Завоевание Ирана и Кавказа. Вскоре Амир Темур двинулся на соседние страны и народы и поставил перед собой цель покорить их и основать великое централизованное царство. В этот период общественно-политическая обстановка в Золотой Орде, Хорасане и Иране складывалась для него очень благоприятно. Амир Тимур начал свой военный поход из Хорасана, в 1381 году он захватил Герат. Города Сархс, Джам, Кавсия сдались без боя. Хорасан, особенно его столица Герат, имел стратегическое значение и служил мостом в Иран, Ирак, Сирию и другие страны. В 1381–1384 годах Амир Темур оккупировал большую часть Ирана. Сначала (1381 г.) были покорены Калот, Туршиз и Сабзавор, затем (1383 г.) крепости Сейстана Зирех, Зова, Фарах и Бюст, а в 1384 г. были покорены города Амуль, Сори, Султания и Тебриз Астробадской области и Азербайджана.

Три большие военные походы Тимура. Амир Тимур трижды вторгался в Иран, Азербайджан, Ирак и Шам (Сирия). Эти кампании известны в истории как «трехлетняя», «пятилетняя» и «семилетняя» войны.

Трехлетний военный поход. Амир Тимур был вынужден трижды поднимать войска против Тохтамыша, чтобы остановить давление с северо-запада, т. е. со стороны Золотой Орды. В 1389 году в Аччикском районе Дизака (Джизак), 18 июня 1391 года (в долине реки Кундузча (Кондурча), расположенной между городами нынешними Самарой и Чистополем), и, наконец, в 1395 г. (28 февраля) на Северном Кавказе. Войску Тохтамыша был нанесен сокрушительный удар у Терека (Битва на Тереке). В результате военных походов Амира Тимура были разграблены районы Нижнего Идила (Поволжья), такие города, как Сарай Берка, Сарайчик и Хожитархан (Астрахань). Амир Темур преследовал Тохтамыша и достиг Рязанскую область и занял город Елец. Шарафуддин Али Язди так описывает завоевание Москвы Амиром Темуром: «Амир тЕмур, завоеватель, отвоевал Москву из городов России, подчинил регион (город и его окрестности) и местных правителей. И получил неисчислимое добро…" ("Зафарнама", с. 179). Азакские (Азовские), Кубанские и Черкасские земли также сильно пострадали в этой войне. Интересно, что Амир Темур позвал сына Урусхана Куйрычака Оглана и подарил ему бывший улус Джучи, который он завоевал. По мнению Российских историков Б. Д. Грекова и А. Ю. Якубовского, победа Амира Темура над Тохтамышем имела огромное значение не только для Средней Азии, но и для всей Восточной Европы, а также для объединения разрозненных русских княжеств. И так, в результате трехлетних (1386–1388 гг.) военных походов были оккупированы земли южного Азербайджана, северной части Ирака, Грузии и озера Ван.

Затем Амир Темур обратил все свое внимание на завоевание земель Ирана, Ирака, Сирии, Малой Азии и Индии. В ходе пятилетней войны (1392–96) он оккупировал Западный Иран, иракский Аджам и Кавказ, в результате чего пришел конец правлению династий Музаффари и Джалоири.

Вторжение Амира Темура в Индию (май 1398 – март 1399) длилось почти 11 месяцев. Амир Тимур вернулся из Индии с большой добычей, в том числе 120 боевыми слонами. Часть добычи была роздана войску, а остальное потрачено на постройки в городах Самарканде и Кеше.

В 1399–1404 годах он завоевал крупные города Сирии, такие как Алеппо (Алеппо), Хумс, Баальбек (Баальбак), Димишк (Дамаск) и иракскую арабскую землю Убулистон (древная Каппадокия), Багдад, а также большую часть Турции. В битве при Анкаре Амир Темур победил одного из величайших полководцев мира Баязида Йылдырыма. Турецкий султан попал в плен. Вместе с ним в плен попали его жена, сербская принцесса Оливера, и сыновья Муса и Иса Чалабии. Затем Амир Темур занял Анатолийский полуостров, завоевал город Измир на восточном побережье Средиземного моря и покончил с последним оплотом крестоносцев на Ближнем Востоке. Затем ему сдались правители генуэзских владений на эгейских островах Хиос и Лесбос, покорился и Египет. Амир Темур захватил города Анкару, Никею, Бурсу и Измир и получил большое богатство от налогов, собранных Византией и всем христианским миром Баязиду. Только золото и драгоценности, вывезенные из города Бурсы, были бременем огромного каравана. После того, как пленного Баязида доставили в лагерь, Амир Темур оказал ему уважение и почет. После смерти Баязида (9 марта 1403 г.) он заботился о его преемниках и оказывал им безмерные милости. Например, он назначил старшего сына Баязида Сулеймана Чалаби губернатором турецких провинций в Европе. Его столицей был назначен город Эдирне (Адрианополь). Северо-западная часть Анатолии была отдана Исе Чалаби в качестве провинции, а город Бурса стал ее столицей. Управление центральной частью турок-османов было возложено на Мусу Чалаби.

