В 1681 году игумен Митрофан вызван был в Москву на чреду священнослужения и для соборных рассуждений о различных важных церковных делах. В это время у лучших русских людей, познакомившихся с образованием Запада, пробудилось стремление сблизиться с народами, обладающими большими сравнительно с русскими знаниями и искусствами. Сам царь Федор Алексеевич, воспитанник западнорусского монаха Симеона Полоцкого, видел необходимость учиться у иностранцев. Но чтобы избежать в этом отношении опасности для веры, по совету Святейшего Патриарха и духовных властей русское правительство обратилось к своим единоверцам, к малороссиянам и грекам. Но новые учителя по необходимости сталкивались со старыми учителями, и отсюда произошла борьба двух партий. Молодой великоросс, поучившийся у малороссийского монаха латыни и греческому, воображал, что он ученее своего прежнего учителя, часто своего духовного отца, не щадил посему иногда с действительным невежеством и мнимые его ошибки. Легко теперь понять, как должны были смотреть на это отцы духовные, тем более что сами киевские ученые нередко, гордясь своим образованием, вели себя высокомерно с лицами многоуважаемыми. Вследствие чего, как необходимое противодействие им, явились люди старого времени и порядка, которые упрямо восставали против новшеств, выступали против движения народа на новый путь. Раскольники в этом сближении с еретиками видели наступление царства антихристова. Строгие меры, принимавшиеся еще со времени Алексея Михайловича против приверженцев старины, только усиливали раскол. Ссылаемые правительством или убежавшие от преследований раскольники и в дальние окраины русского царства заносили свои ложные мнения и заражали ими православных. Вследствие чего, имея при этом в виду преобразование духовенства, отличавшегося своей необразованностью и часто безнравственным поведением, благочестивый царь Федор Алексеевич и Святейший Патриарх Иоаким созвали в Москву всех российских иерархов и настоятелей более известных монастырей или же лично известных святостью жизни. Для возвышения народной нравственности и для противодействия расколу собор, по предложению царя, постановил: «Назначить вновь в пристойных местах, в дальних и многолюдных городах, архиереев, открыть особые епархии, неподвластные митрополитам (так как царь Федор Иоаннович желал, чтобы каждому митрополиту иметь в своей епархии епископов, подвластных ему, а Святейшему Патриарху – отцам отцу – иметь многих епископов), чтобы в архиерейском чине не было церковного разногласия, распрей и “высости”, чтобы в таком нестроении не было святым церквам преобидения и от народа молвы и укоризны» (Исторические акты. № 75). Поэтому предложено было открыть новые епархии в Тобольске, в Холмогорах, в Устюге, в Тамбове и в Воронеже. Собором признано было необходимым учредить епархию в Воронеже, потому что многие из преследуемых правительством раскольников бежали в вольные «украйные» города, на Дон. Так, еще в 1677 году узнали в Москве, что по Дону и реке Медведице в казачьих юртах повадились жить старцы и попы и всякие прихожие люди в пустынях; печатанные вновь книги, церковную службу и иконное письмо хулят, образам Божиим не кланяются, много людей из донских городков к себе подговаривают и крестят в другой раз. Станичный атаман Понкратьев доносил в том же году в Москву: «В стороне, на день езды от города Чира (на Дону) находится Иовская пустынь[3], и в этой пустыни люди начали жить после разинского воровства, тому лет с пять; в войске про пустынь знают, что в ней живут мужчины и женщины, девки и ребята… Тому другой год, как пришел на Дон и поселился в пустыне в лесу на Крымской стороне черный поп да два человека простых чернецов; эти простые чернецы с попом поссорились и, пришедши в Черкесск, донесли войску, что поп за Великого Государя Бога не молит и им молить не велит» (Дополнение к историческим актам. VIII. № 50). Убегая от преследований правительства, ожесточенные раскольники нередко нападали на русские поселения на Дону, сжигали их, а жителей брали в плен. В 197 (1689) году (Орлов. акты. С. 443) доносил орловский воевода: «Пришли с Кумы реки под казачьи верхние городки, под Кочетов и Михайлов, богоотступники и раскольники, а слывут у них на Дону те раскольники Кузьминцы, а от Михайлова они с боем пошли к Качальницкому городку» (Орловские акты. С. 437–447). «В нынешнем 197 году, – доносил Царицинский стольник и воевода Илья Мамонов, – по воровскому намерению, донские казаки, разных станиц многие люди, пристав к вору и раскольнику, к пришлому попу Микитке Иванову, и возмутясь с женами и детьми, для всяких причин к воровству, побили в донских казачьих станицах добрых людей, которые к их воровству не пристали…» (Орловские акты. С. 401). Но чаще всего раскольники для грабежа и разорения казачьих городков и придонских поселений соединялись с татарами, калмыками и другими инородцами (Орловские акты. С. 438–451). И потому-то учреждение епархии в Воронеже было необходимо.

