В то самое время в столицу был отозван боярин С.В. Годунов, который вместе с дьяком Е. Вылузгиным должен был управлять городом и сообщать царю обо всех неотложных делах.

Рано утром 14 декабря Фёдор встал засветло. Помолившись с духовником у изображений мучеников Фирса, Левкия, Калинника и других, он направился к царице, чтобы узнать, все ли готово к поездке. Затем вместе с ней направился в кремлёвские соборы. Помолившись у гробов предков в Архангельском соборе, царская чета направилась в Успенский собор, где патриарх Иов организовал массовый молебен о даровании победы над недругом шведским королем Юханом. После обедни Федор получил от патриарха благословение и выслушал вместе со всеми воеводами напутственное слово. Затем войско построилось и торжественным шагом выехало из ворот Кремля. Впереди на превосходном аргамаке в сверкающей золотом одежде ехал Фёдор Иванович. Огромные толпы москвичей радостно приветствовали своего государя. Они видели, что он сам способен повести полки в бой и с оружием в руках отстоять интересы своего государства, как завещал ему его воинственный отец.

Войско Фёдора двигалось той же дорогой, какой шли когда-то в Ливонские походы его отец с братом и он сам в 1572 и 1577 годах. Через десять верст в селе Яковлеве была устроена первая остановка. Ещё через десять верст, вторая, у Чёрного Яма. Всего же было запланировано 20 остановок с ночёвками.

Окольничие М.Ф. Кашин и Д.А. Замыцкий заранее побеспокоились о том, чтобы в намеченных пунктах было жильё и пища для Фёдора, Ирины и их придворных, корм лошадям. На этот раз никаких неприятностей, как когда-то с больной царицей Анастасией, не было.

4 января 1590 года Фёдор с Ириной прибыли в Новгород, радостно приветствуемые его жителями. Уже 5 января состоялся военный совет всех воевод. Было решено на следующий день на Ругодивскую дорогу отправить разведывательный полк под началом В.К. Черкасского и Д.И. Вельяминова, чтобы не допустить внезапного нападения шведов на Новгород. Ему следовало расположиться в селе Тесове в 60 км от города.

Поскольку в поход пошёл сам царь, то при нём был сформирован особый Дворовый полк во главе с шуриным Б.Ф. Годуновым и двоюродным братом Ф.Н. Романовым, ближайшими царскими родственниками.

Для взятия городов-крепостей был создан артиллерийский полк во главе с окольничим И.И. Сабуровым и Г.И. Морозовым. Им были приданы два дьяка и 9 отрядов по 100 человек с командирами. Анализ росписи полков показывал, что все основные вооруженные силы находились под контролем ближайших царских родственников Годуновых, Сабуровых, Романовых и их более дальних родственников Мстиславского и др. Такая армия была исключительно надежной и действовала в интересах Фёдора Ивановича.

Однако и у царя Фёдора были трудности с подданными. Главная заключалась в том, что многие воеводы постоянно затевали местнические свары и этим тормозили исполнение порученных дел. Даже во время похода против шведов не обошлось без местничества.

11 января по приказу царя три полка отправились в устье Невы.

23 января 1590 года передовые полки под руководством татарских царевичей окружили город Ям. Три дня город обстреливался из пушек и подвергался атакам со стороны царских войск. Дело кончилось тем, что шведский гарнизон капитулировал. Часть солдат вернулась на родину, часть поступила на службу в русское войско. После этого Фёдор приказал передовому полку выступить к Ивангороду, чтобы приготовиться к его осаде.

30 января Т.Р. Трубецкой и Д.И. Хворостинин прибыли к месту назначения и тут же вступили в бой с четырёхтысячным шведским полком, пытавшимся остановить продвижение русского войска. Сражение продолжалось целый день. Мощная атака русских воевод заставила противника отступить за реку Нарве. В это время царь Фёдор с основными полками также направился к Нарве, поскольку эта крепость была его главной целью. Двигаться приходилось медленно, из-за того, что большие пушки тащили на лошадях. Но без них взять первоклассную крепость было невозможно. Царица Ирина вместе с Д.И. Годуновым и дворецким И.В. Дровниным осталась в Новгороде. Ее окружение охраняло тылы русского войска.

