В 1930 г. кафедра епископа Николая была перенесена из Охрида в Битоль, где существовала большая зажиточная еврейская колония. К этому времени его антисемитские настроения усилились в связи с активным участием в ортодоксальном анти-западническом движении богомильцев. Еще в 1926 г. главный редактор печатного органа движения «Христианское единство» («Hriscanska zajednica») Драголюб Миливоевич опубликовал в этом журнале выдержки из известной фальшивки — «Протоколов сионских мудрецов» (в Югославии данное произведение полностью впервые вышло анонимным изданием в 1934 г., а с указанием выходных данных — в 1939 г.). Продолжая эту тематику, Д. Миливоевич в статье 1927 г. назвал социализм и масонство «двумя еврейскими близнецами». Были в движении богомильцев и другие авторы с подобными взглядами. Так, например, священник Миклошевский писал, что еврейско-масонский интернационал «хуже, чем турецкое иго». Во второй половине 1930-х гг. эта линия была продолжена в печатном издании богомильцев «Миссионер» («Misionar»), в котором публиковались сочувствовавшие движению проповедники и интеллектуалы731. Правда, по-прежнему официально возглавлявший богомильцев епископ Николай (Ве-лимирович) с конца 1930-х гг. временно перестал высказывать в своих произведениях антисемитские взгляды.
После кончины Патриарха Варнавы на Соборе Сербской Православной Церкви 21 февраля 1938 г. новым Патриархом был избран митрополит Черногорско-Приморский Гавриил (Дожич), который занимал ярко выраженную антинацистскую позицию и никаких антисемитских высказываний никогда не делал. 23 марта 1941 г. Патриарх посетил регента князя Павла, категорически высказался против присоединения страны к Тройственному пакту и даже, по некоторым сведениям, потребовал, чтобы князь отказался от власти, если он не может сопротивляться требованиям Германии732.
Однако 25 марта, под давлением немцев, Югославия все-таки присоединилась к Тройственному пакту, что было расценено населением как предательство национальных интересов. Многие сербы и черногорцы вышли на улицы, протестуя против профашистского курса правительства Д. Цветковича и князя Павла.
Патриарх Гавриил, епископ Николай (Велимирович) и ряд других православных иерархов поддержали эти протесты. И уже 27 марта произошел активно поддержанный широкими массами народа и Сербской Церковью государственный военный переворот, в результате которого регент князь Павел был свергнут и королем провозглашен молодой престолонаследник — 18-летний Петр II Карагеоргиевич, немедленно разорвавший Тройственный пакт.
К моменту нападения нацистской Германии и ее союзников на Югославию в апреле 1941 г. в стране, по подсчетам одного из крупнейших историков Сербской Православной Церкви Радмилы Радич, проживало 75 тысяч евреев, в том числе 4 тысячи беженцев из других стран Европы. В Белграде они составляли 4,2 % населения, а в г. Нови Сад — 6,4 %733. При этом, по данным Министерства вероисповеданий, верующих иудеев в начале 1941 г. насчитывалось 64,1 тысячи734. Однако большинство других исследователей считают, что в Югославии к началу оккупации, считая беженцев из других стран, проживало около 80 тысяч евреев.
В ночь на 6 апреля нацистская Германия без объявления войны напала на Югославию, и 17 апреля был подписан акт о безоговорочной капитуляции югославской армии. Сербия, часть Косова, Метохии и Баната перешли под непосредственное управление немецкой администрации. Однако немецкие войска оккупировали меньше половины Югославии, другие провинции захватили их союзники. Болгария аннексировала Македонию; Венгрия забрала область Бачка и северо-восточную часть Словении. Италия получила Черногорию, почти все Адриатическое побережье Югославии и значительную часть Словении. Хорватия, Босния, Герцеговина и даже часть Сербии были включены в состав образованного в апреле 1941 г. так называемого «независимого государства Хорватия» (НГХ), находившегося под контролем националистического движения усташей (хорватских фашистов) и полностью зависимого от Германии. Югославские евреи были разделены между разными частями страны, согласно сообщению германского МИДа от 21 мая 1941 г. 40 тысяч проживало в Хорватии, 16 тысяч — в Сербии, 15–16 тысяч — в венгерской зоне оккупации (главным образом в области Бачка), и 8 тысяч — в Македонии. Их судьбы сложились, как правило, трагично735.
