Войну Коротков встретил в логове нацистского зверя, в Берлине. Подвергаясь серьезной опасности, он сумел выйти из советского посольства, заблокированного гестапо, и дважды — 22 и 24 июня — конспиративно встретиться с «Корсиканцем» и «Старшиной», передать им уточненные инструкции по использованию радиошифров, деньги на ведение антифашистской борьбы и высказать рекомендации относительно развертывания активного сопротивления нацистскому режиму.

По прибытии в Москву в июле 1941 года транзитом через Болгарию и Турцию с эшелоном советских дипломатов и специалистов из Германии, Финляндии и других стран, оккупированных нацистами, Коротков был назначен начальником германского отдела внешней разведки, который занимался ведением разведки не только в самой Германии, но и в оккупированных ею европейских странах. При непосредственном участии Короткова была создана специальная разведывательная школа для заброски в глубокий германский тыл нелегальных разведчиков. Возглавляя отдел, он одновременно был и одним из преподавателей этой школы, обучавших курсантов разведывательному мастерству. Во время войны А.М. Коротков неоднократно вылетал на фронт. Там, переодетый в немецкую форму, он под видом военнопленного вступал в камерах заключения в разговоры с пленными офицерами вермахта. В ходе этих бесед ему нередко удавалось получать важную информацию.

В ноябре — декабре 1943 года полковник Коротков выезжал в составе советской делегации в Тегеран, где проходила встреча «большой тройки» — Сталина, Рузвельта и Черчилля. Поскольку от советской разведки была получена достоверная информация о готовящемся гестапо покушении на участников встречи, подтвержденная разведкой Великобритании, Коротков, находившийся в иранской столице инкогнито, занимался обеспечением безопасности лидеров антифашистской коалиции.

В том же году он дважды побывал в Афганистане, где советская и английская разведки ликвидировали нацистскую агентуру, готовившую профашистский переворот и втягивание этой страны в войну против СССР. В годы войны Коротков несколько раз вылетал в Югославию для передачи маршалу И. Броз Тито посланий советского руководства. Ему приходилось также неоднократно отправляться за линию фронта или в прифронтовую полосу, чтобы на месте разобраться в сложной обстановке и оказать практическую помощь разведывательным группам, заброшенным в тыл врага.

В конце войны, когда разгром третьего рейха стал очевидным, Короткова вызвал к себе заместитель наркома госбезопасности И.А. Серов и поручил ему важное задание. Он сказал Александру Михайловичу:

«Отправляйся в Берлин, где тебе предстоит возглавить группу по обеспечению безопасности немецкой делегации, которая прибудет в Карлсхорст для подписания акта о безоговорочной капитуляции Германии. Если ее глава фельдмаршал Кейтель выкинет какой-либо номер или откажется поставить свою подпись, ответишь головой. Во время контактов с ним постарайся прощупать его настроения и не пропустить мимо ушей важные сведения, которые, возможно, он обронит».

Коротков успешно справился с заданием. На знаменитой фотографии, запечатлевшей момент подписания нацистским фельдмаршалом Акта о безоговорочной капитуляции Германии, он стоит за спиной Кейтеля. В мемуарах, написанных в тюрьме Шпандау в ожидании приговора Нюрнбергского трибунала, Кейтель отметил: «К моему сопровождению был придан русский офицер; мне сказали, что он обер-квартирмейстер маршала Жукова. Он ехал в машине со мной, за ним следовали остальные машины сопровождения». Как известно, со времен Петра I генерал-квартирмейстер русской армии возглавлял ее разведывательную службу.

