Вскоре, после взрыва городских стен, Казань была взята штурмом. Казанское государство было ликвидировано, а территория ханства присоединена к России.

Имя князя Александра Борисовича, как и других участников покорения Казани, было внесено в церковные святцы для вечного поминовения.

Первым наместником в покоренной Казани царем был оставлен князь Александр Горбатый. «А в Казани оставил государь бояр и воевод князя Александра Борисовича Горбатого да князя Василья Семеновича Серебреного, да окольничих Алексея Даниловича Басманова, да Ивана Яковлевича Чоботова, да казначея Ивана Фому Головина, да дьяка Ивана Безсонова».

Это было почётное, но в тоже время ответственное назначение. Князю Горбатому предстояло усмирить этот мятежный край. Не смирившиеся с поражением казанские татары, часто поднимали восстания. Для продолжения борьбы с русскими новым ханом тайно был избран ногайский князь Али-Акрам, который вплоть до 1556 года руководил освободительным движением. В такой напряжённой обстановке Александру Борисовичу пришлось руководить краем, постоянно сталкиваясь с актами неповиновения и открытого военного сопротивления.

Князь Горбатый-Шуйский был активным деятелем «избранной рады» и после её падения, разделил судьбу многих своих товарищей.

«Избранная рада» термин, использованный князем Андреем Курбским, для названия правительственного кружка, сложившегося в конце 1540-х годов. Члены «рады», пользуясь полным доверием царя, провели в стране ряд реформ в области государственного и церковного управления, суда, финансов, военной службы и организации армии, которые имели целью усилить государственную централизацию и отвечали интересам наиболее многочисленной группы землевладельцев — мелкому и среднему дворянству.

Тогда в состав близкого окружения Ивана IV Грозного, кроме князей Горбатого и Курбского, входили бояре И. Я. Морозов и И. В. Шереметев, князья Д. И. Курлятев и В. И. Воротынский, казначей Алексей Адашев и некоторые другие высшие государственные сановники.

Члены «рады» сосредоточили в своих руках почти все нити управления государством, влияя на внутреннюю и внешнюю политику, управляли финансами.

Со временем Иван IV стал тяготиться своими приближенными и постепенно начел избавляться от своих советников. В начале членов «Избранной рады» отправляли из Москвы воеводами в отдалённые города или в Прибалтику, где шла война с Ливонским орденом.

А после ряда неудач русской армии в Ливонской войне, особенно после бегства в Литву князя Андрея Курбского, подозрительный царь начел проводить репрессии против знати, и в первую очередь против своего ближнего круга.

29 ноября 1562 года «за его великие изменные дела» с семьёй был подстрижен в монахи князь Д. И. Курлятев. Лишены имущества и брошены в тюрьму братья умершего видного члена «Избранной рады» князя В. И. Воротынского — Михаил и Александр.

Чтобы ещё больше устрашить бояр и воевод, Иван IV Грозный стал готовить показательный процесс. Осуждённым, на таком процессе, мог быть лишь человек, пользовавшийся всеобщим уважением. Выбор царя пал на князя Александра Горбатого-Шуйского. Старейший член Боярской думы, заслуженный воевода, герой покорения Казани, представитель самого знатного рода в стране. Именно такая кандидатура по всем статьям подходила для показательной казни. Расправа над таким заслуженным человеком как князь Александр Горбатый, должна была показать всем, что монарх, не намерен останавливаться ни перед чем, для достижения своих целей. И если по воле царя на плаху отправляют таких знаменитых сановников, то с прочими служилыми людьми церемониться не будут.

Чтобы как-то оправдать казни своих подданных Иван IV Грозный, обвинил ряд вельмож в заговоре. При этом, по версии Иван IV заговорщики намеревались отдать престол князю Александру Горбатому. Судьба прославленного воеводы была предрешена.

Удалившись в Александровскую слободу, царь предъявил думцам ультиматум выдать князя Горбатого, который пользовался большим уважением в Думе.

Боярам ничего не оставалось, как санкционировать арест и казнь Александра Борисовича.