К началу февраля основные полки во главе с Фёдором Ивановичем подошли к реке Нарове. К этому времени Ивангород уже был окружен Передовым полком. Это позволило достаточно быстро установить вокруг него орудия. В ночь с 4 на 5 февраля начался обстрел города. 18 февраля удалось в одной из стен сделать пролом. Через него устремились дети боярские и стрельцы во главе с воеводой И.Ю. Токмаковым числом более 1000 человек и казаки со стрельцами и детьми боярскими во главе с окольничим С.Ф. Сабуровым. Их было 2380 человек. В итоге уже 25 февраля Ивангород был взят. К сожалению, воевода И.Ю. Токмаков погиб во время сражения у пролома.

Пока основное войско осаждало Ивангород, вспомогательные отряды взяли Копорье. Этот город не имел мощных оборонительных сооружений.

Целью похода царя Федора, как уже отмечалось, было взятие Нарвы. Обстрел этой мощнейшей крепости производился одновременно с Ивангородом. Но ее каменные стены хорошо укрывали гарнизон, состоящий из 1600 солдат. Разрушить их русские орудия не могли. Ничего не давали и лобовые атаки М.Г. Салтыкова, Г.П. и И.П. Ромодановских, С.И. Долгорукова, В.И. Бахтеярова-Ростовского, Г.И. Вельяминова и В.М. Лобанова, им приходилось двигаться по льду Наровы, очень ненадежному в предвесеннее время.

Все это привело к тому, что, когда комендант Ругодивской крепости К. Горн предложил заключить перемирие, на что Фёдор Иванович согласился. Его войско потеряло много сил на взятие Яма, Копорья и Ивангорода. Приближающаяся весенняя распутица угрожала прервать военные маневры.

Мирные переговоры было поручено вести Б.Ф. Годунову, который был посредственным полководцем, но в дипломатических делах разбирался.

Шведы были вынуждены признать, что Ям, Ивангород и Копорье вновь возвращаются к русскому царю. Вернулось к России и побережье от реки Невы до реки Наровы. Но восстановить торговые пути в Западную Европу не удалось, поскольку Нарва так и осталась в руках шведского короля.

Фёдор Иванович назначил воевод во вновь приобретенные города и вернулся сначала в Новгород, а потом и в Москву. Однако большая часть его войска осталась в Новгороде.

Были усилены гарнизоны в северо-западных городах, поскольку шведы собирались взять реванш. В Ивангороде стали возводить крепостные стены и крепить оборону, под руководством окольничего И.И. Сабурова с Г.Ф. Колычевым, М.Г. Волынским и др. В Копорье воеводами стали Е.М. Пушкин и С.О. Безобразов, в Яме — Л.И. Воронцов и 3. Волохов. В Новгороде был оставлен боярин В.Ф. Скопин-Шуйский и окольничий П.С. Лобанов-Ростовский.

Летом 1590 г. шведские войска попробовали вернуть утраченное и совершили набеги на окрестности Ивангорода и на русские поселения на Кольском полуострове. В ответ в августе по приказу царя Фёдора в Новгород было отправлено три полка. Большой полк возглавил князь Д.А. Ногтев и М.М. Салтыков. Передовой полк — князья Ф.А. Ноготков-Оболенский и А.Ф. Жировой-Засекин, Сторожевой — князья П.И. Буйносов-Ростовский и Ф.А. Звенигородский. Два месяца воеводы простояли в селе Тесове на пути из г. Новгорода в в Ивангород, и только сейчас выступили в поход. Сражаться им не пришлось, поскольку шведы к тому времени уже отошли от русской крепости.

Вскоре дипломатические контакты между Швецией и Россией были восстановлены. Для переговоров о мире в Ругодив отправилось новое посольство. Первоначально его должен был возглавить окольничий И.И. Сабуров, но тот внезапно умер. Тогда царь повелел вместо Сабурова назначить только что получившего боярство Ф.И. Хворостинина.

Послы встретились на мосту через Нарову, но ни о чем договориться не смогли. Русская сторона требовала безвозмездной сдачи Нарвы, шведы отказывались признавать право Федора Ивановича даже на отвоеванные города. Следовало ожидать новых военных действий.