Амир Тимур не собирался полностью покорять турок-османов, поскольку прекрасно знал об агрессивных намерениях европейских стран по отношению к странам Ближнего Востока. Вот почему Амир Тимур спас государство турок-османов и протянул руку милосердия преемникам Баязида. Тем не менее, король Франции Карл VI (1380–1422) и король Англии Генрих IV (1399–1407) поздравили Амира Тимура с этой победой над Баязидом и направили ему особое письмо. Потому что Амир Тимур напал на турок-османов, которые хотели распространить ислам в Европе, и стал спасителем христиан в Европе.

После того, как Амир Тимур вернулся в Самарканд из Малой Азии, 27 ноября 1404 года он покинул Самарканд с 200-тысячным войском для похода в Китай. Однако смерть Амира Темура в Утраре (18 февраля 1405 г.) предотвратила поход на Китай. Известно, что Амир Темур умер в 1405 году от сильной простуды. Однако есть и другие причины, ускорившие смерть Амира Темура. По сообщению Ибн Арабшаха (написано в 1436 г.), в результате сильной простуды «Тимур заболел ибридой (болезнью, ослабляющей организм от холода), и врачи приготовили ему отведать хамр араг т. е. водка, в котором содержалось согревающее вещества, ароматы и ягоды. По словам историка Хондамира, водка приготовленная врачами как лекарство ускорила смерть Амира Темура. Хондамир пишет в своем произведении «Хабиб ус-сияр»: он велел принести ему напиток, хотя напиток был похож на воду, но по качеству был как огонь. Его Высочество Сахибкирон два дня и две ночи пил этот напиток, и совсем не ел. Вот почему произошли изменения в его организме. Врачи сочли это изменение признаком зависимости. Ему снова дали рюмку-другую, температура его немного снизилась, но, кажется, напиток подействовал на его тело, и температура снова поднялась. Здоровье Темура ухудшилось. В то время этот напиток использовался только в медицине, и его опьяняющая функция не была освоена. Историк того времени Хафиз Абру также пишет, что болезнь Темура обострялась и водка употреблялась в больших количествах.

Амир Темур умирает в феврале 1405 года в городе Утрор. Тело Тимура было привезено в Самарканд и захоронено в мавзолее рядом с ханака и медресе его внука Мухаммада Султана. Прежде всего, выше мы упоминали, что Тимур завещал похоронить себя в родном Шахрисабзе (Кеше). По словам Ибн Арабшаха, Тимур родился в местности под названием Ходжа Ильгор на окраине Шахрисабза, а по словам Шарафуддина Али Язди, здесь были похоронены отец Темура Тарагай Бахадур, дед, дядя, некоторые его дети и родственники. Но в своем завещании Амир Темур потом приказал похоронить его в Самарканде, у ног своего наставника Сайеда Барака.

Шарафеддин Али Язди пишет: «Поскольку в последние минуты своей жизни Сахибкиран Тимур завещал себя похоронить у ног своего наставника Мир.

Сайеда Барака, через некоторое время привезли тело Сайеда Бараки из города Андхуд в Афганистане и похоронили в мавзолее Мухаммада Султана. По своему завещанию Амир Тимур лежал у ног своего духовного наставника. Амирзада Мухаммад Султан также был помещен под этот купол, и они построили «мазжу» (гробницу) рядом с духовным наставником. Поэтому понятно, что именно в это время началось первое формирование ханака под мавзолей и что тела Темура и его внука были перезахоронены в другом месте мавзолея.