Начальник Морского училища и отряда особого назначения капитан 1-го ранга Китицын решил из Японии пробраться в Европу, тем более что мысль о переводе Морского училища из Владивостока в Севастополь давно уже родилась в его голове. Суда из Цуруги пошли в Маджи и дальше в Гонконг и Сингапур. Там они починились, получили для перевозки новый груз и вышли в Калькутту, сделав небольшую остановку на Адаманских островах, где произвели учебный десант на берег. Дальше Цейлон, Сейшельские острова, Аден и Порт-Саид, где неожиданно застряли. В Порт-Саиде капитан 1-го ранга Китицын впервые достоверно узнал, что в Крыму Белая армия закрепилась и продолжает борьбу с большевиками.

Между тем положение отряда становилось катастрофическим: кончились уголь, вода и провизия, не говоря уже о невозможности идти куда-нибудь, английский командир порта отказал даже дать разрешение сняться с якоря. Тогда капитан 1-го ранга Китицын поставил ультиматум английскому высокому комиссару в Египте, что если через 36 часов не будут даны уголь, вода и провизия, как и официальное разрешение выйти в море, то он выведет корабли и затопит их поперек Суэцкого канала. Действие этого ультиматума было магическое: не прошло двух часов, как англичане предоставили судам отряда все необходимое, и «Орел» и «Якут» 12 августа 1920 года пришли в Адриатическое море и стали на якорь в Дубровнике.

Здесь «Орел» был возвращен Добровольному флоту, «Якут» же получил предписание идти в Севастополь, взявши по дороге в Константинополе небольшой груз военного снаряжения. На него перешел капитан 1-го ранга Китицын с частью офицеров, с 49 корабельными гардемаринами и 65 гардемаринами 2-й и 3-й рот, которые и пошли в Крым. В Крым «Якут» пришел лишь к эвакуации, как и «Илья Муромец» из Белого моря и «Китобой» из Балтийского, сошедшиеся все трое в Севастополе. Все гардемарины, пришедшие на «Якуте», автоматически влились в Севастопольский морской корпус.

26 мая 1921 года объединенными усилиями антибольшевистских организаций во Владивостоке был произведен переворот. Восставшие в городе каппелевцы получили подкрепление: со стороны моря на барже, буксируемой катером, показался десантный отряд под командой капитана 2-го ранга Соловьева²²¹. Этот отряд, составленный почти исключительно из чинов флота, был встречен сильным ружейным и пулеметным огнем с судов, но все же, несмотря на большие потери, высадился у памятника Невельскому и ворвался в порт. Через два дня во Владивостоке наступило полное спокойствие, командующим войсками и флотом был назначен генерал-лейтенант Вержбицкий²²², а командующим Сибирской флотилией – капитан 2-го ранга Соловьев. В период, непосредственно следовавший за переворотом, Сибирская флотилия насчитывала 25 судов.

18 июня 1921 года вступил в командование Сибирской флотилией прибывший во Владивосток контр-адмирал Старк. На основании статьи 63 Морского устава командующий флотилией созвал военный совет под своим председательством в составе контр-адмирала В.И. Подъяпольского²²³, контр-адмирала В.В. Безуара²²⁴, инженера-механика генерал-лейтенанта А.И. Ухлина²²⁵, военного инженера полковника А.И. Ярона²²⁶, капитана 1-го ранга А.Н. Нелля²²⁷, капитана 1-го ранга Н.Ю. Фомина, капитана 1-го ранга Н.С. Харина²²⁸ и старшего лейтенанта Г.С. Серебренникова²²⁹, вынесший следующую резолюцию:

«1. Флот должен считать, что единственным врагом Российского Государства в данный момент являются коммунисты. Посему все находящиеся в Крае национальные силы должны быть направлены к борьбе с ними.

2. Все разногласия, происходящие в среде военно-сухопутного командования, ни в коем случае не должны отражаться на флоте, который в междоусобных действиях не должен принимать никакого участия, сохраняя во внутреннем строе своем полную независимость, памятуя, что все чины флота и Морского ведомства служат делу Единой России и несут перед ней всю полноту ответственности за честь Андреевского флага и вверенное им имущество.

3. Флот в целом подчиняется Военному Командованию, которое выкажет способность объединить все национальные вооруженные силы Края и будет признано Краевым Правительством, опирающимся на Народное Собрание.

