Ночь с 16 на 17 августа 1954 г. Сэмюэль Шэппард провёл в доме родителей. Это была его последняя ночь на свободе на много-много лет вперёд.

На следующий день прокурор округа заявил в суде, что Сэм Шэппард обвиняется в предумышленном двойном убийстве (ведь жена его была беременна!), осуществлённом с особой жестокостью, а потому прокуратура будет настаивать на квалификации совершённого им преступления как «убийство первой степени». Ввиду материального достатка Сэма Шэппарда, а также наличия у него состоятельных родственников и друзей обвинение считало его способным покинуть пределы штата и, дабы не допустить этого, потребовало вернуть обвиняемого в тюрьму. Судья, не моргнув глазом, отменил собственное вчерашнее постановление об освобождении под залог, и Сэм Шэппард был взят под стражу в зале суда.

Журналисты, жаждавшие сенсации, её получили. Шоу состоялось, всем, кто следил за «делом Сэма Шэппарда», было что обсудить.

Далее в расследовании возник двухмесячный перерыв. Вплоть до середины октября 1954 г. в рамках расследования на первый взгляд не происходило ничего существенного. Прокуратура готовила обвинительный акт. Вкратце его тезисы можно суммировать следующим образом.

— Мотив. Сэмюэль Шэппард не имел намерения продолжать совместную жизнь со своей женой и уже с начала 1954 г. планировал развод. Он регулярно изменял нелюбимой жене, причём помимо случайных связей, в его жизни на протяжении последних полутора лет присутствовала и устойчивая привязанность к Сьюзен Хейс, которую он обещал взять в жёны. Вторая беременность Мэрилин Шэппард, с одной стороны, резко осложнила формальное получение её согласия на развод, а с другой — грозила значительно увеличить величину алиментов, которые она могла получить после его оформления. Кроме того, Сэмюэлю грозил раздел имущества, при котором мужчина-инициатор развода получал гораздо меньше брошенной им жены с двумя детьми. В начале июля 1954 г. Сэм Шэппард посчитал, что убийство жены, обставленное как попытка ограбления, даст ему возможность стать свободным мужчиной и избавит от неизбежной при разводе материальной ответственности перед Мэрилин.

— Способ осуществления. После того, как Мэрилин Шэппард проводила гостей — Нэнси и Дональда Ахерн — между супругами возникла ссора. Они отнюдь не легли спать, и поэтому в доме долго горел свет, который видела Дорис Бендер с противоположной стороны Лэйк-роад. Что послужило конкретной причиной скандала, сказать в точности уже не представлялось возможным, но в какой-то момент времени, видимо, в 3:15 ночи, когда остановились часы Мэрилин, супруг напал на неё, нанося удары каким-то медицинским инструментом. Чтобы извлечь его из саквояжа, он с лихорадочной поспешностью высыпал его содержимое на пол. После убийства супруги Сэмюэль положил орудие преступления на подушку, в результате чего на ней образовался симметричный след. В ходе борьбы с жертвой убийца сам получил серьёзные ранения. Стремясь придать преступлению видимость сексуального, убийца осуществил с телом некоторые посмертные манипуляции: расстегнул верхние пуговицы пижамы Мэрилин и обнажил её грудь, подтянул за ноги тело к краю кровати и спустил на пол ноги (на простыне остались кровавые следы, указывавшие на волочение тела).

— Последующие действия и манипуляции. С момента убийства и почти до 6 часов утра (то есть примерно 2,5 часа) Сэм Шэппард был занят тем, что создавал такую обстановку на месте преступления, которая, по его мнению, должна была соответствовать действиям грабителя: открыл двери в доме, переворошил содержимое стола в гостиной первого этажа, снял со своей руки золотые часы и кольцо, которые сложил в мешок и выбросил за домом и прочее. Он тщательно вымылся, уничтожая следы крови, которых на его теле было множество. Шэппард уничтожил белую футболку, которая вся была в крови убитой им жены, а также орудие убийства (где и каким образом это было сделано, обвинительное заключение не объясняло, что и понятно — никакими данными на сей счёт следствие не располагало). Лишь после этого он позвонил супругам Хоук и вызвал их в дом.