Разрабатывая план вторжения в Югославию, А. Гитлер лично приказал командующему войсками вермахта на Балканах ослабить сербский народ, нанеся удар по его Церкви: «Уничтожить сербскую интеллигенцию, обезглавить верхушку Сербской Православной Церкви, причем в первую очередь — Патриарха Дожича, митрополита Зимонича и епископа Жичского Николая Велимировича…»736 4 июня 1941 г. шеф Главного управления имперской безопасности Р. Гейдрих писал представителю немецкого МИДа в Праге, что Сербская Церковь в последнее время особенно враждебно действовала по отношению к Германии; при этом главную роль играл Патриарх — он был основной «публичный выразитель» идеи антинемецкого государственного переворота генерала Д. Симовича737.
В годы войны против нацистских захватчиков Сербская Православная Церковь облегчала участь своего народа, мужественно поддерживая его в борьбе с оккупантами; вместе с ним она понесла очень большие потери. Многие сербские священнослужители и миряне, сопротивлявшиеся оккупационной политике захватчиков, были арестованы, изгнаны или убиты. Здания Патриархии в Белграде и Сремских Карловцах оказались заняты немцами или усташами и частично разграблены; в некоторых местах церкви превращались в тюрьмы и места казни, более 300 храмов были разрушены, монастыри остались почти без монахов. Около миллиона православных сербов — клириков и мирян были убиты, кроме того, сотни тысяч оказались заключены в концлагеря, тюрьмы или депортированы738.
Всего за четыре года оккупации погибли 350 православных священников и пять архиереев: в Хорватии профашистские усташи убили митрополита Дабро-Босанского Петра (Зимови-ча), епископа Баня-Лукского Платона (Йовановича) и епископа Горно-Карловацкого Савву (Трлаича), немцы казнили епископа Захумско-Герцеговинского Николая и епископа Чешско-Моравского Павлика (Горазда). Епископ Далматинский Ириней (Георгиевич) также арестован итальянцами и отправлен в лагерь на территории Италии, митрополит Загребский Досифей арестован усташами, подвергнут пыткам и издевательствам в тюрьме, затем выслан в Сербию, где умер от последствий пыток. Кроме того, болгары изгнали из Македонии митрополита Скопленского Иосифа и епископа Злетовско-Струмичского Викентия, венгры выслали в Сербию епископа Мукачевско-Пряшевского Владимира (Раича), из Хорватии депортировали в Белград епископа Зворничско-Тузланского Нектария, итальянцы выслали в Албанию епископа Рашко-Призренского Серафима, где он и умер, и т. д. Только девять сербских архиереев в годы войны остались служить в своих епархиях739. После капитуляции Югославии в плену оказалось около 300 тысяч военнопленных, в том числе военные священники, многие из которых попали в концлагеря на территории Германии. И в дальнейшем эти лагеря регулярно пополнялись арестованными в Югославии священнослужителями740.
Патриарх Гавриил без колебаний встал на стороне освободительного движения. Это принесло Первосвятителю долгий период заключения и издевательств со стороны нацистов. Он был арестован гестаповцами 25 апреля 1941 г., несколько недель провел в различных тюрьмах, затем переведен в монастырь Раковица, а в мае 1943 г. — в монастырь Войловица в г. Панчево, где содержался под усиленной охраной. В Войловице в то время уже пребывал в заключении епископ Жичский Николай (Вели-мирович). Находясь в заключении, Патриарх Гавриил и епископ Николай отвергли все предложения нацистов о сотрудничестве. В середине сентября 1944 г. их вывезли в Австрию, а затем в Германию, где заключили в концлагерь Дахау, там они провели три месяца. 8 мая 1945 г. в г. Кицбил, в австрийском Тироле 36-я американская дивизия освободила из заключения епископа Николая и Патриарха Гавриила.