В 1951 году Владыка был назначен Синодом возглавлять Западно-Европейскую епархию. Теперь он стал одним из старших иерархов Русской Зарубежной Церкви, и ему часто приходилось посещать заседания Синода в городе Нью-Йорке. Первоначально кафедра его была в Париже, небесная покровительница которого святая Геновефа (Женевьева) была современницей преп. Симеона Столпника, который, провидя ее святость, посылал ей приветствия с купцами из Антиохии в Галлию. Владыка обратил внимание на местных святых, и ему открылось целое созвездие дивных древних святых, полностью позабытых современностью, с которыми он вошел в живое молитвенное общение.
Вся Западная Европа была просвещена верой Христовой еще за много веков до пагубного отпадения Рима от Восточной Церкви и погружения всего латинского мира в беспросветную ересь католицизма. Ее первоначальные просветители, мученики, пустынники, святители-чудотворцы были подлинными православными святыми, но только очень ограниченное число этих многочисленных и замечательных святых успело войти в святцы до раскола, после чего новые церковные деятели, лишенные благодати, начинают проявлять поврежденное и извращенное понимание подвига, впадать в прелесть, подобно Франциску Ассисскому, Терезам и другим, и уже ни в коем случае не являются святыми в православном понимании этого слова. Популярность этих последних совсем затмила память настоящих православных святых Запада. Однако, не смотря на святотатство реформации и французской революции, почти на каждом городском переулке и сельском повороте находятся следы памяти древних православных святых, и владыка Иоанн, столь чуткий к святыне, начал делать серьезное исследование.
В 1952 году на епископском совещании Владыка осветил апостольский подвиг современника свв. Кирилла и Мефодия просветителя Дании и Швеции свят. Ансгария, имевшего кафедру в Гамбурге и Бремене, умершего в 865 году и, прославясь чудесами, через пять лет причисленного к лику святых. На основании постановления Архиерейского Собора 1950 года, предоставившего епископам на местах выяснить вопрос о каждом святом в отдельности, владыка Иоанн теперь считал необходимым признать, что имя св. Ансгария (память 3–го февраля) надлежит отныне вносить в церковные месяцесловы как святителя Церкви. “Если прославил его Сам Господь, то было бы дерзко с нашей стороны не почитать его как святого,” — так говорил Владыка и добавил ряд других святых, коих тоже надлежит прославлять наравне со святыми, прославленными Православной Церковью на Востоке, так как почитание их установлено в глубокие времена древности. И было постановлено: “Резолюция по вопросу о почитании западных святых вырабатывается следующая: Почитая память святых угодников Божиих и найдя в местах нашего рассеяния проповедников и подвижников древности, имена коих не были нам известны, прославляем дивного во святых Своих Господа и почитаем Его угодников, величая их страдания и подвиги и призывая их быть нашими заступниками и ходатаями к Богу. В силу сего устанавливаем, что чтимыми всей Православной Церковью являются поименованные праведники и призываем пастырей и пасомых чтить этих святых и прибегать к их молитвенному предстательству”.
Вот первый список этих угодников Божиих, к которым Владыка вознес свою пламенную молитву, дабы их апостольская ревность вновь воссияла над уставшим “Старым миром” и позабытые труды их оказались присно православными: св. мученик Виктор в Марселе (умер в 303 году, память 21 июля); св. Пофин, предшественник св. Иринея Лионского (память 2 июня); свв. мученики, страдавшие со св. Иринеем Лионским — Александр, Эпипод (память 22 апреля) и Блондина (память 2 июня); св. мученик Фелициан (24 января); святая Геновефа (Женевьева, умерла 3 января 512 г.); св. Герман Оксерский (ум. 31 июля 448 г.); св. Лупп Тройский (ум. 24 июля 479 г.); св. Герман Парижский (ум. 28 мая в VI веке); св. Клотуальц (7 сентября, VII век); препп. Колумбан (память 21 ноября), Фридолин (память 6 марта) и Галл (память 16 октября), проповедники в Ирландии и потом подвизавшиеся в Швейцарии и Италии; святая Клотильда, Королева Франции (ум. в 545 г., память 3 июня); св. Иларий Пектовийский (13 января); преп. Гонорат Леринский (16 января); преп. Викентий Леринский — Учитель Церкви (24 мая); преп. Патрикий, просветитель Ирландии (17 марта).
