Помимо органов Советской власти, беспощадные меры принимало военное руководство. Комбриг Рахманов, командующий вооруженными силами в районе Омск – Тюмень, 15 февраля отдал приказ: железнодорожные линии Омск – Тюмень и Омск – Челябинск разделить на определенные участки. Возложить ответственность за сохранность каждого участка, прилегающего к 10—верстной полосе по обе стороны от железной дороги, на местное население, из которого взять сразу же заложников. Объявить жителям деревень, входящих в указанную полосу, что в случае повторения налетов на железную дорогу заложники будут расстреляны без суда. Этот приказ предписывалось широко распространить среди местного населения, расклеив его на видных местах[970]. Челябинский губисполком специальным постановлением от 16 февраля 1921 г. объявил населению, что за порчу дорог, мостов, средств связи, поджоги, виновные подлежали расстрелу, их имущество – немедленной конфискации и передаче семьям красноармейцев. Тюменский губисполком 5 марта объявил о конфискации имущества причастных к восстанию[971]. Член чрезвычайной тройки Сибревкома, полномочный представитель ВЧК в Сибири И. П. Павлуновский 14 февраля 1921 г. издал инструкцию местным органам ВЧК «О применении высшей меры наказания в районе, охваченном восстанием». В соответствии с инструкцией подлежали расстрелу: руководители движения; занимавшие командные должности в отрядах повстанцев; повстанцы, взятые в плен и освобожденные, в случае, если они вторично попали в плен в боях с советскими войсками; не сдавшие огнестрельного оружия после того, как был опубликован приказ о сдаче оружия; уличенные в поджоге, порче железнодорожных путей и железнодорожных сооружений, телеграфных проводов[972]. Инструкция была передана органам ЧК во всех уездах, охваченных восстанием. Свирепствовали выездные сессии Сибирского реввоентрибунала.
В Ишиме был проведен показательный публичный процесс над 93 крестьянами – участниками восстания. Приговор Реввоентрибунала Сибири от 28 февраля 1921 г. гласил: 46 повстанцев расстрелять, 45 человек получили по 5 лет условного заключения с применением принудительных работ. Все крестьяне—повстанцы, приговоренные к высшей мере наказания, были расстреляны. По политическому замыслу организаторов данного судебного процесса, на скамье подсудимых оказались также 6 продработников Ишимского уезда. Официальное обвинение в отношении продработников сводилось к следующему: «1) Лауриса Матвея Анцевича – члена чрезвычайной губернской контрольно—инспекторской тройки в том, что он грубо обращался с гражданами, ругал их матерными словами, заявляя, что он уполномочен верховной властью и имеет право расстреливать, угрожал гражданам револьвером и даже ставил к стенке, понудил гр. Слободенникову и жену почтальона д. Чупино, фамилия коей не установлена, удовлетворить его грязное предложение, отдал приказ об аресте нарсудьи 12—го участка Сергеева за установление последним фактов незаконной конфискации и присвоения денег, принудил гр. Устинова выменять 1500 руб. николаевских на советские знаки, подарил из конфискованного имущества двух ягнят гр. Марии Кашиной, незаконно подверг аресту Петуховского волвоенкома Уранченкова; 2) Соколова Виктора Георгиевича в том, что он бил по лицу кулаком граждан д. Пестово Гилева Прокопия и Носкова Александра, причем последнего распорядился вывести на расстрел, но с дороги вернул его обратно, бил также гр. Василия Шамонова и угрожал револьвером, ругал матерными словами; 3) Крестьянникова Архипа Степановича – губернского уполномоченного по проведению государственных разверсток в Петуховском районе в том, что он приказал красноармейцам за отказ в предоставлении им обеда избить прикладами граждан с. Ларихинское Михаила Нененкова и Григория Низковских, что красноармейцами и было исполнено, лично замахивался кулаком на Нененкова, а избитых выталкивал взашей и вообще грубо обращался с населением; 4) Заплетина Михаила Гавриловича – уполномоченного упродкома в том, что он 21 декабря 1920 г. оскорбил матерной бранью членов Каргалинского волисполкома, оскорблял такими же словами гр. Чернякова и др., незаконно приказал зав. кожевенным заводом Земерову выдать ему 11 шт. лайки, одну простую кожу и подошвы, присвоил казенные мешки из пункта для своей тужурки, взял самовольно для себя лично из продконторы 100 штук яиц и самовольно заколол для своих нужд корову из государственного гурта; 5) Полякевича Станислава Александровича – зам. Ишимского упродкомиссара в том, что он грубо обращался с населением и должностными лицами, ругался площадной бранью, грозил заморить в тюрьме, требовал, чтобы его продотряд крестьян кормили жареным мясом, причем для себя требовал блинов». Обвинение против продработников подтверждались также многими показателями свидетелей, в том числе заявлениями организаций РКП (б). Шестой подсудимый – Ишимский уездный продкомиссар Гуськов И. М. был оправдан. Лауриса, Соколова, Крестьянникова, Заплетина, Полякевича приговорили к расстрелу. Однако из продработников был расстрелян один Лаурис. Остальным расстрел заменили 5 годами лишения свободы, Крестьянникова освободили[973].
