В то время литовские посланники под руководством Креве-Мицкявичюса пытались убедить правительства аккредитованных стран в том, что новое правительство в Каунасе было законным, сформированным в соответствии с Конституцией и что Литва не была оккупирована, а Советы «не посягали ни на независимость Литвы, ни на ее внутреннюю структуру». Иностранные дипломаты не были отозваны из Каунаса; более того, 21 июня они нанесли визит в Креве-Мицкявичюс, признав таким образом Народное правительство.
Ненависть к правительству Сметоны rбыла настолько сильной, и люди были настолько сыты режимом по горло, что радость от его падения для многих временно затмила угрозу оккупации. В течение короткого периода времени Советам удавалось поддерживать иллюзию краха только режима Сметоны, а не краха государства. Москве не нужно было вводить оккупационный режим, потому что Народное правительство, которое контролировалось группой Деканозова, выполняло функции оккупационной администрации.
16 июня в Литве был объявлен период национальной обороны, но начиная с 22 года Палецкис издал закон, который восстановил статус усиленной государственной защиты, который предоставил широкие полномочия министру внутренних дел. Это было удобно для коммунистов, которые начали приходить к власти: наиболее важные решения принимались не коллегиальным органом и не Народным правительством, а двумя лицами, которые безоговорочно выполняли приказы штаба Деканозова — исполняющим обязанности президента Палецкисом и министром внутренних дел Гедвиласом. 18-20 июня Президент удовлетворил ходатайства о помиловании и освободил из тюрем коммунистов и других лиц, осужденных за коммунистическую деятельность. Указами министра внутренних дел от 19 июня были закрыты Литовский националистический союз и Литовский национальный союз молодежи «Jaunoji Lietuva». 25 июня была легализована Коммунистическая партия Литвы, а несколько дней спустя — Ленинский коммунистический союз молодежи (комсомол) Литвы. Там не было ни слова о легализации политических партий, запрещенных в 1936 году Сметоной. Одним из первых указов Народного правительства было прекращение действия конкордата с Ватиканом. Были предприняты важные шаги по разрушению организационной структуры Литовской Республики. С 1 июля указом Палецкиса был распущен. Тем временем министр внутренних дел по «соображениям национальной безопасности» запретил с 1 июля все некоммунистические организации (социальные, культурные, религиозные) и даже студенческие корпорации. Чтобы ввести контроль над СМИ со стороны оккупационного правительства, 18 июня правительство ужесточило контроль за информацией и прессой. Указом министра внутренних дел от 27 июня с 7 июля были запрещены все некоммунистические газеты и журналы, за исключением официального «Летувос айдас» и временно, до начала августа, исключение было сделано для двух популярных национальных ежедневных изданий «Lietuvos žinios» and «XX amžius». «Lietuvos aidas», редактируемая «беспартийным коммунистом» Йонасом Шимкусом (12 июля переименована в «Darbo Lietuva», а в сентябре в «Tarybų Lietuva»), стала полуофициальной газетой Народного правительства.
С целью создания структур, аналогичных Советскому Союзу, 26 июня местные комитеты ЛКП приступили к формированию народной милиции. 11 июля деятельность Союза стрелков была приостановлена, а начиная с 13 июля организация была разоружена и ликвидирована. Хотя приказ был выполнен, некоторым стрелкам удалось спрятать свое оружие. С конца июня начались увольнения высших военных чинов, губернаторов районов, мэров, начальников полиции, судей и глав волостей (сельских округов). К середине июля было уволено около 350 чиновников высшего и среднего звена. На их должности были назначены коммунисты, комсомольцы или беспартийные, которые им симпатизировали.
Тем временем Совет министров, возглавляемый Креве-Мицкявичюсом, обсуждал второстепенные или даже третьестепенные вопросы и не смог воспрепятствовать разрушению литовского государства, организованному сотрудниками Деканозова. В начале июля коммунисты имели солидное большинство в правительстве, и колеблющиеся министры встали на их сторону. Коммунистическая партия, управляемая Деканозовым и Поздняковым, стала единственной властью, а Совет Министров был послушным исполнителем воли партии.
