Новые советские республики не имели своих представителей в Верховном Совете СССР. Поэтому 12 января 1941 года были организованы выборы, в результате которых Литовская ССР была представлена в Верховном Совете СССР 10 депутатами (Гедвилас, Гузявичюс, Саломея Нерис, Палецкис, Поздняков, Снечкус и другие), а в Совете национальностей — 25 депутатами (Креве-Мицкявичюс, Мескупас, Прейкшас, Венцлова, Дивизия Генерал Виткаускас и другие).
Ликвидация Литовской армии
11 июля 1940 года маршал Семен Тимошенко, Народный комиссар обороны СССР, подписал приказ о создании Прибалтийского особого военного округа со штаб-квартирой в Риге. Хотя приказ был адресован только советской армии, литовская армия также довольно быстро начала ощущать значимость приказа. 14 августа Политбюро ЦК ВКП(Б) приняло секретное решение «О реорганизации армий Эстонии, Латвии и Литвы». Директива Народного комиссара обороны СССР, изданная 17 августа 1940 года и адресованная Военному совету Прибалтийского особого военного округа, была более подробной: сохранить армии Эстонской ССР, Латвийской ССР и Литовской ССР в течение года, пока они не будут очищены от ненадежных элементов, и каждая армия будет преобразована в территориальные стрелковые корпуса.
Репрессированные генералы литовской армии Винцас Жилис, Казис Скучас, Антанас Густайтис, Юлюс Чапликас, Йонас Юодишюс и Зенонас Герулайтис.
Согласно решению Прибалтийского военного округа от 30 августа 1940 года Литовская народная армия была преобразована в 29-й стрелковый корпус Красной Армии СССР, в составе корпуса осталось 12 000 литовских солдат и офицеров. 1-я пехотная дивизия была переименована в 179-ю стрелковую дивизию, в то время как 2-я пехотная дивизия была переименована в 184-ю стрелковую дивизию. До января 1941 года руководство Красной Армии вынудило уйти в отставку более 500 литовских офицеров, из которых 87 офицеров, служивших в литовской армии на момент начала советской оккупации, были заключены в тюрьму до 14 июня 1941 года.
4 сентября 1940 года был издан приказ о переводе в новые пункты дислокации. Это была уже вторая смена мест дислокации. Первая началась менее чем через неделю после начала оккупации. На этот раз причиной перевода стало отсутствие доверия к литовским войскам, и его целью было отодвинуть их дальше от границы с Германией. После этого изменения большая часть корпуса была дислоцирована в Вильнюсе и его окрестностях, а также в других частях восточной Литвы, также корпус часто размещался на базах, совершенно непригодных для вооруженных сил.
Главная ликвидационная комиссия была создана с целью ликвидации литовской армии. Его важнейшей задачей было не ликвидировать армию, поскольку она уже была по существу ликвидирована и включена в состав Красной Армии, а решить вопрос о передаче имущества бывшей литовской армии. Все подразделения бывшей литовской армии, которые были включены в состав корпуса, получили приказ сдать все свое имущество и мобилизационные резервы. 26 сентября 1940 года решением дивизионного генерала КПК ССР ЛитвыСтасис Раштикис был назначен заместителем председателя Главной ликвидационной комиссии. Москва призвала к скорейшей ликвидации частей и учреждений бывшей литовской армии. 17 октября руководство корпуса получило приказ завершить роспуск бывшей литовской армии. 28 октября были ликвидированы последние части и учреждения Литовской народной армии, которые не вошли в состав 29-го стрелкового корпуса. 6 ноября решением КПК Литовской ССР Главная ликвидационная комиссия была распущена.
Для осуществления контроля и «чистки» бывших военнослужащих литовской армии были созданы политико-репрессивные органы: особые отделы НКВД в корпусах и дивизиях, военные прокуратуры и суды, политические управления и секции, возглавляемые политическими начальниками. Комиссары и политические начальники корпуса должны были сыграть особую роль в перевоспитании войск в духе коммунистической идеологии, поэтому все они были отправлены из Красной Армии. Хотя присланные политические начальники обладали «большим политическим опытом и теоретическими знаниями», они не говорили на литовском языке, не могли разговаривать с солдатами без переводчиков, они понятия не имели о менталитете литовских солдат, и поэтому механически применяемые методы и формы, принятые в Красной Армии, обычно приводили к результатам, отличным от тех, которые мыTожидали. 29 декабря ЛКП [Б] приняла решение немедленно направить в корпус 85 литовских коммунистов и комсомольцев для политической работы с солдатами. Окружные комитеты партии получили задание назначить для этой работы от двух до семи тщательно отобранных коммунистов. 23 февраля 1941 года офицеры и солдаты бывшей литовской армии, продолжившие службу в Красной Армии, были вынуждены принять военную присягу Советского Союза.