Замысел публичного судебного процесса, расчитанный на положительный общественный резонанс в крестьянской среде, оказался для его инициаторов и организаторов неудачным. В этой связи Ишимский исполком требовал выделения разбирательства с продработниками в особое дело и настаивал «отложить его до нормального времени». По заключения исполкома, «процесс продовольственников парализовал продовольственный аппарат, расстроил все советские и партийные организации уезда»[974].
В конце февраля – начале марта 1921 г. от восставших была очищена железная дорога Омск— Тюмень и Омск— Челябинск. 4 марта В. И. Шорин доложил главкому РККА С. С. Каменеву: линия дороги Омск—Петропавловск—Челябинск очищена, отправлено два продмаршрута[975]. Сообщение сибирского руководства об отправке продовольственных составов являлось определяющим. В то время, как на сибирской земле полыхало крупнейшее восстание, 9 марта 1921 г. губпродкомиссары получили телеграмму В. И. Ленина и наркома продовольствия А. Д. Цюрупы следующего содержания: «Несмотря на неоднократные предписания центра об усилении отправок семенных грузов, вся вторая половина февраля дала ничтожные итоги, и, можно сказать, прошла бесполезно. Истекшая неделя марта не принесла значительных улучшений, и погрузка по—прежнему оставалась слабой. Таким образом организация планового засева в потребляющих губерниях, которые в значительной мере основываются на ввозных семенах, ставится под угрозу. Подобное положение далее не может быть терпимо. Необходимо совершенно неотложное принятие самых решительных мер по ускорению отправки семян, иначе срыв посевкампании в этой части неизбежен». Тюменскому губпродкомиссару предписывалось под личную ответственность неуклонное выполнение «до полной его реализации» очередного «боевого задания» – отправке семян в центр: до 20 марта требовалось отправить семь специальных семенных маршрутов. Центр требовал привлекать к работе по подвозу семян к железнодорожным станциям, по погрузке их в вагоны местное население в порядке трудповинности, местные воинские части, использовать с этой же целью субботники и воскресники. Все установленные семенные наряды следовало выполнить не позднее 10 апреля[976].
Чтобы выполнить жесткие по духу указания центра, губернские власти использовали метод наложения контрибуций на местное население как наказание за восстание. Так, 10 марта Челябинский губисполком и губпродком издали приказ: «за участие в бандитских выступлениях наложить на население Курганского уезда контрибуцию натурой»: хлеба – 300 тыс. пудов, фуража – 200 тыс. пудов, которые губпродкомом были распределены на Курганский район в количестве 80 тыс. пудов хлеба и фуража – 40 тыс. пудов, на Лебяжьевский район – 220 тыс. пудов хлеба и 160 тыс. пудов фуража. В течение трех дней указанное количество контрибуций требовалось разверстать по волостям и селениям. Продкомиссары на местах обязывались под личную ответственность довести ссыпку в сутки, как минимум, по Курганскому району: хлеба – 8 тыс. пудов, фуража – 4 тыс. пудов, по Лебяжьевскому району: хлеба – 22 тыс. пудов, фуража – 16 тыс пудов. Райпродкомиссары каждые 24 часа должны были докладывать в губпродком о ходе выполнения наложенной контрибуции, 25 марта дать отчет о ее выполнении[977].