В течение многих лет политический авторитет членов организаций КПСС в республиках не вызывал у Кремля каких-либо серьезных проблем. Однако в конце 1950-х годов было замечено, что, приобретя большую экономическую независимость, коммунисты стран Балтии, которых в России называют «националами», все чаще стали относиться к территориям, переданным в их управление Москвой, как к «своим», покровительствовали местным кадрам и назначали их на руководящие должности, игнорировали русскоязычных людей, а в общественной жизни начали развивать местные языки, которые начали затмевать русский язык, например, в сфере высшего образования. 3 марта 1959 года партийное руководство Литвы все же попыталось изложить причины увольнения или перевода русскоязычных сотрудников на более низкие должности, заявив, что «[...] приехав в Литву, некоторые сотрудники игнорировали литовский язык, обычаи и культуру и выражали недовольство местным персоналом», однако Москва не прислушалась к литовскому руководству. «Регионалистские» и «националистические» тенденции в прибалтийских республиках могут стать прецедентом для других республик СССР.
На пленуме ЦК КПСС в Москве 28 мая 1959 года ЦК ЛКП подвергся критике за «чрезмерное» выдвижение литовцев на руководящие должности. Снечкус отреагировал быстро и на пленуме ЦК ЛКП 14-17 июля признал, что предыдущий политический курс был ошибочным, подчеркнул, что «бюро ЦК вовремя не заметило (не без влияния националистических элементов) абсолютного приоритета языка, когда знание языка стало важнейшим качеством для сотрудника [...]», и за их национальную ориентацию раскритиковал руководителей отделов (Юозаса Булавас, Александрас Дробнис, Людас Карецкас, Йонас Лауринайтис, Витаутас Вазалинскас и другие), которые «способствовали разжиганию антироссийских настроений». Снечкус заявил, что местный персонал — это не только литовцы, но и все лица, проживающие в Литве. Было неправильно, что наибольшее внимание уделялось обучению литовского персонала и повышению его квалификации. Снечкус обвинил Министерство образования и руководителей высших учебных заведений и научных учреждений в патриотических чувствах интеллигенции и молодежи. По его словам, в высших учебных заведениях было слишком мало русских групп, а бывший ректор Вильнюсского университета Юозас Булавас хотел вообще исключить русскоязычных из университета. Проф. Йонас Дагис из Вильнюсского университета, ректор Сельскохозяйственной академии Йонас Булавас, доцент Педагогического института Марселинас Рочка и другие сотрудники университета были обвинены в «национализме». При поддержке Снечкуса, русскоязычные участники пленума атаковали Šumauskas. Второй секретарь ЦК ЛКП Борис Шарков, первый секретарь Шальчининкайского комитета ЛКП А. Романов и другие выразили открытое недовольство литовскими лидерами.
Пленум принял предложение Снечкуса и отменил постановление ЦК ЛКП, принятое в июне 1953 года относительно продвижения сотрудников литовской национальности и более широкого использования литовского языка. Москве и всей администрации ЛССР было ясно, что истоки «национализма» в Литве были результатом политики Берии 1953 года. Русскоязычные участники пленума с энтузиазмом поддержали это решение. Снечкус был недоволен этим и спросил их, почему они выделяются среди других участников пленума.
Сразу после пленума в Литве начался «смотр» кадров; в 1959 году заместитель директора по науке Вильнюсского педагогического института Йонас Лаужикас, деканы Феликсас Мажулис и Витаутас Кулакаускас, преподаватели Юозас Ясинявичюс, Марселинас Рочка и Зенонас Славюнас были уволены как «политически неблагонадежные». Бывший ректор Вильнюсского университета Булавас был исключен из Коммунистической партии. До 1 ноября 1959 года были заменены 42 секретаря райкомов партии и 13 председателей исполкомов. Всего на руководящие должности были назначены 78 новых сотрудников.