Во время формирования корпуса его командирами были назначены литовские офицеры. Хотя комиссары и политические начальники были обязаны тайно контролировать деятельность командиров, однако функции, принадлежащие им и руководителям, были разделены. Командиры официально обладали свободой принятия решений по чисто военным вопросам. Тем не менее, даже в этой области был решен вопрос о недоверии к литовцам, все командиры, начиная с командира роты и командиров различных отделов штабов корпусов и дивизий, получили вновь назначенных заместителей командиров, которые вышли из рядов офицеров Красной Армии СССР. «Это означало, что литовцы находились под двойным контролем, если не упоминать о контроле со стороны специального отдела корпуса. Мало-помалу число офицеров Красной Армии, прибывших из СССР, увеличивалось, потому что они заменяли литовских офицеров, которые были арестованы или вынуждены уволиться из армии. Весной 1941 года вновь прибывшие офицеры Красной Армии уже составляли довольно значительную часть офицерского состава в Литве.
До начала декабря 1940 года особый отдел НКВД, начальником которого был назначен полковник Дж. У Юозаса Барташюнаса, который работал в органах советской безопасности, включая НКВД, в России в 1921-1940 годах, почти все штатные должности были уже заполнены. Его важнейшей задачей был шпионаж за солдатами и регистрация всех заявлений или действий, которые могли свидетельствовать об их недовольстве новым режимом и службой в Красной Армии, а также наблюдение за тем, организуются ли в корпусе какие-либо подпольные действия, и поиск «предателей отечества». Политические начальники корпуса передали часть информации в особый отдел НКВД, но для отдела этого было недостаточно. С самого начала своего формирования специальный отдел начал организовывать свою обширную сеть тайных осведомителей, и уже к 10 ноября 1940 года в отделе насчитывалось 387 агентов-информаторов. Секретная служба, комиссары и политические начальники составляли списки подозрительных солдат, которые назывались «списками загрязнения частей». Уже в начале января 1941 года почти 2600 офицеров, командиров низшего звена и солдат числились в списках корпуса лиц, представляющих опасность для безопасности.
В мае 1941 года была начата подготовка к ликвидации 29-го стрелкового корпуса. 20-22 мая 1941 года литовские части были переведены в летние лагеря: штаб корпуса и подчиненные ему части, 179-я стрелковая дивизия — на полигон в Пабраде, а 184-я стрелковая дивизия — на полигон в Варене. Они были переведены со своим оружием, но без боеприпасов. Другие советские подразделения были размещены вокруг литовских частей.
10-12 июня, накануне массовых арестов, почти все литовские командиры, заместители командиров и начальники штабов дивизий и полков были заменены русскими. Литовские командиры были отправлены в Россию на «учебные курсы», в то время как литовские подразделения были дополнены солдатами из других частей Красной Армии.
Во время массовых арестов 14-18 июня 1941 года Советы арестовали 236 офицеров корпуса. 19 июня их высадили на московской железнодорожной станции Бабинино и согнали в лагерь военнопленных в Юхновке. Туда также были доставлены около 500 латышских и около 200 эстонских офицеров. 28 июня прибалтов согнали обратно на железнодорожную станцию Бабинино, а на следующий день затолкали в вагоны товарного поезда, отправили в Сибирь, а 9 августа высадили в стране вечной мерзлоты в Дудинке на полуострове Таймыр. Через несколько дней их отправили в рабочий поселок, который только в 1953 году получил название города Норильск. Без каких-либо допросов и судов их поместили там в концентрационный лагерь. Не все арестованные офицеры были отправлены в Норильск. Семнадцать арестованных офицеров были доставлены в тюрьмы Горького и Москвы. В основном это были офицеры, арестованные за участие в антисоветском сопротивлении (члены Вильнюсского объединенного штаба Фронта активистов Литвы) и подозреваемые в антисоветской деятельности.