Казнь состоялась 7 февраля 1563 года, о чём свидетельствуют надписи на могильной плите князя Горбатого.

Князь Александр Борисович был казнён вместе со своим единственным сыном, юным князем Петром. Все слуги и дворовые люди князя Горбатого были перебиты опричниками.

«Той же зимой, в феврале месяце, повелел царь казнить за измену боярина князя Александра Борисовича Горбатого и его сына, князя Петра, и окольничего Петра Петровича Головина, и князя Ивана Ивановича Сухого-Кашина, …».

Со смертью Александра Борисовича и его сына Петра Александровича пресеклось мужское поколение князей Горбатых-Шуйских.

Князь Александр Горбатый с сыном были единственными жертвами царских репрессий из всех потомков Суздальских князей.

Казнённых похоронили в Троице-Сергиевой ларе. После похорон царь Иван IV, стремясь проявить своё милосердие, передал в Троице-Сергиеву лавру 200 рублей денег, на помин души Александра Горбатого.

Бежав от царского гнева в Литву, князь Андрей Курбский, соратник казненного Александра Горбатого, в своей «Истории о великом князе Московском», оставил воспоминания об Александре Борисовиче. «Тогда же убит был по повелению царя князь суздальский Александр, по прозванию горбатый, с единственным сыном своим Петром в первом цветении возраста его — в семнадцать лет.

Об этом Александре Горбатом я уже вспоминал, когда писал повесть о казанском взятии, те княжата суздальские происходили из рода великого Владимира и была у них старшая власть над всеми князьями Руси более двух сотен лет. Один из них, князь суздальский Андрей, владел Волгой рекой аж до самого моря каспийского, от него пошли великие Тверские князья; обо всем этом лучше всего в летописной книге русской написано. Новоубиенный муж Александр был человеком глубокого разума и больших военных талантов и к тому же знаток Священного Писания, со словами которого он радостно принял смерть, будучи невинно убит, как Агнец Бога Живого. Об этом событии рассказывают очевидцы: когда были приведены на место казни, тогда, говорят, шею сына первого преклонили к мечу, отец возразил, сказавши: „О чадо, превозлюбленный и единственный сын мой! Да не увидят очи мои отсечения твоей головы!“ И первым сам старый князь был казнен; храбрый молодой человек взял мученическую, честную голову своего отца и поцеловал ее и, взглянув на небо, сказал: „Благодарю Тебя, о Царь века, Иисус Христос Бог наш, своим и святым Духом, что сподобил нас, неповинных, быть убитыми, как и сам от богоборных жидов погублен был невинный Агнец! А сего ради прими наши души в живодательные руки Твои, Господи!“ И так сказав, преклонил свою святую голову под меч и с таким упованием и многою верою ко Христу отошел».

Князья Шуйские, старшая ветвь

Шуйские, являясь потомками Суздальско-Нижегородских князей, в течение долгого времени сохраняли остатки своих суверенных прав на осколки наследия своих предков. Процесс ликвидации этих прав, шедший параллельно раздроблению их владений и укреплению центральной власти, растянулся на многие годы, по мере его завершения началось включение этих княжат в Боярскую думу.

1. Князь Юрий Васильевич Шуйский.

Юрий Васильевич, был вторым из четырех сыновей князя Василия Дмитриевича Кирдяпы. Он упоминается только в родословной князей Шуйских, как первый носитель этой фамилии.

Своё фамильное прозвище князь Юрий получил по своей вотчине Шуе. Видимо Шуя, уже тогда была городом. Согласно местной легенде ранее Шуя называлась «Борисовой слободой», что может быть ассоциировано с Суздальским князем Борисом Константиновичем, жившим во второй половине XIV столетия и, очевидно, владевшего этой местностью.

Глеб Владимирович Абрамович в своей монографии: «Князья Шуйский и Российский трон», приводит данные о том, что князья Шуйские владели вотчинами в Шуйском уезде. В Шартомском районе, известном с 1425 года, сохранились надгробные плиты князей Шуйских и Горбатых. Кохмой владели Скопины-Шуйские, а Горицой — князья Горбатые, потом князья Шуйские.