В высшем эшелоне партийной номенклатуры Литвы произошли изменения, но Снечкус благодаря своей способности адаптироваться к новым политическим условиям и выполнять требования Москвы избежал этой участи. Во многих местах молодые люди были назначены на многие более высокие должности. Многие были выпускниками Вильнюсской и Ленинградской высших партийных школ. Это позволило стабилизировать общественное настроение и укрепить политический режим в Литве, хотя количество русскоговорящих сотрудников на многих должностях было значительно сокращено. Число литовцев на руководящих должностях как в партийных, так и в государственных организациях продолжало увеличиваться. В 1959 году литовцы составляли 77% в Совете министров ЛССР, а в 1964 году этот показатель составлял 81%; в 1959 году литовцев было 67.,,7% аппарата ЦК ЛКП, а в 1970 году — 76,5%. В 1959 году литовцы составляли 92,6% председателей и заместителей председателей исполнительных комитетов, а в 1960 году — 94%. В 1970 году номенклатура ЦК ЛКП на 81,1% состояла из литовцев. Но они не менее последовательно проводили политику русификации Литвы.
Пленум ЦК ЛКП, состоявшийся в июле 1959 года, оказал значительное влияние на развитие оккупированной Литвы. Администрации ЛССР было недвусмысленно заявлено, что национальные вопросы больше не должны рассматриваться, в противном случае они могут попрощаться со своей работой на руководящих должностях. Они должны были работать таким образом, чтобы ни у Москвы, ни у местного русскоязычного населения не возникало проблем. Действительно, национальные отношения больше официально не обсуждались. Что касается Москвы, то проблема, казалось, была решена. Литовские коммунисты были настолько запуганы, что им потребовалось целых 30 лет, чтобы снова поднять вопрос о нации под давлением общества в 1989-1990 годах.
В отличие от Литвы, лидерам Латвии не удалось сохранить свои высшие государственные посты. 9 июня 1959 года первый секретарь ЦК Коммунистической партии Латвии Янис Калнбчржиньш, председатель Совета министров Вилис Ляцис и его заместитель Эдуардс Берклавс, заместитель председателя Совета Министров, глава профсоюзов Индрикс Пинксис и другие были уволены за «националистические тенденции». Главой правительства Латвии стал русский Янис Пейве. Берклавса и его сторонников обвинили в «национальных ограничениях» и «политике изоляции», поскольку они предлагали развивать отрасли, для которых у Латвии было собственное сырье и рабочая сила, и утверждали, что продукция, произведенная в Латвии, должна в первую очередь удовлетворять потребности местного населения и только потом направляться в общий фонд СССР. Арвиды Пейсе, который был чрезвычайно лоялен Москве, стал первым секретарем Коммунистической партии Латвии (в 1966 году за заслуги в русификации Латвии он стал членом Политического бюро (Политбюро) ЦК КПСС. В то время он был единственным человеком из стран Балтии, занявшим столь высокий пост. Вторым человеком, ставшим членом Политбюро, также был признанный латвийский коммунист Борис Пуго. В 1991 году, когда в Москве провалился советский государственный переворот, он покончил жизнь самоубийством). Латвийских коммунистов обвинили в «регионализме», и руководство СССР заменило их с русифицированными или фанатичными коммунистами-латышами, которые начали способствовать иммиграции русских в Латвию и отдавали приоритет русскому языку. Русифицированная Коммунистическая партия Латвии (две трети членов партии были русскоязычными) создала условия для быстрой русификации. В первую очередь это было достигнуто за счет системы образования и политики колонизации (расселения). Количество уроков русского языка и смешанных (латышско-русских) школ было увеличено. С 1955 по 1959 год в Латвию ежегодно иммигрировало 7900 человек, а с 1960 по 1964 год — 15 600 человек (в основном русскоговорящие). Колонизация Латвии из стран Балтии была самой быстрой. В 1945 году в Латвии было 83% латышей, а в 1980 году — 53,5%. Латвия, как и Эстония, была весьма привлекательна для мигрантов из-за относительно более высокого уровня жизни и более развитой промышленности.
