Лефорт с полной ответственностью подошел к новому назначению. Получив официальное разрешение у государя, он занял свободный участок на левом берегу Яузы для возведения строевого плаца и 500 домов для своих солдат. Практичность идеи женевца заключалась в том, что здесь военнослужащие проходили обучение военному искусству вблизи постоянного места жительства, а не разъезжались после занятий в разные концы Москвы. Поселение получило название Лефортовской слободы, позднее на этом месте образовалась Лефортовская городская часть. В настоящее время территория, сохранившая историческое имя своего основателя, называется Лефортово.

Осенью 1694 года Петр назначил большие военные учения, фигурирующие в исторических хрониках, как Кожуховский поход (в честь деревни Кожухово, расположенной недалеко от столицы). Предстоящие маневры должны были имитировать осаду укрепленного сооружения. Для этих целей по проекту генерала Гордона близ Кожухово построили крепость. Гарнизон цитадели состоял из 20 тысяч военнослужащих во главе с приверженцем старой школы боярином Иваном Васильевичем Бутурлиным. Командование другим 20-тысячным воинским подразделением поручено князю Ромодановскому, использовавшему европейскую тактику ведения боя. Князь со своим войском должен был захватить крепость, применяя передовые разработки и технологии западных стратегов. Задача Бутурлина заключалась в том, чтобы всеми силами держать оборону и не позволить вымышленному противнику прорваться за крепостные стены.

4 октября 1694 года начался штурм крепости. Волна за волной войска Ромодановского атаковали крепостные стены и захлебывались в пылу сражения, противник яростно сопротивлялся. В конечном итоге ни одна из предпринятых попыток взять крепость с наскока не увенчалась успехом. Лефорт, выступавший на стороне осаждавших, был в отчаянии. Перестроив остатки своего полка, он сам повел солдат в атаку.

Находясь во главе своего войска, он принял первый удар на себя. Один из горшков с горючей смесью угодил ему в правое плечо, опалив лицо и шею. Обугленный парик прилип к голове, а кожа клочьями свисала в местах поражения огнем. Невзирая на сильную боль, женевец не выпал из строя, продолжая вести войска в наступление. Не выдержав мощного натиска, пал первый крепостной равелин. Лефорт лично водрузил на башне полковое знамя. Вслед за первым был взят второй, третий и, наконец, последний укрепленный пункт. Крепость сдалась на милость победителя.

По случаю окончания первого этапа учений в доме у Лефорта состоялся ужин. Все собравшиеся оживленно обсуждали особо выдающиеся моменты сражения, за исключением хозяина дома. Своим внешним видом он нагонял на гостей тоску и уныние. С перемотанной бинтами и пластырем головой он с вымученной гримасой на лице натянуто улыбался, подслеповато щурясь единственным открытым глазом. Даже Петр, скупой от рождения на жалость и нежные чувства, глядя на изможденное лицо товарища, невольно прослезился и прижал его к своей груди.

Несмотря на победу войск Ромодановского, чью сторону он в тайне поддерживал, столь быстрое форсирование событий не входило в планы государя. Посему, было принято решение продлить маневры. На следующий день войска боярина вновь заняли прежние позиции на крепостных стенах, а отряды Ромодановского медленно двинулись на приступ. Крайне тяжелое состояние здоровья не позволило Лефорту принять активное участие в штурме. Большую часть времени он провел в качестве наблюдателя, и лишь под конец учений снова занял место в строю. Несмотря на яростную оборону, гарнизон Бутурлина вновь потерпел поражение, 17 октября цитадель пала…

Средний срок жизни людей того времени был не слишком длинным. Францу Лефорту повезло с любящей и преданной женой, чего не скажешь о его малолетних детях, в силу различных причин умиравших один за другим. Из девяти (по другим сведениям, одиннадцати) в живых остался лишь один – Андрей (Анри, Генрих). По характеру мальчик походил на отца – такой же доброжелательный, веселый и смекалистый. Он был единственным ребенком, которого допускали к царевичу Алексею Петровичу. Мальчика ожидали фантастические перспективы и блестящая карьера, если бы не религиозные препоны, чинимые отцом. Ревностный кальвинист мечтал воспитывать сына в традиционной религиозной атмосфере. Жена Лефорта, убежденная католичка, могла перетянуть сына на свою сторону, исказив его мировоззрение сквозь призму католических догматов. Восьмилетний мальчик, не определившийся с выбором вероисповедания, в семейном кругу находился как между молотом и наковальней, что не могло ни отразиться на неокрепшей детской психике. Решение за всех принял отец, отправив сына в Женеву в сопровождении гувернера Штрака. По мнению Франца Яковлевича, на родине предков Анри должны были указать «истинно правильный» путь – беззаветное служение идеалам Кальвинистской церкви.