Нейтрализация Литовской армии
Тот факт, что литовская армия так и не получила никакого приказа оказывать сопротивление вторгшейся Красной Армии, был большой победой Кремля. До включения Литвы в состав СССР самой важной целью Москвы было нейтрализовать литовскую армию. Последние представляли собой организованную военную силу, воспитанную на высоко ценимых идеях защиты независимости страны и патриотизма. Для Москвы было слишком рискованно немедленно распускать литовскую армию, потому что это оставило бы многих людей, потенциально опасных для Советов, вне контроля советского режима: несколько тысяч офицеров, унтер-офицеров и государственных служащих (многие из которых были офицерами и сержантами в отставке), занятых в армии. Более того, было неизвестно, сколько оружия осталось бы у них на руках. У Москвы не было надежных литовских специалистов, которые могли бы заменить командующих литовской армией, как это было в случае с Департаментом государственной безопасности Литвы. Массовые аресты офицеров также были неприемлемы, поскольку это могло спровоцировать сопротивление армии. По-видимому, именно поэтому Москва решила реформировать литовскую армию постепенно. Реформа началась с приказа некоторым потенциально опасным офицерам, особенно тем, кто имеет более высокие звания, уволиться из вооруженных сил, в то время как оставшиеся офицеры были переведены на другие должности.
Уже 19 июня началась нейтрализация армии с отставкой полковника Дж. Пранас Саладжиус с поста командующего Союзом стрелков Литвы, полковника. Антанас Гаусас с должности командира девятого пехотного полка, лейтенант. Полковник. Петрас Кирлис освобожден от должности начальника Второго отдела Управления разведки и контрразведки объединенного штаба сухопутных войск. Начиная с 25 июня увольнения в запас и переводы на другие должности стали массовыми. Это началось с высших командиров, но вскоре распространилось на нижестоящие звания. Перед началом ликвидации литовской армии 188 офицеров были вынуждены уйти в отставку, а 26 из них по требованию Владимира Деканозова и Николая Позднякова были арестованы. В конце июня и в июле почти все лица, занимавшие должности командиров и начальников штабов дивизий, полков, корпусов и батальонов, были вынуждены уйти в отставку или переведены на другие должности.
3 июля 1940 года был принят закон о реорганизации литовской армии. В нем совершенно очевидно подчеркивалось, что литовская армия реорганизована по примеру Красной Армии и носит название «Литовская народная армия». Были введены должности политических руководителей, а также отдел пропаганды в армии, в то время как солдатам разрешалось участвовать в политической деятельности в свободное время. Должности политических руководителей постепенно вводились с 4 июля. За короткий промежуток времени было назначено 306 политических начальников, которые были обязаны контролировать действия командиров и внедрять коммунистические идеи в армию. Таким образом, Коммунистическая партия взяла на себя политический контроль над армией.
Ген. Феликсас Балтушис-Жемайтис. Каунас, 22 июня 1940 года.
Советские военные стремились занять командные должности в литовской армии. По этой причине Феликсас Балтушис Жемайтис, занимавший высокопоставленный пост в Красной Армии, был назначен 12 июля на должность командующего Литовской народной армией (он получил звание бригадного генерала), в то время как днем ранее заместитель начальника политического отдела Орловского пехотного училища, проживающий в России с 1915 года, Йонас Мацияускас был назначен политическим руководителем Народной армии. Дивизионный генерал Винкас Виткаускас остался на посту министра обороны, но его полномочия были строго ограничены. Приказ армии действителен только в том случае, если он подписан министром обороны, командующим вооруженными силами и политическим руководителем армии. Все основные вопросы, связанные с политикой, реорганизацией армии, назначениями, увольнениями и переводами офицеров, решались министром обороны и командующим сухопутными войсками совместно с политическим руководителем сухопутных войск. Два из них были отправлены из Москвы, что, по сути, означало, что советские солдаты взяли под контроль литовскую армию.
