция проходила под контролем Лаврентия Берии, который проинформировал об этом Сталина и Молотова. Аресты не преследовали цели ликвидации каких-либо тайных организаций. Это было подтверждено отчетами Департамента государственной безопасности, который перешел к коммунистам. «До сих пор у нас нет никакой информации о том, что формировалась какая-либо тайная организация правого толка, у которой хватило бы смелости бороться против нынешнего правительства», — заявил Снечкус в своем отчете от 13 июля 1940 года.
Карта устья реки Лена. Рисунок Г. Мартинайтиса из книги «Литовцы в Арктике». 2010
Рабство. Рисунок Г. Мартинайтиса из книги «Литовцы в Арктике». 2010
Законы Советской России, хотя они еще не были официально введены в Литве, применялись к гражданам Литвы. А именно, статья № 58 уголовного кодекса России предоставляла возможность судить каждого игрока из независимого списка за «антисоветскую деятельность», поскольку предполагаемая вина могла быть связана с его ранее выполняемыми обязанностями. Такова была советская точка зрения с самых первых арестов. Арестованные были немедленно объявлены находящимися за пределами закона и началась конфискация их имущества. Большинство арестованных были литовскими общественными активистами: руководители и члены бывших организаций, редакторы и журналисты запрещенных газет, бывшие министры, военные офицеры и другие. 17 июля 1940 года Антанас Меркис и Юозас Урбшис, вместе со своими семьями, были депортированы в СССР (соответственно в Саратов и Тамбов). 23 июля сотрудник НКВД Харитонов доставил в тюрьму на Лубянке 11 арестованных: бывших министров внутренних дел Казиса Скучаса, Юлиуса Чапликаса и Сильвестраса Леонаса, бывших директоров Департамента государственной безопасности Йонаса Статкуса и Августинас Повилайтис, бывший сотрудник полиции безопасности Павлас Лашас-Спиридоновас, бывший премьер-министр Польши Александр Пристор, окружной начальник государственной полиции безопасности и криминальной деятельности Йонас Казлаускас и бывшие сотрудники разведки Костас Далкснис, Петрас Кирлис и Юозас Матусайтис. До конца августа 1940 года было арестовано 1313 человек, а до конца того же года — еще 1472.
Уже в июле 1940 года был начат учет «антисоветских элементов»: составлялись списки лиц, подлежащих аресту. 3 сентября были возбуждены дела в отношении 15 литовских организаций, шести еврейских организаций (Общество Авраама Мапу, Kneses Israel, сионистское молодежное движение «Гордония» и другие), одной немецкой организации (Евангелическо-миссионерское общество) и одной российской организации (Союз русских граждан Литвы). Другими делами, запланированными для расследования, были Союз отставных офицеров Литовской армии, герцогиня Бируте Женское общество офицерских семей, Литовский национальный союз, Литовский католический союз и другие организации. В списке лиц, которые должны быть арестованы, все литовские полицейские, судьи, прокуроры, выдающиеся государственные деятели, главы районов, все офицеры 2-го отдела Объединенного штаба армии Литвы, лидеры Национального союза и организации «Молодая Литва», журналисты прессы Национального союза и «Молодой Литвы», члены студенческих корпораций («Нео-Литва», «Lietuva», «Vilnija», «Romuva» и другие), офицеры в отставке и главы Союза предпринимателей, Палаты труда и Профсоюза стрелков были включены. 28 ноября 1940 года Народный комиссар внутренних дел Александрас Гузявичюс, выполняя директиву Народного комиссара внутренних дел СССР Берии от 11 октября 1939 года, приказал зарегистрировать всех антисоветских и «социально чуждых элементов»: начиная с членов Национального союза и последователей Вольдемарас и заканчивая поклонниками языка эсперанто и филателистами (советы с подозрением относились ко всем, у кого были какие-либо контакты за границей) — всего было упомянуто 63 категории людей. Заранее планировалось зарегистрировать 320 000 членов бывших политических партий и организаций: 16 000 членов Национального союза, 80 000-100 000 членов Союза стрелков, 38 000-40 000 членов «Молодой Литвы», 2000 последователей Вольдемараса, и 160 000 членов различных католических организаций.
Списки неблагонадежных лиц пополнили также представители этнических меньшинств — поляки, евреи, русские и украинцы. До 13 января 1941 года НКВД зарегистрировал 17 939 польских военных беженцев, и большинство из них были включены в списки лиц, подлежащих аресту. Советы также планировали арестовать следующих поляков, проживающих в Литве: руководителей OZON (Oböz Zjednoczenta Narodowego — Лагерь национального единства), PPS (Polska Partia Socjalistyczna — Польская социалистическая партия), ND (Narodova Demokracja — Национально-демократическое движение), стрелки, легионеры, лидеры harcers (скаутов) и молодежных организаций, полицейские, тюремные служащие, прокуроры, судьи, военнослужащие, солдаты корпуса охраны государственной границы и другие. Из выделенных евреев, которых планировалось арестовать, были следующие: добровольцы, сражавшиеся за независимость Литвы, все главы сионистских организаций, еврейской организации «Бейтар», организации «Эль-Аль» и Союза еврейских ветеранов войны. От русских: военные офицеры, члены BRP (Братство русской правды — the Brotherhood of Russian Truth), NTSNP (Национальный трудовой союз нового поколения — the National Alliance of Russian Solidarists of the New Generation) и ряда других организаций.
В 1940 году большинство лиц, арестованных в Литве, содержались в местных тюрьмах. 11 сентября в тюрьмах содержалось 4125 человек. Большинство из них были обвинены по статье № 58 уголовного кодекса России — «за контрреволюционные преступления». Число арестованных увеличивалось с каждым месяцем. На 1 апреля 1941 года общее число заключенных составляло 6200 человек (3892 допрошенных и 2308 приговоренных). Сотни людей без каких-либо формальных оснований были обвинены в соответствии со стандартами уголовного кодекса Советской России. Многие заключенные испытали на себе последствия «необходимых действий по допросу» (пыток). Независимо от причин ареста, заключенных допрашивали очень жестоко. Те, чьи руки, пальцы или ребра были сломаны во время допросов, долгое время ждали помощи врача. В тюрьмах Литвы в течение года умерло 48 человек, из которых 27 человек были приговорены к смертной казни, а остальные умерли во время допросов.
В 1940-1941 годах, до великой депортации 14 июня 1941 года, было арестовано 6606 человек (3835 литовцев (58,1%), 1664 поляка (25,2%), 334 еврея (5,1%), 262 русских (4%) и другие), они были обвинены в политических преступлениях. Самые большие группы заключенных были отправлены из Литвы в лагеря ГУЛАГА в апреле-июне 1941 года — 3565 заключенных были перевезены в Советский Союз (1365 заключенных были перевезены туда после начала советско-нацистской войны). Они были заключены в трудовые лагеря в Архангельской области, республиках Коми и Карелия, Норильске, а также в тюрьмы в городах Соль-Илецк, Горький и других местах.
В 1941 году большинство литовцев, находившихся в заключении в трудовых лагерях и тюрьмах Советского Союза, формально все еще оставались допрошенными подозреваемыми. Эти формальности были решены зимой 1941-1942 годов, когда всем заключенным были предъявлены обвинения по разделам статьи № 58 и заочно приговорены к тюремному заключению сроком от 5 до 25 лет, в то время как некоторым из них было назначено самое суровое наказание — расстрел. Полковник Антанас Сидабрас, лейтенант. Полковник. Юозас Лавинскас, капитан. Стасис Громницкас, капитан. Брониус Саликас и другие были застрелены в Норильске. Более 5000 литовцев были приговорены, а 568 граждан Литвы были расстреляны в Сибири. Стремясь замаскировать эту практику, до сентября 1955 года Советы сообщали родственникам лиц, приговоренных к смертной казни, что приговоренные получили «10 лет тюремного заключения без права переписки и их местонахождение неизвестно». Согласно постановлению КГБ СССР от 24 августа 1955 года, родственникам лиц, приговоренных к смертной казни, сообщили, что заключенные «были приговорены к 10 годам лишения свободы и скончались по месту отбывания наказания». Из-за этого решения даты смерти были намеренно сфальсифицированы до начала 1990 года. Тем не менее, не все литовцы были приговорены немедленно. Некоторые из них много лет ждали решения Чрезвычайного заседания НКВД СССР. Бывший президент Литвы Александрас Стульгинскис находился в заключении в трудовом лагере Краслаг с июня 1941 года, но только 27 февраля 1952 года Чрезвычайное заседание МГБ СССР приговорило его к 25 годам тюремного заключения.