Святитель Митрофан Воронежский. Икона XIX века

27 ноября 1681 года, по Государеву указу и по благословению Святейшего Патриарха, велено быть в Воронеже епископу. И на эту кафедру был избран игумен Макарьевского монастыря Митрофан. «Того же года, апреля во 2-й день, – так записано в современном разряде (на 5-й неделе Великого поста), – было поставление в соборной (в Успенском большом соборе) церкви в первые епископы, а ставили игумена Митрофана из Галича с Унжи-Макарьевского монастыря, а ставил его Иоаким Патриарх Московский и всея Руси со властями. Да на поставлении же были, по указу Великого Государя, боярин князь Иван Борисович Троеруков, да думный дворянин Богдан Иванович Полабин, да думный диак Данила Полянский». На поставлении, кроме Патриарха, были Новгородский митрополит Корнилий, Астраханский Никифор, Ростовский Иона, Псковский Маркел, Смоленский – Симеон, Сарский – Варсонофий, Нижегородский Филарет, Рязанский Павел; архиепископы: Суздальский – Иларион, Вологодский – Симон, Коломенский – Симон; епископ Вятский Иона, Сергий, архиепископ Тверской (рукоположенный из архимандритов Торжского Борисоглебского монастыря 5 февраля 1681 года), Леонтий, епископ Тамбовский (рукоположенный 24 марта из игумена Авраамиевского Галицкого монастыря), и Павел, митрополит Сибирский. По рукоположении, по обычаю того времени, новопоставленного владыку провожали наверх к Великому Государю думный дворянин и думный диак. Царь принимал от нового иерарха благословение.

Смиренный Унже-Макарьевский игумен был избран во святителя помимо многих архимандритов и игуменов более знатных, чем Желтоводский, монастырей, и это служит свидетельством уважения к преосвященному Митрофану благочестивого царя, Патриарха и духовных властей за его примерно-благочестивую и подвижническую жизнь.

Святителю Митрофану со времени назначения его на епископскую кафедру и после рукоположения по разным обстоятельствам долго пришлось жить в Москве и быть зрителем и нередко участником важных событий того времени. Так, еще в сане игумена он присутствовал на Соборе, рассуждавшем об уничтожении местничества. 15 февраля игумен Митрофан был очевидцем «радости» для русского народа. Больной царь Федор Алексеевич, овдовевший 14 июля 1681 года, по убеждению Языкова и других своих любимцев, женился на родственнице Языкова Марфе Матвеевне Апраксиной[4]. В неделю Мясопустную, в которую Православная Церковь предлагает верующим евангельское чтение о Страшном Суде, 16 февраля в большом Успенском соборе совершалось «действо Страшного Суда». А на действе был Святейший Патриарх со властями. 21 февраля Патриарх и духовные власти представлялись новой царице и были у руки государыни царицы и великой княжны Марфы Матвеевны в передней государевой и благословляли царицу святыми образами.