В 1950-х годах впервые в Советской Литве были официально напечатаны молитвенники и католические календари. Четыре тиража молитвенников (общий тираж составил 75 000 экземпляров) должны были хотя бы частично удовлетворить высокий спрос на них. С другой стороны, советский режим игнорировал еще большую потребность католиков в другой катехизической и духовной религиозной литературе. Хотя в 1956 году бюро ЦК КПК разрешило издавать журнал для священников тиражом 2000 экземпляров, было четко понятно, что журнал будет использоваться в основном в пропагандистских целях и будет подвергаться строгой цензуре. Видя это, епископ Палтарокас отказался делегировать представителей от епархии Паневежиса и Вильнюсской архиепархии в состав редакции журнала, и поэтому журнал не издавался.
Нестабильный баланс сил на верхушке советского режима и противоречивые инструкции по деятельности практически парализовали волю государственных чиновников, ответственных за антирелигиозную политику, поэтому контроль над религиозной жизнью значительно ослаб. Администраторы епархий стали чаще посещать приходы; священники смелее проводили катехизацию детей; увеличилось число прихожан. В 1953-1958 годах в Литве не было закрыто ни одной церкви, и верующие имели уникальную возможность в условиях советского режима строить новые или восстанавливать церкви, разрушенные во время войны. 30 марта 1957 года Совет Министров ЛССР принял решение разрешить восстановление небольшой церкви в Круопяе, а 27 апреля 1957 года разрешил завершить начатое до войны строительство кирпичной церкви в Швенченеляе. В 1956 году советские власти также решили не разрушать, а перенести в другие места деревянные церкви Румшишкеса и Кампишкяй, когда после строительства Каунасской гидроэлектростанции вода в реке Нямунас выйдет из берегов.
Самые большие надежды литовских католиков были связаны со строительством новой церкви в Клайпеде. Большая церковь в стиле современной архитектуры была построена в рекордно короткие сроки: 30 июня 1957 года епископ Мажелис освятил краеугольный камень, и уже в августе 1960 года ожидалось официальное освящение новой церкви. Новые церкви могли бы строиться еще интенсивнее, если бы руководители ЛССР и в первую очередь Снечкус не стал бы возражать против планов CARC, согласно которым в Литве и Латвии предусматривалось построить 10 новых и восстановить 15 католических церквей, разрушенных во время войны. С другой стороны, с 1956 по 1961 год для ремонта практически не требовалось государственных разрешений, строительные материалы можно было легко получить из государственных фондов по заявкам, поэтому в Литве началось своеобразное движение за восстановление церквей.
Священнослужители, закаленные в советских трудовых лагерях, придали дополнительный импульс жизнедеятельности Церкви. В 1953-1957 годах 238 священников вернулись из мест заключения в Литву. Некоторые из них вернулись сломленными физически и морально, но было много священников, которые не собирались подчиняться ограничениям, налагаемым режимом. Недаром представитель CARC пытался добиться, чтобы их не распределяли в более крупные приходы, в то время как КГБ усердно наблюдал за их деятельностью. Особую озабоченность местных властей вызвал епископ Т. Матулионис, вернувшийся в Литву в мае 1956 года, а осенью 1955 года рукоположенный в епископа Юлионас Степонавичюс.
В 1950-х годах восстановились лютеране, которые были полностью подавлены в годы правления Сталина. В 1956-1960 годах они выпустили календарь. В 1957 году они получили разрешение на издание сборника гимнов, было зарегистрировано несколько новых лютеранских приходов. В 1955 году Синод Литовской лютеранской церкви (LLC) избрал новую консисторию и утвердил Церковный устав, который уже действовал в Латвии и Эстонии. Устав был подготовлен с учетом всех ограничений, налагаемых на религиозную жизнь в Советском Союзе. Половина зарегистрированных тогда лютеранских приходов (в основном в Клайпедский регион), протестуя против слишком активного сотрудничества Консистории с советской властью, отказался признавать решения Синода. С середины 1960-х годов лидерам ООО, а также некоторым иерархам Литовской католической церкви, лояльным Советам, было разрешено восстановить отношения с внешним миром, но такие контакты с самого начала полностью контролировались КГБ и им манипулировали.
