Как бы то ни было, но живое движение сороковых годов было ослаблено, оно ушло вглубь, и тут встречаем мы в 1845-1846 годах достаточно своеобразную, только совсем особыми условиями объяснимую, борьбу правительственных мероприятий и местных распоряжений. С одной стороны, Император Николай I, по донесению шефа жандармов, графа Орлова, поставляет балтийского генерал-губернатора в известность, «что отказывать в присоединении к нашей церкви противно нашим установлениям и чтобы просители были немедленно присоединяемы и божественное богослужение совершалось на их языке», что «не следует допускать подстрекательств к переходу в православие, но, вместе с тем, устранять всякое тому противодействие». С другой стороны, рижское городское управление объявляет латышам, что, с переходом их в православие, они лишаются права быть возчиками, и все желавшие присоединиться высланы из города; православным священникам запрещено посещать жилища православных на помещичьих землях; запрещено хоронить перешедших в православие на лютеранских кладбищах и т. д. Тюрьмы оказались полными, а обращение все шло, да шло, и в православие обратилось около ста тысяч народа. Некоторые правительственные уступки, например: запрещение православным священникам, даже в пределах своего прихода, исполнять требы иначе, как в сопровождении благонадежного чиновника; распоряжение о том, чтобы записывания на присоединение к православию делались тоже в присутствии полицейского чиновника и, в особенности, установление в декабре 1845 года шестимесячного срока со времени заявления желания присоединиться к православию (за это шестимесячное время «отступник» мог вволю убеждаться в том, что будет ожидать его: он становился «вне закона»), не умиротворяли людей, метавших гром и молнию в православие; все ярче раздавались проповеди Вальтера, Бергхольца, Кельбранта, Мазинга, предававшие русских анафеме. Тяжело, безвыходно тяжело, было для крестьян это время, и все-таки генерал губернатор Головин свидетельствовал «о беспримерной кротостинарода», а особые суды, установленные для дел «о разглашателях» православия, несмотря на все свое желание, не могли постановить ни одного приговора.
Хотя в 1865 году рижскому архиепископу Платону, впоследствии митрополиту киевскому, и удалось исходатайствовать отмену шестимесячного срока наставления, но, одновременно с этим, в том же году, последовала совершенно сходная с этой, по значению своему, другая правительственная мера, а именно отмена, для прибалтийских губерний, так называемых «предбрачных подписок», которыми, при смешанных браках, брачущиеся обязывались крестить детей в православную веру. Об этой отмене упорно ходатайствовало местное дворянство; не довольствуясь антиправославной пропагандой и тем, что начались отпадения от православия, совершавшиеся благодаря попустительству властей, оно желало обеспечить лютеранству будущие, нарождающиеся поколения. Том X, часть 1, зак. гражд., глава II, ст. 67, гласит, что: если жених или невеста принадлежат к православному исповеданию, то, в этом случае, везде, кроме Финляндии, требуется, чтобы лица других исповеданий, вступая в брак с лицом православного исповедания, давали подписку о том, что дети их будут крещены в православие. 15 марта 1865 года последовало секретное повеление, отменявшее для балтийского края обязательность этих подписок, и только Император Александр III, 26 июля 1885 года, повелел «немедленно принять меры», к восстановлению в полной силе существующего закона относительно отобрания, при смешанных браках, подписок. восстановление общего для государства закона, с которым оно выросло и окрепло, окончательно уничтожит ту несообразность, что русские, завоевавшие прибалтийский край, явились в качестве побежденных, поступившись одним из своих основных, существенных законов. Ближайшему будущему назначено только следить за точным исполнением его.
Прямым следствием долговременной уступчивости и непоследовательности административных властей и безусловной неуступчивости и последовательности местного дворянства явилось то, что с конца шестидесятых годов, в прибалтийском крае, усилилось в народе обратное, только что помянутому, движение из православия в лютеранство. Много способствовал этому занявший с 1855 года место генерал-супер-интенданта, Вальтер, и с кафедр церковных стали громко доказывать на все лады, что крестьяне обращались в православие путем обманным. Характерно, что в 1857 году генерал-губернатор, во всеподданнейшем отчете, ходатайствовал о пересмотре «всех законоположений лютеранской церкви», то есть о такой именно мере, о какой ходатайствовали в 1861 году, во время возмущения, епископы в Варшаве относительно церкви католической! 9-го марта 1864 года Вальтер, при открытии лифляндского ландтага, произнес речь, в которой доказывалось, что в балтийских губерниях «господствующей церковью должна быть протестантская, а господствующей народностью — немецкая»! Хотя последнее из упомянутых ходатайств было отклонено комитетом министров, хотя Вальтер был выслан, но зато в край командировано особо доверенное лицо, немедленно, якобы, убедившееся в том, что движение в православие в 1845 и в 1846 годах было «официальным обманом» и что из 140,000 православных только 1/10 часть к 1864 году исповедует эту веру!
Было время, когда цензура православных изданий находилась в руках лютеран; когда не ведомство Святейшего Синода, а министерство внутренних дел изготовляло и представляло всеподданнейшие доклады о вопросах чисто догматических по делам церковным в балтийском крае. Было время, когда писания Сиверса, Бока, Экардта и Ширрена ставили нас на непрошеный суд Европы, и в 1870 году, в Женеве, Ени читал публичные лекции об угнетении лютеранства в прибалтийских губерниях, и члены евангелического союза возымели дерзкую мысль испросить, по этому поводу, аудиенцию у Императора Александра II за границей!
И, несмотря на все это, православие находило людей, искавших его, жертвовавших всем своим имуществом, потому что, по местному воззрению, пользование усадьбами являлось привилегией лютеран, и человек, становившийся православным, лишался права на него. Как не вспомнить при этом случае двух пророчеств. Одно принадлежит преосвященному Иринарху, писавшему в 1841 году в Синод: «Посеянное в Лифляндии семя православия прозябнет и возрастет». Другое — это слова Императора Николая I. Он повелел составить проект «духовно-лютеранской академии», — проект, не понравившийся прибалтийскому дворянству, предпочитавшему, чтобы духовенство оставалось его слепым орудием, и 23-го марта 1843 года государь, на докладе об этом графа Уварова, начертал: «Когда из непонятных видов сами они (дворяне) противодействуют, то остается предоставить воле Божией дальнейший ход сего дела. Кто знает, может быть, неисповедимый Промысл направляет невидимой рукой сию церковь к разрушению, и тогда никакая сила не остановит стремления народа к православию. Должно только все так подготовить, чтобы церковь наша была готова принять новых чад. Для того уже все духовные книги и служебники переводятся на местные языки». Прав был преосвященный Иринарх — семя «прозябло» и дало ростки; прав был Император, сказав, что «никакая сила» не удержит людей от стремления к православию. Стремление это продолжало сказываться постоянно, несмотря на то, что люди с достаточной наглядностью могли убедиться в том, что всякая надежда на поддержку их в законодательных и административных сферах потеряна, и все-таки они шли, и шли не всегда в одиночку, а даже скопом. Так, скромное послание преосвященного Филарета, переведенное на эстонский и латышский языки, обусловило, в 1866 году, переход в православие большей части Тукума, хотя полиция и отбирала эти листки, «не пропущенные лютеранской цензурой», и в марте 1867 года сам преосвященный перемещен. Вся мрачность картины положения православия в крае отразилась вполне в одном литературном произведении, в Записках священника Лийца, под псевдонимом Индриха Страумита; это «эпопея наболевшей души народа, мартирология православия, и когда можно будет их напечатать, то они сделаются любимейшим чтением для народа». Лийц кончил курс в рижской семинарии в 1857 году.