4. В настоящий момент все чины Флота и Морского Ведомства на Дальнем Востоке должны подчиниться исключительно Командующему Флотилией, контр-адмиралу Ю.К. Старку, в порядке служебной подчиненности и исполнять все его распоряжения беспрекословно».

Утвердив это постановление, командующий Сибирской флотилией контр-адмирал Старк отдал по флотилии приказ от 1 июня 1921 года № 120, закончив его требованием от всех чинов флота и Морского ведомства полного подчинения, забвения личных интересов и спокойной и дружной работы на общее благо. Эти мероприятия вывели флотилию с арены политической распри и позволили заниматься текущей работой.

К осени 1921 года корабли имели некоторое вооружение и винтовки, неофициально полученные от японского морского командования, под предлогом необходимости вооружения морской милиции. К октябрю была сформирована из добровольцев отдельная рота морских стрелков.

23 сентября 1921 года личный состав флотилии неожиданно получил многочисленное и хорошее по своему составу пополнение. Во Владивосток прибыл пароход «Франц Фердинанд», привезший из Месопотамии интернированных русских беженцев, среди которых находился личный состав Каспийской флотилии под командой капитана 1-го ранга Б.М. Пышнова, числом около 80 офицеров и свыше 200 матросов всех специальностей. Этот отряд, как известно отступивший через Энзели и Персию в Месопотамию, после крушения южно-русского правительства генерала Врангеля был взят англичанами и содержался на положении интернированных в лагере Танум, вблизи порта Басра. В августе 1921 года англичане посадили весь отряд на уходивший из Месопотамии транспорт «Франц Фердинанд» и доставили во Владивосток.

С прибытием месопотамцев боеспособность Сибирской флотилии значительно повысилась, не только в смысле уровня технических знаний в среде личного состава, но и в политическом отношении. Люди этого отряда, из которых часть была участниками похода генерала Корнилова, часть из Морской роты капитана 1-го ранга Потемкина и большинство – балтийцы, были чужды приморских специфических ориентаций и потому, не раздираемые никакими внутренними интригами политического характера, внесли с собой то дружное настроение, которое всегда необходимо для успеха работы.

Прибытие с ними нескольких молодых штаб-офицеров и лейтенантов позволило командующему флотилией произвести замену некоторых чинов своего штаба и командиров кораблей. Временно исполняющим обязанности начальника штаба и флаг-капитана по распорядительной части был назначен вновь прибывший капитан 2-го ранга А.П. Ваксмут, вместо контр-адмирала Подъяпольского, который остался лишь в должности директора маяков и лоций Тихого океана. Капитан 2-го ранга Гарковенко²³⁰ был назначен флаг-капитаном по оперативной части вместо уволенного от службы лейтенанта Прозорова²³¹. Капитан 2-го ранга С. Ильвов, лейтенант И. Тихомиров и старший лейтенант М. Сафронов²³² были назначены командирами миноносцев «Твердого», «Инженера-механика Анастасова» и «Бойкого»; старший лейтенант Буцкой был назначен командиром посыльного судна «Илья Муромец». Была учреждена должность флагманского интенданта, на которую был назначен старший лейтенант В. Гинтер²³³. Плавучие средства порта, укомплектованные раньше вольнонаемным составом, были заменены военнослужащими из числа прибывших на «Франце Фердинанде». Заведующим плавучими средствами был назначен капитан 1-го ранга Пышнов, который и оставался в этой должности до конца пребывания белой флотилии во Владивостоке.

В конце августа 1922 года командующий флотилией адмирал Старк был назначен начальником тыла, и на флотилию с принадлежащими ей сухопутными частями легли следующие задачи: 1. Охрана Владивостока. 2. Борьба с партизанами на полуострове Муравьев-Амурский в Посьетском районе. 3. Охрана побережья Татарского пролива. 4. Поддержка блокады побережья залива Петра Великого к востоку от Владивостока. 5. Оборона Камчатки. 6. Охрана звериных и рыбных промыслов и лесных богатств в районе побережья, занятого белыми. 7. Доставка пополнений и грузов отряду генерала Пепеляева на побережье Охотского моря. Вся эта работа потребовала исключительного напряжения состава флотилии.