После относительно спокойных 1950-х годов верующие Советского Союза в начале 1960-х годов пережили еще одну попытку правительства создать полностью атеистическое общество. В июне 1957 года Алексей Пузин, имевший большой опыт идеологической работы, был избран председателем CARC вместо почти за год до этого скончавшегося Полянского. На встрече представителей CARC со всего Советского Союза в ноябре 1958 года Пузин раскритиковал предыдущее руководство за, по его мнению, слишком большие уступки духовенству и заявил, что в будущем придется ограничить их деятельность: уменьшить количество молитвенных домов и священнослужителей. Весной 1957 года Б. Пушинис был уволен с должности представителя CARC в ЛССР. В 1955-1956 годах, ориентируясь на новую конъюнктуру и пытаясь угодить своим московским начальникам, он перестарался и стал слишком либеральным по отношению к Церкви, по мнению Руководство ЛССР. Юстас Ругиенис, опытный сотрудник советских репрессивных служб, обладавший более стабильным и твердым характером, был назначен новым представителем CARC.
В 1957-1958 годах 10 священников были осуждены предположительно за преступления политического характера, а еще трое священников были возвращены в места лишения свободы на том основании, что к ним была ошибочно применена амнистия. Было очевидно, что эта волна репрессий была направлена против наиболее активных священников. В 1958 году советское правительство приняло более строгие меры также против непокорных иерархов Церкви. В октябре 1958 года епископ Матулионис, вызывавший наибольшее беспокойство, был насильно перевезен в Шедуву. В 1959 году его будущий преемник епископ Винцентас Сладкявичюс был вынужден переехать в Немунелио Радвилишкис на границе с Латвией. В 1961 году епископ Степонавичюс был переведен в Жагаре. Однако в Литве, в отличие от других регионов Советского Союза, в 1958-1964 годах не было массовых репрессий против духовенства. В 1959-1964 годах восемь литовских католических священников получили тюремные сроки: трое из них были осуждены за сфабрикованные уголовные преступления; четыре священника были осуждены за катехизацию детей; один священник был осужден за незаконный сбор пожертвований. Во время антирелигиозной кампании летом 1959 года, согласно указанию Ругиенис только 60 студентов были приняты на первый курс Каунасской духовной семинарии. Профессорский состав семинарии был радикально обновлен: ректор семинарии Казимерас Житкус, четыре преподавателя (Миколас Гилис, Владисловас Микелевичюс, Казимерас Статкявичюс и Петрас Жукелис) и преподобный прокурор Юозапас Андриконис были вынуждены уйти в отставку. Несколько ранее епископ Сладкявичюс был освобожден.
Восстановив свою прежнюю бдительность, советское правительство не разрешило верующим пользоваться новой церковью в Клайпеде, построенной на их деньги, было решено использовать здание для культурных нужд советского народа. Правительство ЛССР значительно ужесточило порядок выдачи разрешений на ремонт церквей и почти полностью прекратило выделение строительных материалов из государственных средств. В 1958-1963 годах в Литве были закрыты 15 католических церквей и молитвенных домов других конфессий (кроме Русской православной церкви). Так называемые священные места: Холм Крестов и Голгоф в Вильнюсе и Вепряй (регион Укмерге ) были разрушены в Литве гораздо более агрессивно.
С 1960 года лютеранам было запрещено продолжать выпускать свои календари. Два пастора Юргис Гавенис и Юргис Спрогис были осуждены за подготовку молодежи к конфирмации, несколько лютеранских церквей были закрыты. Во время этой кампании больше всего пострадали небольшие протестантские общины: регистрация всех адвентистских приходов была аннулирована, и осталось только два баптистских прихода. Преследования Свидетелей Иеговы (в 1962-1963 годах были осуждены 12 человек, принадлежащих к этой секте) и пятидесятнической церкви (в 1960 году один из ее самых активных проповедников, ДжанасПинкон, был осужден во второй раз) были возобновлены. Русские православные верующие больше не чувствовали себя в такой безопасности. В 1960 году отдельный православный монастырь был закрыт. Монахини были переведены в монастырь Святого Духа, которому также удалось пережить этот шторм, хотя руководство республики много раз призывало закрыть его. В 1961-1963 годах были закрыты восемь русских православных церквей, в том числе три в Вильнюсе.