Доводы в пользу виновности Сэмуэля Шэппарда тезисно можно было сформулировать так:

— посторонний человек не мог проникнуть в запертый дом без взлома замков (чего не наблюдалось);

— появление в доме постороннего лица вызвало бы беспокойство собаки (сам Шэппард-старший признавал, что собака не лаяла, кроме того, её лай разбудил бы 7-летнего сына);

— рассказ о крике жены, который услышал Сэм Шэппард, находясь на первом этаже, выглядел крайне неубедительно, поскольку сын, находившийся куда ближе к спальне, этого крика не слышал и продолжал спокойно спать;

— Сэм Шэппард-старший признал, что не может объяснить, когда и как исчезла его футболка (очевидно, что постороннему преступнику не было никакого смысла снимать её и уносить с собой). Между тем окровавленная футболка грозила выдать с головой его причастность к убийству жены;

— действия убийцы-грабителя, если таковой действительно существовал, представлялись крайне нелогичными, ведь фактически из дома Шэппардов не пропало ничего ценного. Даже снятые с руки Сэмюэля часы и кольцо грабитель почему-то выбросил за домом. Как такового ограбления не было, имела место лишь его имитация, а значит, ограбление не могло служить мотивом преступления. Жертва не была изнасилована, что указывало на то, что и сексуальный мотив в этом деле отсутствовал. Наиболее достоверным мотивом представлялась ненависть к жертве, глубокая личная неприязнь, усиленная аффектом, то есть мгновенной бесконтрольной вспышкой ярости;

— в спальне были обнаружены отпечатки пальцев только Мэрилин и Сэмюэля Шэппардов. Убийца, если только им являлся посторонний мужчина, должен был оставить свои отпечатки пальцев на деревянных деталях кровати Мэрилин, так как он явно опирался на кровать при манипуляциях с телом жертвы;

— Шэппард не смог объяснить, по какой причине вызвал в свой дом супругов Хоук, а не полицию. Его объяснения, данные во время допросов после ареста ("я надеялся, что, быть может, они что-то сделают для Мэрилин"), звучали неубедительно, поскольку к этому времени он уже точно знал, что его жена мертва (он дважды ощупывал её горло и запястье, проверяя пульс);

— если Сэмюэль Шеппард действительно дважды щупал пульс на шее и запястье Мэрилин, то на его пальцах должны были остаться мазки крови (между тем, этого не наблюдалось, а значит, он успел смыть кровь до появления в доме супругов Хоук);

— у преступника, если только им был посторонний человек, не было нужды уносить с собою орудие преступления, между тем, в данном деле оно отсутствовало. Причина, видимо, крылась в том, что орудие явно указывало на убийцу. Чтобы замаскировать использование медицинского инструмента из своего саквояжа, которым мог воспользоваться прежде всего сам хозяин, Шэппард выбросил лампу-ночник, стоявшую на тумбочке Мэрилин;

— похищение денег из портмоне Сэма Шэппарда и медицинских препаратов из его докторского саквояжа представлялись следователям лишь имитацией действий грабителя-наркомана. Настоящий грабитель, совершивший спонтанное убийство хозяина вещей, скорее всего, не стал бы рассматривать свои "трофеи" на месте преступления, а забрал бы их с собой, дабы спокойно исследовать их содержимое в другой, более безопасной для него обстановке. В этом случае портмоне и саквояж должны были исчезнуть;

— Сэмюэль Шэппард так и не смог объяснить, почему между моментом смерти его жены в 03:15 и телефонным звонком супругам Хоук в 05:45 оказался столь значительный интервал времени.

Одна из многочисленных газетных статей, посвященных изложению и анализу обстоятельств «дела Сэма Шеппарда». Данная публикация относится к середине октября 1954 года. В ожидании судебного процесса газетчики искусно поддерживали всеобщий интерес к преступлению и не позволяли снизиться накалу ажиотажа.