Противостояние религиозных конфессий для Лефорта стало личной драмой. Письмо к брату, написанное 4 июля 1694 года в Архангельске, можно воспринимать как исповедь, как раскаяние за незаслуженно полученные блага: «Хотя вся страна и все различные национальности уважают меня, однако я не дозволяю усыплять себя такою славою; напротив, стремлюсь постоянно к тому, чтобы доказать мое усердие, привлечь верных подданных. Одним словом, прошу вас верить, что благодать Бога со мною, и, хотя я неоднократно оскорблял Его, но она неисчерпаема, и я употреблю всевозможные усилия никогда не забывать Его благодеяний. В особенности прошу вас верить моей беспредельной преданности, зная положительно, что вы принимаете участие во всем, что меня касается, и что преднамеренно я не сделаю ничего предосудительного в такое время, когда Бог ниспослал на меня свои милости, и когда честь требует твердо пребывать в благодати Божией. Никто и никогда не достигал подобных милостей, и ни один иноземец не мечтал о них. Сознаюсь, все эти милости необычайны; я не заслужил их; я не воображал в столь короткое время составить мое счастье, но так было угодно Богу…».

Петр Алексеевич с пониманием отнесся к выбору друга, выдав сыну Лефорта 6000 червонцев на дорогу и повелев строго указать воеводам тех мест, где предстояло проследовать картежу, оказывать всевозможные почести ездокам и по первому требованию снабжать их провиантом, фуражом и свежими лошадьми. Помимо прочего, царь вручил Анри письмо к амстердамскому бургомистру Витсену «с приложением к оному (письму) своего портрета в золоченой раме, усыпанной драгоценными каменьями», ранее предназначавшегося в подарок Францу Лефорту. В Женевский сенат государь передал грамоту с пояснениями: «Мы отпустили из наших владений Андрея Лефорта, сына генерала, дабы он отправился в вашу республику и в вашу академию, повидаться со своими родными, образовать сердце и ум и получить такое воспитание, которое дало бы ему возможность отличиться в политике, в военном искусстве и во всех свободных художествах». Дабы задобрить родственников Анри Лефорта, царь послал им куньи и собольи меха, серебряную посуду и много мелких ювелирных безделиц. Благодаря такой высокой протекции мальчик был повсеместно принят с должным уважением и подобающими почестями.

Царь всецело доверял Францу Лефорту, поэтому все приготовления к отъезду в Азов он поручил именно ему. В начале июля 1695 года российские войска подошли к Азову. Полк Лефорта расположился на левом фланге по направлению к Дону, перекрыв пути, ведущие к крепости. Это была единственная сухопутная артерия, по которой в крепость доставлялись провиант и оружие. В тылу у генерала сосредоточилась турецкая конница, обеспечивавшая постоянную связь гарнизона цитадели с большой землей. Первостепенной задачей войск Лефорта была постройка линии укреплений, блокировавшей все подступы к османской твердыни.

К выполнению поставленной задачи Лефорт подошел в высшей степени добросовестно. Через непродолжительное время вверенный ему участок местности превратился в неприступный укрепрайон, усеянный окопами, редутами, различными секретами и прочими объектами инженерной системы обороны. Дополнительно возвели 2 артиллерийские батареи, оснащенные 12 большими 36-фунтовыми пушками и 25 мортирами. Для ирригационных целей был прорыт глубокий ров в сторону реки. Положение усугублялось тем, что плацдарм, занятый войсками генерала Лефорта, находился на открытой местности в зоне досягаемости вражеских снарядов. Высокое воинское звание и зрелый возраст никогда не мешали женевцу, служившему примером для своих солдат и офицеров, находиться в самой гуще сражения. При штурме турецкой цитадели под ливнем пуль, средь полыхающих обломков деревянных укреплений генерал Лефорт лично завладел пурпурным знаменем османов.