Осеняемый многоочным покровом этих угодников, когда-то столь славно просветивших западные страны, Владыка сам оказался новым просветителем — апостолоподобным миссионером этих стран, ибо вещал он и воплощал в себе неповрежденное вечно новое истинное учение Господа нашего Иисуса Христа, которое не могло не ослеплять сидящих во тьме современного отступнического новоязычества. Эти угодники стали его верными поспешниками в его многогранной деятельности. Он постоянно разъезжал по всей Европе; служил Божественную литургию по-французски, голландски, как раньше служил по-гречески и китайски, а позднее по-английски; слыл прозорливым и бессребреником-целителем. О нем писали из Парижа: “Он живет уже вне нашей плоскости. Недаром говорят, что в одной из парижских католических церквей священник сказал, обращаясь к молодежи: “Вы требуете доказательств, вы говорите, что сейчас нет ни чудес, ни святых. К чему вам теоретические доказательства, когда сейчас по улицам Парижа ходит живой святой — Saint Jean Nus Pieds (святой Иоанн Босой)”.
Владыка обратил внимание на так называемую Французскую Православную Церковь и много потрудился, дабы хотя бы часть приходов оказалась на спасительном пути в лоне Русской Зарубежной Церкви, хранительницы чистого бескомпромиссного Православия. Но самым утешительным детищем его апостольской деятельности было создание Голландской Православной Церкви, которая при богомудром его водительстве сильно окрепла и развилась; имеет своего архиерея, свои монастыри, почти все богослужебные книги на своем языке, свои периодические издания и т. д. Все свои “достижения” православные голландцы приписывают Владыке, считая его своим святым основателем и благодетелем, как явствует из слов епископа Иакова Гаагского в предисловии самого первого жизнеописания владыки Иоанна: “У меня не стало больше духовного отца, и я больше никогда другого такого не найду, кто мог бы глубокой ночью позвонить мне и сказать: “Ложись теперь спать, то, о чем ты просишь у Бога, конечно, угодно Ему”. Владыко! благодарю тебя за все. Помяни нас, твою Голландскую Церковь, у Престола Божия”.
8. Американские скорби
Евангельские заповеди Блаженства, имея иерархическую связь между собой, завершаются наградой претерпевающим за Христа поношения, гонения и всякие злословия. Приспе время для владыки Иоанна, столь славно прошедшего всю эту иерархию Заповедей Христовых, дабы на закате дней своих претерпеть многие скорби и потом в полной мере возрадоваться и возвеселиться на небесех. Застали эти скорби его на его кафедре в Брюсселе, где красуется храм-памятник Новомученикам Российским, в честь многострадального Иова, Угодника Ветхозаветного. Из Сан-Франциско к нему доходили печальные вести от его духовных чад, что их приход, пожалуй, самый большой и стойкий во всем Зарубежье, постигли нелады. Пожизненный друг владыки Иоанна архиепископ Тихон ушел по болезни на покой в монастырь, и в его отсутствие сооружение большого нового собора было приостановлено, и ссора парализовала общество. В ответ на настойчивую просьбу тысяч русских прихожан в Сан-Франциско, фактически его бывшей Шанхайской паствы, Св. Синод назначил архиепископа Иоанна на Сан-Францисскую кафедру как единственного иерарха, который смог бы восстановить мир и достроить собор.
В вечно туманный град Дальнего Запада прибыл Владыка на свою последнюю кафедру осенью 1962 года, и опять, как много лет назад на свою первую кафедру, в праздник Входя в Храм Пресвятыя Богородицы, и опять в недостроенный храм, посвященный Ее памяти. Под руководством Владыки мир был восстановлен, паралич общественной жизни закончился, величественный собор был построен. Но нелегко было Владыке. Много пришлось ему кротко и молчаливо терпеть. Он даже был принужден появиться в американском гражданском суде и давать ответы на нелепые обвинения в церковных недочетах приходского совета. Правда, конечно, была на стороне Владыки, но последние годы его жизни были исполнены горечью клевет и преследований. К этому времени относится краткое сообщение Л. А. Лю, из которого видно, какой великий человек был Владыка, как высоко он отстоял от суетного шума мирского и как подлинный духоносный блюститель зорко следил духовным оком за своей паствой: