В мае 1941 года 14 офицеров артиллерии (включая начальника артиллерийского корпуса генерал — майора Дж. Винкас Жилис, начальник 179-й артиллерийской дивизии генерал-майор. Йонас Юодикиус и другие) были направлены в Военную академию в Москве на курсы переподготовки. После начала войны между Германией и СССР, в ночь с 28 на 29 июня, 42 офицера из стран Балтии были вызваны на учебный полигон штаба академии и арестованы, обвиненные в антисоветской деятельности и плохом воспитании подчиненных. Артиллеристов отправили в трудовой лагерь Лама в Норильске.
В 1940-1941 годах 414 офицеров были насильственно высланы из Литвы (не считая тех, кто ушел в отставку после потери независимости) — 195 из них погибли. Погибло не менее 220 офицеров, включая 24 офицера, которые были убиты в начале германо-советской войны.
Экономическая аннексия Литвы
Национализация промышленности и других отраслей экономики
«Основы социализма» уже были заложены в Советском Союзе: частная собственность была отменена, и во всех сферах экономики доминировала социалистическая собственность в форме государственной и кооперативной собственности (последняя мало отличалась от государственной). После того, как Литва стала Советской республикой, было немедленно начато строительство «основ социализма», то есть уничтожение частной собственности. Все отрасли экономики были быстро преобразованы в соответствии с советской моделью без какого-либо учета местных условий, исторических традиций или экономической жизнеспособности.
12 июля 1940 года под давлением Деканозова Народное правительство (заседание проходило под председательством Креве-Мицкявичюса) приняло решение перевести золотой запас Литвы, хранящийся за границей, в Государственный банк СССР. Правительства США, Великобритании и Франции, однако, проигнорировали этот указ и заморозили золотые резервы Литвы. Москве удалось присвоить только золото, хранящееся в шведских и швейцарских банках (19 миллионов литов).
22 июля Народный сейм принял декларацию о национализации банков и основных отраслей промышленности. 30 июля при Совете министров была сформирована Комиссия по национализации. В ее состав вошли представители Министерств государственного аудита, финансов и промышленности, и ей было поручено координировать процесс национализации. Во время реализации настоящей декларации Сейма, 26 июля исполняющий обязанности президента Палецкис объявил Закон о национализации банков, согласно которому в течение нескольких недель должны были быть арестованы 46 кредитных учреждений (202, включая филиалы): банки (Экономический, Кредитный, Международный, Центральный еврейский и т.д.), страховые компании, сберегательные кассы, кредитные ассоциации и ломбарды. Общий капитал этих учреждений составил 114 миллионов литов, а стоимость всего движимого и недвижимого имущества составила еще 33,4 миллиона литов. Мелкие национализированные кредитные компании были закрыты, в то время как другие были реорганизованы и включены в кредитную систему СССР. Вообще говоря, литовские кредитные компании потеряли свою независимость и стали филиалами центральных банков СССР.
26 июля был принят Закон о национализации основных отраслей промышленности; в соответствии с этим Законом были национализированы все компании, в которых работало более 20 человек. Министерство торговли, созданное 25 июля и возглавляемое коммунистом Мотиеюсом Сумаускасом, осуществило национализацию промышленности. В каждой компании были созданы комитеты по национализации во главе с комиссарами. Чтобы предотвратить перебои в работе национализированных промышленных компаний, их владельцам и старому административному персоналу было поручено временно выполнять свои обязанности под наблюдением комиссаров до назначения новых директоров. По всей Литве было национализировано более 1000 промышленных предприятий. На них работало около 40 000 рабочих и административного персонала, а общая стоимость компаний составляла более 413 миллионов литов. Вместе с кооперативными предприятиями на их долю приходилось около 70% продукции всего промышленного и ремесленного производства Литвы. Национализация затронула иностранный капитал, вложенный в литовскую промышленность. На начало 1940 года это составляло 35,7 млн. литов.
1 августа было создано Министерство торговли, которое возглавил активист левого популистского крестьянского союза, сторонник кооперативов Марияонас Грегораускас. Указом Президиума Верховного Совета от 27 сентября 1940 года частные торговые компании с годовым оборотом в 150 000 литов были арестованы. В Литве насчитывалось более 1100 компаний такого размера. Национализация затронула также некоторые более мелкие компании. Осенью 1940 года было захвачено 1600 магазинов, складов, ресторанов, столовых и книжных лавок. Более 80% национализированных коммерческих предприятий принадлежали евреям, более 9% — литовцам, а остальные — полякам, немцам или находились в смешанной национальной собственности. Департамент внешней торговли был упразднен.
В конце 1940 года литовская кооперация была советизирована и, по сути, национализирована. На базе «Летукис», кооперативного союза, был создан Союз потребительских кооперативов ЛССР (Lietkoopsąjunga), который захватил три четверти национализированных коммерческих компаний и организовал «социалистическую» торговлю в сельской местности и небольших городах. Государственная торговля действовала в крупных городах. «Pienocentras» и кооперативный союз производителей фруктов, овощей и ягод «Содыба» были переданы в доверительное управление государственному народному комиссариату пищевой промышленности, в то время как кооперативный союз льноводов «Линас», директором которого Москва назначила М. Полотерова, стал подразделением всесоюзной льноперерабатывающей фирмы «Заготлион».
В конце августа Народный комиссариат транспорта СССР взял под свой контроль литовские железные дороги и мастерские по ремонту локомотивов и вагонов. Совет железных дорог республики был создан для надзора за этой областью промышленности, и возглавлял его назначенный Москвой Василий Лохматов. Железные дороги были расширены, то есть приведены в соответствие с советской шириной колеи. В конце августа основные телефонные и телеграфные линии Литвы были подключены к системе связи СССР. 8 октября 1940 года Президиум Верховного Совета Литовской Республики ССР приняла декрет о национализации частных транспортных средств. Этим указом были национализированы шесть малых морских судов, принадлежавших литовско-балтийской компании Lloyd (грузоподъемностью 4600 тонн и стоимостью 2,3 млн. литов), семь речных судов, более крупные баржи, моторные лодки, 320 автобусов и 630 грузовиков. Национализированные морские пароходы и порт Швентойи были переданы Народному комиссариату военно-морского флота СССР, а другие транспортные средства — ведомствам республики, в основном Народному комиссариату коммунального хозяйства.
Указом Президиума Верховного Совета Литовской ССР от 31 октября 1940 года были экспроприированы дома площадью более 220 квадратных метров в крупных городах (Вильнюс, Каунас, Шяуляй и Паневежис) и 170 квадратных метров в других городах. В Литве насчитывалось 5400 таких домов, но общее количество национализированных домов составило 14 000. Это означает, что многие дома меньшего размера, на которые не распространялся Закон о национализации, также были экспроприированы. Более половины жилого фонда, имеющегося в городах и поселках Литвы, было национализировано. Государство стало владельцем кинотеатров, больниц, поликлиник, аптек и 43 гостиниц (из которых 19 были в Вильнюсе и 17 в Каунасе). Общая стоимость этого имущества составила 7 миллионов рублей. Владельцы малых предприятий, которые не были национализированы, были выведены из бизнеса экономическими средствами. Из-за введения высоких налогов и ограничений на наем рабочих и закупку материалов и товаров большинству владельцев не удалось выжить, и они закрыли свой бизнес. В июне 1941 года оставалось всего 3000 торговых компаний (для сравнения, 30 000 в начале 1940 года) и 2200 очень мелких частных операторов (1-3 сотрудника). Большинство городских ремесленников (около 10 000 человек) были вынуждены присоединиться к производственным мастерским, то есть они также были экспроприированы.