Сразу же после войны Коротков был назначен резидентом внешней разведки во всей Германии, разделенной на четыре оккупационные зоны. В Карлсхорсте, где размещалась резидентура, он занимал официальную должность заместителя советника Советской военной администрации. Центр поставил перед ним задачу выяснить судьбу довоенных агентов советской разведки, а с теми, кто уцелел в военном лихолетьи, возобновить работу. Разведчикам, возглавляемым Коротковым, удалось выяснить трагическую судьбу «Старшины», «Корсиканца», «Брайтенбаха», погибших в застенках гестапо, а также встретиться с сумевшим выжить военным атташе Германии в Шанхае «Другом», предупредившим Москву о сроках нападения Гитлера, и многими другими источниками резидентуры. Советская разведка восстановила также контакт с агентом в ближайшем окружении фельдмаршала Листа, который всю войну ожидал связи с курьером НКВД…

В 1946 году Александр Михайлович был отозван в Центр, где стал заместителем начальника внешней разведки и одновременно возглавил ее нелегальное управление. Он имел непосредственное отношение к направлению в США нелегального резидента «Марка» (В.Г. Фишера), известного широкой публике под именем Рудольфа Абеля. Коротков возражал против командировки в США вместе с ним радиста резидентуры карела Рено Хейханена, испытывая к нему недоверие, однако руководство внешней разведки не согласилось с его доводами. Оперативное чутье не подвело Александра Михайловича: Хейханен действительно оказался предателем и выдал американской контрразведке «Марка». В начале 60-х годов Хейханен погиб в США под колесами автомобиля.

В мае — июле 1953 года Коротков исполнял обязанности начальника Управления внешней разведки, однако затем вновь стал заместителем и продолжал руководить нелегальной разведкой.

Лично знавшие Александра Михайловича ветераны разведки вспоминают, что ему было свойственно нестандартное оперативное мышление и желание избегать привычных штампов в работе. Так, общаясь по долгу службы в основном с начальниками отделов и управлений и их заместителями, А. Коротков одновременно продолжал дружить и с рядовыми сотрудниками разведки. Вместе с ними он выезжал на рыбалку, за грибами, с семьями ходили в театр. Александра Михайловича всегда интересовало мнение рядовых сотрудников разведки о мерах руководства по совершенствованию ее деятельности. Причем это были именно дружеские отношения, лишенные подобострастия и лести. Коротков не кичился своим генеральским званием, был прост и одновременно требователен в общении с подчиненными.

Вспоминая о своей первой встрече с Александром Михайловичем, замечательная разведчица-нелегал Галина Федорова писала:

«С необыкновенным волнением вошла я в кабинет начальника нелегальной разведки. Из-за большого стола в глубине кабинета энергично поднялся высокий широкоплечий мужчина средних лет и с приветливой улыбкой направился мне навстречу. Обратила внимание на его мужественное, волевое лицо, сильный подбородок, волнистые каштановые волосы. Одет он был в темный костюм безупречного покроя. Пронизывающий взгляд серо-голубых глаз устремлен на меня. Говорил низким, приятным голосом, с доброжелательностью и знанием дела.

Беседа была обстоятельной и очень дружелюбной. На меня произвели большое впечатление его простота в общении, располагающая к откровенности манера вести беседу, юмор. И, как мне показалось, когда бы он захотел, мог расположить к себе любого собеседника».

В 1957 году генерал Коротков получил назначение на должность уполномоченного КГБ СССР при Министерстве госбезопасности ГДР по координации и связи. Ему было доверено руководство самым большим представительским аппаратом КГБ за рубежом. Александру Михайловичу удалось установить доверительные отношения с руководством МГБ ГДР, в том числе с Эрихом Мильке и Маркусом Вольфом, с которым он познакомился во время войны в Москве. Он способствовал тому, что разведка ГДР стала одной из самых сильных в мире, имевшей только в одной Западной Германии свыше 500 ценнейших агентов.

Аппарат представительства КГБ традиционно размещался в Карлсхорсте. Западногерманская контрразведка, воспользовавшись закупкой мебели для представительства, пыталась внедрить подслушивающую технику в кабинет Короткова, закамуфлировав ее в люстру. Эта попытка была вовремя пресечена благодаря высокопоставленному источнику советской разведки Хайнцу Фёльфе, занимавшему один из руководящих постов в самой западногерманской контрразведке. В дальнейшем это устройство использовалось представительством КГБ для дезинформации спецслужб противника.